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Amplicon Deep Sequencing

Amplicon Deep Sequencing
 
 
Mutationen präzise identifizieren. Seltene Varianten sicher nachweisen.
Ob zur CRISPR-Verifizierung, Metabarcoding oder Mutationsprofilierung – die Amplicon-Tiefensequenzierung liefert präzise und verlässliche Ergebnisse, selbst bei seltenen Ereignissen mit niedriger Häufigkeit.

Was Sie erreichen können

  • Identifikation von Einzelbasenveränderungen (SNVs) sowie kleinen Insertionen und Deletionen (InDels)
  • Nachweis seltener Varianten mit hoher Sensitivität
  • Analyse zielgerichteter Regionen mit hohem Durchsatz
  • Untersuchung spezifischer Zielregionen im komplexen DNA-Hintergrund
  • Parallelisierung der Sanger-Sequenzierung für kurze DNA-Abschnitte

Bevor Sie starten

Für eine optimale Planung von Design bis Analyse sollten folgende Punkte berücksichtigt werden:

  • Wie lang ist Ihre Zielregion und wo befindet sie sich?
  • Wie komplex ist Ihre Probe? Welche Sequenziertiefe wird benötigt?
  • Wie viel DNA in welcher Qualität steht zur Verfügung?

Modularer Workflow

Lagern Sie den gesamten Workflow aus oder wählen Sie gezielte Module. Unser Prozess ist flexibel aufgebaut. Typische Schritte im Workflow sind:

Workflow Amplicon Deep Sequencing

Bioinformatische Analyse

Wir bieten maßgeschneiderte Analysen entsprechend Ihrer Fragestellung. Für Diversitätsanalysen bieten wir:

  • Qualitätskontrolle der Rohdaten
  • Clustering/Dereplikation der Reads
  • Nachweis von SNVs und InDels relativ zur Referenzsequenz, inkl. Auswirkungsanalyse auf Proteinebene
  • Vergleichende Analysen und Hauptkomponentenanalyse (PCA)

Bearbeitungszeit

  • 15–20 Arbeitstage für die Sequenzierung
  • +3 Arbeitstage für die vollständige Analyse
  • Expressbearbeitung auf Anfrage möglich

Probenanforderungen

  • Pufferempfehlung: 10 mM Tris-HCl (pH 7.5–8.5)
  • Wichtig: Keine Puffer mit EDTA >1 mM verwenden
  • DNA-Quantifizierung: Fluorometrische Methoden (z. B. PicoGreen®, Qubit®)

Benötigte Probenmenge für Illumina-Sequenzierung:

Library Typ Menge (µg) Konzentration (ng/µl)
1st or 2nd step Nextera PCR product >0.2 >5

Hinweise

  • Wir empfehlen, sich frühzeitig mit unserem Team in Verbindung zu setzen für Unterstützung bei Primerdesign und Multiplexing-Strategien.
  • Individuelle Setups und zusätzliche Analysen nachgelagert sind auf Anfrage möglich.