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DNA-Oligos für Next Generation Sequencing Anwendungen
Features and Benefits
- Optimierter Produktionsprozess zur Sicherstellung einer geeigneten Reinheit und geringer Kreuzkontaminationen.
- Strenge Qualitätskontrolle (Online-Tritylüberwachung und MALDI-TOF MS oder analytische PAGE)
- 2-3 Arbeitstage einschließlich HPLC (bis zu 80 nt)
- Ausgebildete und erfahrene Wissenschaftler unterstützen Sie gerne.
- Einfach zu bedienendes Online-Portal mit einer Reihe von hilfreichen Tools (z.B. Auftragsverfolgung & Historie, komfortable Suche und Nachbestellmöglichkeit
- Sehr wettbewerbsfähige Preise
- Hohe garantierte Ausbeuten
- Verfügbarkeit von gängigen Modifikationen (5'-Phosphat, PTO, 5-Me-dC etc.)
- Anwendung unabhängig vom Gerät oder der Technologie
- Analytische HPLC verfügbar
- Analysenzertifikat verfügbar
- Verschiedene Lieferformate möglich (getrocknet, flüssig, Tubes, 96-Well-Platten etc.)
- Möglichkeit, das gesamte NGS-Projekt auszulagern (von der Isolierung bis zur Bioinformatik)
Synthese Massstäbe
| Synthesis Scale | Purification | Length Restriction | Guaranteed Yield | Production Time [wd] |
| 0.04/0.2 umol | IEX-HPLC | 40 – 80 | 2 OD | 3 - 5 |
| 1.0 umol | IEX-HPLC | 40 – 80 | 6 OD | 3 - 5 |
Es ist entscheidend, die Bedeutung der Oligonukleotid-Reinheit für NGS-Anwendungen zu betonen. Die meisten Forscher berücksichtigen die n-x-Seitenprodukte, wenn sie die Oligonukleotid-Reinheit in Betracht ziehen, fragen aber ihre Oligo-Lieferanten nicht nach postsynthetischen Prozessen, die im Hinblick auf Oligo-Kreuzkontaminationen optimiert wurden.
Daher verwenden viele Lieferanten billigere Hochdurchsatzverfahren (z.B. Reversed-Phase-Kartuschenaufreinigung) zur Aufreinigung von NGS-Oligos, die jedoch besonders anfällig für Kreuzkontaminationen sind. Dies hat zur Folge, dass selbst eine geringe Menge an Kreuzkontamination, die bei weniger empfindlichen Anwendungen (z. B. PCR oder Sanger) harmlos ist, bei der NGS-Datenanalyse zu einem ernsten Problem werden kann, da wahrscheinlich auch falsche Amplifikationsprodukte sequenziert werden. Ein typisches Beispiel ist das Risiko einer Barcode-Fehlinterpretation bei Multiplexing-Experimenten, bei denen Indexadapter verwendet werden, die den MID (Multiplex Identifier) oder Barcode enthalten.
Aus diesem Grund hat Microsynth einen spezifischen Prozess für die Produktion von NGS-Oligos etabliert und validiert, der auf einem stringenten HPLC-Reinigungsverfahren basiert, bei dem die Eliminierung von Kreuzkontaminationen höchste Priorität hat.
Wie bestellen
Option 1: Bei der Bestellung von NGS-Primern gehen Sie bitte wie folgt vor:
- Gehen Sie in unseren Webshop, klicken Sie auf DNA im blauen Bereich "DNA/RNA-Synthese".
- Wählen Sie entweder " Normal Entry", um die gewünschten Sequenzinformationen usw. einzutippen oder zu kopieren/einzufügen, oder wählen Sie alternativ "Upload Entry", indem Sie unsere praktische Excel-Vorlage verwenden (kann bei der Bestellung heruntergeladen werden)
Wichtig: Sie müssen das Präfix "NGS_" vor Ihrem Oligo-Namen verwenden (z.B. NGS_Cart_fw01), entweder die Skala 0,2 µmol oder 1,0 µmol auswählen und außerdem die HPLC-Aufreinigung wählen (bis zu 65 mers)
Folgen Sie den weiteren Anweisungen.
Option 2: Bei der Bestellung von Primern für die Illumina-Amplikon-Sequenzierung gehen Sie bitte wie folgt vor:
- Verwenden Sie das dafür vorgesehene " Order Form_Illumina_AmpliconDeepSeq" (kann in der rechten Spalte heruntergeladen werden; siehe in diesem Zusammenhang auch unsere Application Note "Amplicon Deep Sequencing")
- Legen Sie nun die lokusspezifischen Sequenzen für Ihre First-Step-PCR-Primer fest und wählen Sie anschließend Ihre gewünschten indizierten Forward- und Reverse-Primer aus
- Gehen Sie in unseren Webshop, klicken Sie auf DNA im blauen Bereich "DNA/RNA-Synthese" und dann auf "Upload Entry"
Folgen Sie den weiteren Anweisungen.