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CRISPR/Cas9 Sequencing

CRISPR/Cas9 Sequencing
 
 
Von der Guide-Verifizierung bis zur Editierungseffizienz – erhalten Sie das vollständige Bild
Charakterisieren Sie Ihre CRISPR/Cas9-Experimente umfassend. Ob zur Überprüfung von sgRNA-Bibliotheken, zur Bewertung der On-Target-Mutationseffizienz oder zur Analyse der DNA-basierten Ergebnisse eines CRISPR-Screens – wir bieten maßgeschneiderte Sequenzierungs- und Analyseoptionen.

Was Sie erreichen können

  • Nachweis und Verteilung von Einzel-Guide-RNAs (sgRNAs) in Plasmidbibliotheken bestätigen
  • Editierungseffizienz am Zielort quantifizieren
  • Mutationsmuster zwischen Behandlungen und Kontrollen vergleichen
  • Dominante Mutationen aus gepoolten CRISPR-Screens identifizieren
  • Potenzielle Off-Target-Mutationen detektieren

Bevor Sie starten

Für einen optimalen Projektstart sollten Sie folgende Fragen klären:

  • Welche Art von CRISPR-Experiment ist geplant (z. B. Knock-out, Knock-in, Screening)?
  • Welche minimale Read-Länge wird benötigt?
  • Welche Sequenziertiefe ist erforderlich, um seltene Editierungen nachzuweisen?
  • Interessieren Sie sich für Mutationsfrequenzen, funktionelle Konsequenzen oder beides?
  • Wie viele Proben sollen verarbeitet werden?

Modularer Workflow

Lagern Sie den gesamten Prozess aus oder wählen Sie spezifische Module – unser Workflow ist flexibel aufgebaut. Typische Schritte:

CRISPR/Cas9 Sequencing

Bioinformatische Analyse

Unser Analysemodul für CRISPR/Cas9-Daten liefert präzise und verwertbare Erkenntnisse.

Analyse der Plasmidbibliothek

  • Welche sgRNAs sind vorhanden?
  • Wie ist ihre Verteilung?

Analyse nach Editierung

  • War die Editierung erfolgreich?
  • Welche Insertionen oder Deletionen (InDels) wurden eingeführt?
  • Wie häufig tritt jede Mutation auf?
  • Welche funktionellen Auswirkungen lassen sich durch den Vergleich mit Kontrollen ableiten?

Vergleichende Analyse

  • Signifikant editierte Regionen unter verschiedenen Bedingungen identifizieren
  • Hochwirksame Mutationen für weiterführende Untersuchungen hervorheben

Alle Ergebnisse werden als Rohdaten, annotierte Variantenlisten und visuelle Zusammenfassungen geliefert.
Für weitere technische Informationen laden Sie bitte unsere ausführliche Application Note auf der rechten Seite herunter.

Bearbeitungszeit

  • 15–20 Arbeitstage für die Sequenzierung
  • +3 Arbeitstage für die vollständige Analyse
  • Express-Service auf Anfrage möglich

Probenanforderungen

  • Pufferempfehlung: 10 mM Tris-HCl (pH 7,5–8,5)
  • Wichtig: Vermeiden Sie Puffer mit EDTA >1 mM
  • DNA-Quantifizierung: Fluorometrische Methoden (z. B. PicoGreen®, Qubit®)


Probeninput für Illumina-Sequenzierung:

Probentyp Menge (µg) Konzentration (ng/µl)
DNA for amplicon preparation >0.1 >5
1st or 2nd step Nextera PCR product >0.2 >5