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Sequenzierung von Small und microRNA

Small and microRNA Sequencing
 
 
Verwenden Sie Small-RNA-Sequenzierung, um:
  • den Einfluss von nicht-kodierender RNA auf Genexpressionsmuster zu untersuchen
  • neue regulatorische Elemente und Prozesse zu entdecken
Small RNA Seq ist der Partner der RNA-Sequenzierung von der Grundlagenforschung bis zu neuen therapeutischen Ansätzen.

Übersicht

Überlegungen vor dem Start eines Small RNA Sequenzierungsprojekts:

  • Small RNA-Fraktion, erwartete Größen?
  • Probentypen (Serum, Zelltypen, Gewebe)?
  • Sequenziertiefe (Sensitivität)?
  • Replikate (Konfidenz)?
  • Neue und/oder bekannte small RNA-Typen?
  • Modellorganismus oder keine Datenbankeinträge vorhanden?

Lassen Sie sich von uns beraten - vom Entwurf bis zur Analyse

Beispielprojekte mit Small RNA Sequencing:

  • Studien zur posttranslatorischen Regulation
  • Entdeckung von neuen regulatorischen Elementen
  • Konditionale Biomarker-Erkennung
  • Funktionelle Experimente zur Aufdeckung der Genregulation
  • Teil einer Omics-Charakterisierung
  • Medikamentenentdeckung/ Drug-Target-Screens/ neue Therapeutika
  • Entdeckung neuer nicht-kodierender regulatorischer RNA
  • Gewebespezifische piRNA- und miRNA-Effekte

Anwendungen im Zusammenhang mit Small RNA Sequencing:

  • RNA sequencing

Workflow

 
Ein typischer Workflow für ein Small oder miRNA-Projekt ist in der untenstehenden Grafik dargestellt. Bitte beachten Sie, dass unsere hochmodularen Prozesse Ihnen verschiedene Einstiegs- und Ausstiegsmöglichkeiten bieten. Ob Sie Ihr gesamtes NGS-Projekt an Microsynth auslagern oder nur Teile davon, bleibt Ihnen überlassen.
 
 
Weitere Informationen sowie eine detaillierte technische Beschreibung finden Sie in unserer Application Note Small RNA Sequencing (siehe Downloads rechte Seite).

Resultate


Die von unserem Analysemodul erzeugten Ergebnisse helfen bei der Beantwortung von drei Hauptfragen eines miRNA-Sequenzierungsexperiments, das zum Beispiel darauf abzielt, Biomarker für eine bestimmte Krankheit zu finden.

  1. Gibt es in einem Experiment unterschiedliche Muster der miRNA-Expression ? (siehe Abbildung 1)
  2. Welche der exprimierten miRNAs könnten neu sein? (siehe Tabelle 1)
  3. Welches sind die angereicherten Motive in den miRNA-Daten? (siehe Abbildung 2)

Abbildung 1: Diese Abbildung zeigt eine Hauptkomponentenanalyse (PCA) basierend auf den normalisierten Expressionsmustern der analysierten Proben und stellt deren Ähnlichkeit zueinander dar. Dies hilft zu klären, ob die im Experiment verwendeten Bedingungen zu unterschiedlichen Mustern der miRNA-Expression führen.

 
Tabelle 1: Dieser Ausschnitt einer Ergebnistabelle zeigt die rohen Zählungen der sequenzierten miRNAs und ihre Ähnlichkeit mit bereits bekannten miRNAs. Alle nicht übereinstimmenden und daher möglicherweise neuartigen miRNA-Sequenzen und ihre Häufigkeiten sind für mögliche weitere Untersuchungen aufgelistet.

Abbildung 2: Angereicherte Motive werden erkannt und zusammen mit Metriken zur Signifikanz und zusätzlichen Informationen (nicht gezeigt) visualisiert

Bearbeitungszeiten

 

  • Lieferung der Daten innerhalb von 25 Arbeitstagen nach Probeneingang (einschließlich Library Erstellung und Sequenzierung)
  • Weitere 10 Arbeitstage für die Datenanalyse (Bioinformatik)
  • Express-Service auf Anfrage möglich