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SARS-CoV-2 Sequenzierung

Differential Gene Expression



Wie Viren miteinander verwandt sind und wie sie sich im Laufe der Zeit entwickelt und verbreitet haben, kann mithilfe der molekularen Phylogenetik untersucht werden. Microsynth hat eine NGS-basierte Analyse entwickelt, mit der sich wichtige phylogenetische Erkenntnisse und epidemiologische Informationen im Zusammenhang mit der Covid-19-Epidemie gewinnen lassen.






Service Beschreibung


Unser Service umfasst folgende Schritte:

  • cDNA-Synthese an isolierter RNA (z. B. aus Patientenproben)
  • PCR-Amplifikation des Sars-CoV-2-Genoms
  • PCR-Aufreinigung und Pooling der PCRs
  • Vorbereitung der TruSeq-Amplikon-Bibliothek
  • Illumina MiSeq (2 x 250 bp) Amplikon-Sequenzierung
  • Bioinformatik

 

Wichtige Anmerkungen:

Microsynth verwendet ein Protokoll zur Sequenzierung des nahezu vollständigen Sars-cov-2-Genoms von 30 kb
(https://www.protocols.io/view/ncov-2019-sequencing-protocol-bbmuik6w). Das Protokoll ist weit verbreitet
und basiert auf der Amplifikation von kurzen, überlappenden PCR-Produkten (ca. 400 bp). Es funktioniert am besten bei Patientenproben, die Ct-Werte <30 (idealerweise <25) aufweisen.

 

Anwendung


Virale Genome weisen relativ hohe Mutationsraten auf und dies gilt auch für SARS-CoV-2 mit seinem 30 kb sRNA-Genom. Basierend auf der bei SARS-CoV-2 beobachteten Mutationsrate gehen Forscher davon aus, dass alle 2-3 Wochen eine neue Mutation in einer Transfektionskette auftritt [1]. Diese zufälligen Mutationen helfen, die Ausbreitung des Coronavirus im globalen Maßstab zu modellieren [2] und können auch zur Identifizierung und Verfolgung lokaler Infektionsketten verwendet werden.

[1] Stadler, T and Neher, R (2020) Diskussion des Potentials von SARS-CoV-2 Genom-Analysen. Policy Brief National COVID-19 Science Task Force, Switzerland.
[2] https://nextstrain.org/ncov