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DNA-Oligos für Next Generation Sequencing Anwendungen

 
 
Die Qualität und Reinheit von NGS-Primern und Adaptersequenzen sind entscheidend für den Erfolg jedes Next-Generation-Sequencing-Projekts. Aufgrund der großen Erfahrung im Bereich der Oligonukleotidsynthese (28 Jahre) sowie der Next Generation Sequenzierung (10 Jahre) kennt Microsynth die wichtigsten Anforderungen an NGS-Oligos genau. Daher sind Sie bei Microsynth in guten Händen, wenn Sie nur NGS-Oligos anfragen oder gleich Ihr gesamtes NGS-Projekt auslagern möchten.

Features and Benefits

 
 
Hohe Qualität
  • Optimierter Produktionsprozess zur Sicherstellung einer geeigneten Reinheit und geringer Kreuzkontaminationen.
  • Strenge Qualitätskontrolle (Online-Tritylüberwachung und MALDI-TOF MS oder analytische PAGE)

 

Schnell
  • NGS oligos: ≤ 2 Tage
 
Hervorragender Technischer Support
  • Ausgebildete Wissenschaftler mit molekularbiologischem Hintergrund unterstützen Sie gerne (von 8 Uhr bis 17 Uhr)!
Benutzerfreundliches Online-Bestellsystem
  • Neues und einfach zu bedienendes Online-Portal mit einer Reihe von hilfreichen Tools (z.B. Auftragsverfolgung & Historie, komfortable Suche und Nachbestellmöglichkeit

 

 
 
Kostengünstig
  • Wettbewerbsfähige Preise sowohl für Volumen- als auch für Wiederholungsaufträge
  • Hohe garantierte Erträge und/oder durchschnittliche Liefererträge

 

Praktisch
  • Verfügbarkeit von gängigen Modifikationen (5'-Phosphat, PTO, 5-Me-dC etc.)
  • Anwendung unabhängig vom Gerät oder der Technologie
  • Analytische HPLC verfügbar
  • Analysenzertifikat verfügbar
  • Verschiedene Lieferformate möglich (getrocknet, flüssig, Tubes, 96-Well-Platten etc.)
  • Möglichkeit, das gesamte NGS-Projekt auszulagern (von der Isolierung bis zur Bioinformatik)
 

Synthese Massstäbe

 

Synthesis Scale Purification Length Restriction Guaranteed Yield Production Time [wd]
0.04/0.2 umol  HPLC 13 – 65 3 OD ≤ 2
1.0 umol  HPLC 13 – 65 15 OD ≤ 2

Es ist entscheidend, die Bedeutung der Oligonukleotid-Reinheit für NGS-Anwendungen zu betonen. Die meisten Forscher berücksichtigen die n-x-Seitenprodukte, wenn sie die Oligonukleotid-Reinheit in Betracht ziehen, fragen aber ihre Oligo-Lieferanten nicht nach postsynthetischen Prozessen, die im Hinblick auf Oligo-Kreuzkontaminationen optimiert wurden.

Daher verwenden viele Lieferanten billigere Hochdurchsatzverfahren (z.B. Reversed-Phase-Kartuschenaufreinigung) zur Aufreinigung von NGS-Oligos, die jedoch besonders anfällig für Kreuzkontaminationen sind. Dies hat zur Folge, dass selbst eine geringe Menge an Kreuzkontamination, die bei weniger empfindlichen Anwendungen (z. B. PCR oder Sanger) harmlos ist, bei der NGS-Datenanalyse zu einem ernsten Problem werden kann, da wahrscheinlich auch falsche Amplifikationsprodukte sequenziert werden. Ein typisches Beispiel ist das Risiko einer Barcode-Fehlinterpretation bei Multiplexing-Experimenten, bei denen Indexadapter verwendet werden, die den MID (Multiplex Identifier) oder Barcode enthalten.

Aus diesem Grund hat Microsynth einen spezifischen Prozess für die Produktion von NGS-Oligos etabliert und validiert, der auf einem stringenten HPLC-Reinigungsverfahren basiert, bei dem die Eliminierung von Kreuzkontaminationen höchste Priorität hat.

Wie bestellen

 
 
Wichtig: Bitte kontaktieren Sie zuerst uns bei Microsynth und fordern Sie Ihr Angebot an (Mengenrabatte sind möglich!)
 

Option 1: Bei der Bestellung von NGS-Primern gehen Sie bitte wie folgt vor:

  • Gehen Sie in unseren Webshop, klicken Sie auf DNA im blauen Bereich "DNA/RNA-Synthese".
  • Wählen Sie entweder " Normal Entry", um die gewünschten Sequenzinformationen usw. einzutippen oder zu kopieren/einzufügen, oder wählen Sie alternativ "Upload Entry", indem Sie unsere praktische Excel-Vorlage verwenden (kann bei der Bestellung heruntergeladen werden)

Wichtig: Sie müssen das Präfix "NGS_" vor Ihrem Oligo-Namen verwenden (z.B. NGS_Cart_fw01), entweder die Skala 0,2 µmol oder 1,0 µmol auswählen und außerdem die HPLC-Aufreinigung wählen (bis zu 65 mers)

Folgen Sie den weiteren Anweisungen.

 

Option 2: Bei der Bestellung von Primern für die Illumina-Amplikon-Sequenzierung gehen Sie bitte wie folgt vor:

  • Verwenden Sie das dafür vorgesehene " Order Form_Illumina_AmpliconDeepSeq" (kann in der rechten Spalte heruntergeladen werden; siehe in diesem Zusammenhang auch unsere Application Note "Amplicon Deep Sequencing")
  • Legen Sie nun die lokusspezifischen Sequenzen für Ihre First-Step-PCR-Primer fest und wählen Sie anschließend Ihre gewünschten indizierten Forward- und Reverse-Primer aus
  • Gehen Sie in unseren Webshop, klicken Sie auf DNA im blauen Bereich "DNA/RNA-Synthese" und dann auf "Upload Entry"

Folgen Sie den weiteren Anweisungen.