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Frequently Asked Questions - Sanger Sequencing

Produkte & Services

Wann sollte ich den Premium Run von Microsynth verwenden?

Der Premium Run ist Microsynths überragender Sequenzierservice in 1,5-ml Tubes und bietet ein breites Spektrum an Zusatzleistungen wie die Optimierung der Reaktionsbedingungen und den Zugang zu speziellen Behandlungs- und Troubleshooting-Protokollen (z.B. alternatives Design von Sequenzierprimern, One-Drop-Sequenzierung bei geringen DNA-Mengen, zusätzliche Probenaufreinigung).


Im Allgemeinen ist der Premium Run für Kunden gedacht, die das bestmögliche Ergebnis zusammen mit einem hervorragenden Service wünschen.

Bietet Microsynth einen kostenlosen Versand meiner Sequenzierproben an?
Microsynth und ihre Tochtergesellschaften (Microsynth Austria GmbH und Microsynth Seqlab GmbH) betreiben drei verschiedene Sequenzierlabore in Balgach (Schweiz), Wien (Österreich) und Göttingen (Deutschland). In den letzten Jahren wurde in diesen drei Ländern ein wachsendes Netz von kostenlosen Probensammelstellen installiert. 
Bitte melden Sie sich in unserem Webshop an, um eine Probensammelstelle in Ihrer Nähe zu finden.
Für den Fall, dass Sie keine Dropbox in Ihrer Nähe haben, haben wir in vielen Ländern vorfrankierte Umschläge, die wir Ihnen zur Verfügung stellen können. Bitte kontaktieren Sie uns, wenn Sie mehr Informationen benötigen.
 
Wie lange lagern Sie meine DNA-Proben und Primer?
  • Economy Run Proben: 4 Arbeitstage
  • Premium Run Proben: 3 Monate
  • Economy Run Proben (Platten): 1 Monat
  • Ihre spezifischen Sequenzierprimer werden in unserem Sequenzierlabor für mindestens 6 Monate aufbewahrt (oder für 12 Monate, falls Sie sie in Ihre "Custom Primer List" aufgenommen haben).
Kann ich nach der Sequenzierung meine(n) spezifischen Primer zurückerhalten?

Auf Wunsch versendet Microsynth Ihre(n) spezifischen Sequenzierprimer an Ihre oder eine andere gewünschte Adresse zurück.

Ist es möglich, das/die isolierte(n) Plasmid(e) nach der Sequenzierung zurückzubekommen?
Ja. Wir senden Ihnen die isolierten Plasmide (~0,5-1,0 ug in Tris-HCl pH 8,5 oder lyophilisiert) zurück. Handling und Versand sind kostenpflichtig.
Für unsere Plattenservices können Sie die Option "Plasmide zurückschicken" im Bestellformular auswählen.
Für unseren Premium Run kann dies auf Anfrage erfolgen.
Für unseren Ecoli NightSeq ist dies nicht möglich.
 
Welche Sequenzierprimer bieten Sie kostenlos an bzw. fügen Sie hinzu?

Klicken Sie hier, um unsere Standard-Primerliste mit allen Primern zu öffnen, aus denen Sie wählen können.
Bitte beachten Sie: Der Webshop von Microsynth ermöglicht Ihnen die Pflege einer kundenspezifischen Primerliste. Falls Sie häufig spezifischere Sequenzierprimer verwenden, senden Sie diese einfach an Microsynth und aktualisieren Sie Ihre kundenspezifische Primerliste. Da Microsynth eine anerkannte Oligo-Produktionsstätte betreibt, können Sie auch das Design und/oder die Synthese Ihrer Sequenzierprimer auslagern.

Ich bereite eine 96-Well-Platte vor. Ist es möglich, zwei oder mehr Sequenzierungsreaktionen von jeder Probe in der Platte durchzuführen?

Ja, es ist möglich, Proben in einer 96-Well-Platte zu senden und mehrere Reaktionen (mit zwei oder mehr Primern) für jede Probe anzufordern.

Erste Option: identische Probe aus derselben Well-Position mit mehr als einem Primer. Sie senden 12 ul der Probe für die erste Reaktion plus 3 ul der Probe für jede weitere Reaktion.

Sie geben die Sequenzierreaktionen der Platte an, die Sie physikalisch (= Masterplatte) unter Angabe des/der ersten Primer(s) senden. Unter "Auftrag überprüfen" können Sie das Probenmuster der Masterplatte kopieren (benutzen Sie den Button "copy"). Beachten Sie bitte, dass Sie für unseren Prepaid Economy Run ein weiteres Prepaid Barcode-Label benötigen. Während die Labelnummer in das System eingegeben wird, sollte das Etikett auf die Masterplatte geklebt werden. Theoretisch ist es möglich, diesen Schritt mehrfach zu wiederholen (für weitere Primer).

Achtung!
Sollte die Masterplatte nicht vollständig gefüllt sein, empfehlen wir, auf unseren nicht vorausbezahlten Economy Run umzusteigen und dem gleichen Bestellschema zu folgen (Ausnahme: Verwendung des gleichen Plattennamens).

Zweite Möglichkeit: identische Probe von verschiedenen Wellpositionen mit mehr als einem Primer

Wenn Sie den Economy Run verwenden und Sie möchten, dass wir die Hälfte der Proben mit dem Vorwärtsprimer und die andere Hälfte der Proben mit dem Rückwärtsprimer sequenzieren, sollten Sie die Proben in zwei separaten Wells bereitstellen, z.B. A01-H06 mit Vorwärtsprimer und A06- H12 mit Rückwärtsprimer.

Wie viele Sequenzierprimer sind im Preis für die Plattensequenzierung enthalten?

Es werden insgesamt 12 Primer pro Platte kostenlos hinzugefügt. Zusätzliche Primer können auf Anfrage gegen eine zusätzliche Gebühr hinzugefügt werden.

Erlaubt Ihr Economy Run Service die Durchführung zusätzlicher Sequenzierreaktionen mit bereits an Sie gesendeten Templates?

Generell ja, aber bitte beachten Sie, dass Ihre Templates nur 4 Arbeitstage gelagert werden und eine Sequenzierung über Nacht in diesem Fall nicht möglich ist.
Der Ablauf für eine zusätzliche Sequenzierung ist wie folgt:

- Reichen Sie einen neuen Online-Sequenzierungsauftrag unter Verwendung der nächsten Prepaid-Label-Nummer ein
- Verwenden Sie denselben Probennamen wie in Ihrem vorherigen Auftrag
- Schreiben Sie folgendes in das Kommentarfeld: Proben bei Microsynth gelagert, vorherige Bestellnummer war xxxxxx.

Bemerkung: Sobald Ihre Bestellung bearbeitet wurde, ist das verwendete Prepaid-Label ungültig und kann entsorgt werden.

 

 

Fragen zum Bestellvorgang

Wie sollte ich meine Proben vorbereiten und verpacken?

Abhängig vom gewählten Servicetyp müssen Ihre Proben unterschiedliche Anforderungen erfüllen. Für die folgenden Dienste stellt Microsynth User Guides mit vielen hilfreichen Informationen zur Verfügung:

Bitte klicken Sie oben auf den Namen des Dienstes, um das entsprechende Benutzerhandbuch zu öffnen; oder gehen Sie in den Bereich " Probenanforderungen", wo Sie ebenfalls nützliche Informationen über Probenanforderungen usw. finden.

Wie kann ich meine bisherigen Bestellungen einsehen?
  • Besuchen Sie unseren Webshop
  • Klicken Sie im Bereich DNA-Sequenzierung auf Option&Preferences
  • Klicken Sie auf Order History - Review/Delete Previous Orders
Microsynth wiederholt fehlgeschlagene Sequenzierreaktionen kostenlos für seinen Standard-Sequenzierservice in 1,5 ml Tubes (Economy Run). Wie funktioniert das?

Im Allgemeinen werden fehlgeschlagene Sequenzierreaktionen automatisch in folgendem Modus wiederholt: In einem ersten Versuch wird eine Probe wiederholt, um das Potenzial für eine weitere Verbesserung durch Modifizierung der Chemie der Sequenzierreaktion zu bewerten. Führt die Wiederholung zu einem besseren Sequenzierergebnis, werden auch die anderen Proben Ihres Auftrags erneut sequenziert. Darüber hinaus ist es jederzeit möglich, gezielt Wiederholungen von fehlgeschlagenen Reaktionen anzufordern (am besten telefonisch oder per E-Mail). Bitte beachten Sie, dass wir Economy Run Proben nur 4 Arbeitstage aufbewahren.

Wie funktioniert die Dateibenennung, welche Flexibilität habe ich?

In den Online-Bestellformularen werden Proben- und Primernamen mit bis zu 35 Zeichen akzeptiert. Daher haben die Dateinamen von Sanger-Ergebnissen folgendes Format: Probenname_Primername.ab1
Ergebnisse aus der Plattensequenzierung enthalten zusätzlich den Plattennamen: Probenname_Primername_Plattenname.ab1
Bitte beachten Sie, dass Sonderzeichen ungültig sind (Details sind im Webshop aufgeführt).

Was muss ich beachten, wenn ich lebende GVOs zu Microsynth schicke?

Genetisch veränderte Mikroorganismen (GVO), die nicht der Definition von toxischen oder infektiösen Stoffen entsprechen, aber in der Lage sind, Tiere, Pflanzen oder mikrobielle Substanzen in einer Weise zu verändern, die normalerweise nicht aus natürlicher Vermehrung resultiert, gehören zur Klasse 9 und sind der UN3245 zuzuordnen und in Übereinstimmung mit der Verpackungsvorschrift P904 zu versenden.
Kurz gesagt bedeutet dies, dass die Proben in einer inneren, einer sekundären und einer äußeren Verpackung verpackt werden müssen. Die Innenverpackung besteht aus einem lecksicheren Primärgefäß und einem absorbierenden Material, das zwischen dem Primärgefäß und der Sekundärverpackung (z.B. Plastikbeutel) platziert wird. Die Außenverpackung muss für ihr Fassungsvermögen, ihre Masse und ihren Verwendungszweck stabil genug sein und eine minimale Außenabmessung von mindestens 100 mm haben.
Weitere Informationen finden Sie unter https://adrbook.com/en/2017/Sutun/8/P904.

Wenn GVOs nicht der UN3245/Klasse 9 zugeordnet werden können (was für die meisten E. coli-Laborstämme und Vektoren zutrifft), unterliegen sie nicht den Gefahrgutvorschriften.

GVO unterliegen nicht den Gefahrgutvorschriften, wenn sie von den zuständigen Behörden der Herkunfts-, Transit- und Bestimmungsländer zur Verwendung zugelassen sind.

 

 

Generelle Technische Fragen
Was sind die kritischen Anforderungen an Sequenzierprimer?

Gehen Sie in den Bereich “Sequenzierprimer”, wo Sie viele nützliche Informationen über Sequenzierprimer finden.

Wie kann ich die ab1-Dateien öffnen?

Microsynth liefert die Sequenzierergebnisse im Textformat (FASTA-Dateien) und im Chromatogrammformat (ab1-Dateien). Um die ab1-Dateien zu öffnen, müssen Sie eines der Software-Tools herunterladen, die Sie im Bereich Software and Links finden.

Ist es möglich, das Trimmen von DNA-Sequenzen bei Microsynth einzustellen?

Standardmäßig führt Microsynth ein Sequenztrimming durch und entfernt irreführende Daten von den Enden der Sequenzierfragmente. Für bestimmte Anwendungen (z. B. CRISPR/Cas-Sequenzierung) kann es jedoch sinnvoller sein, ungetrimmte Sequenzierdaten ("Rohdaten") zu erhalten. In unserem Webshop können Sie unter "Options & Preferences" auswählen, ob Sie Sequencing Trimming wünschen oder nicht.

Kann ich kleine Teile von Maus-, Human- oder anderen Genomen direkt mit der Sanger-Sequenzierung sequenzieren?

Die direkte Sequenzierung über den Sanger-Ansatz ist für Genome < 1Mb möglich. Wann immer möglich, empfehlen wir Ihnen jedoch, die gewünschte Region mittels PCR zu amplifizieren und uns das/die PCR-Produkt(e) zur Sequenzierung zu schicken.

Was ist wichtig für die Sequenzierung von PCR-Produkten?

Um zuverlässige Sequenzierergebnisse zu erhalten, müssen Verunreinigungen wie dNTPs, PCR-Primer etc. eliminiert werden. Außerdem ist es wichtig, das aufgereinigte PCR-Produkt zu quantifizieren. Dies ist einfach zu bewerkstelligen, indem Sie eine Agarosegel-Elektrophorese Ihres PCR-Produkts durchführen und die Bande für Ihr PCR-Produkt mit Standardbanden definierter Konzentrationen vergleichen. Von Quantifizierungsansätzen, die auf UV-spektrophotometrischen Analysetechniken basieren, raten wir ab. Für eine erfolgreiche Sequenzierung müssen die PCR-Produkte einbandig auf dem Agarosegel sein. Ist dies nicht der Fall, sollten Sie die richtige Bande durch Gelextraktion wiederherstellen. Mit dem Premium Run können wir dies für Sie tun.

Wie lange kann ich meine Sanger-Sequenzierergebnisse aus dem Webshop herunterladen?

Die Ergebnisse der Sanger-Sequenzierung werden für mindestens 3 Monate im Webshop aufbewahrt.