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ONT De Novo Sequenzierung (Eukaryoten)

ONT De Novo Sequenzierung (Eukaryoten)
 
 
Vollständige Genome, komplexe Strukturen – entschlüsselt mit Long-Read-Präzision.
Ideal für Pilze und kleine Pflanzengenome ab 16 Mb. Beinhaltet vollständige Genomassemblierung und Annotation in nur 1–4 Wochen.
 

Was Sie erreichen können

  • Hochwertige Genomrekonstruktionen eukaryotischer Organismen
  • Lange Reads >20 kb ermöglichen eine überlegene Auflösung repetitiver oder komplexer Regionen
  • Funktionelle Annotation mit homologie-basierten Tools
  • Angepasste Protokolle für schwierige Proben (z. B. mit vielen sekundären Metaboliten)

Bevor Sie starten

Bitte klären Sie:

  • Welchen eukaryotischen Organismus möchten Sie sequenzieren?
  • Benötigen Sie eine DNA-Extraktion oder senden Sie gereinigte HMW-DNA ein?
  • Gibt es bekannte Herausforderungen (z. B. sekundäre Metaboliten, resistente Zellwände)?
  • Wie groß ist das Genom ungefähr (in Mb)?

Modularer Workflow

Angepasst für robuste de novo Genomassemblierung von Eukaryoten.

ONT De Novo Sequenzierung

Bioinformatische Analyse

Ihr Genom wird rekonstruiert und funktionell mit homologie-basierten Tools annotiert:

  • Hochwertige de novo Genomassemblierung
  • Gen-Vorhersage und Annotation basierend auf verwandten Referenzorganismen
  • Funktionelle Klassifizierung kodierender Regionen
  • Standard-Ausgabeformate für GenBank, GFF und Genome Browser

Sie erhalten:

  • Polierte Genomassemblierung (.fasta)
  • Gen-Vorhersage- und Annotationsdateien (.gb, .gff, .tsv)
  • Tabellen zur funktionellen Klassifikation
  • Assemblierungsmetriken und Zusammenfassungsberichte

Bearbeitungszeit

  • <30 Mb Genom: ca. 7 Arbeitstage
  • <100 Mb Genom: ca. 3–4 Wochen

Bearbeitungszeit abhängig von DNA-Qualität und Genomkomplexität. Schwierige Proben können längere Bearbeitungszeit erfordern.

Probenanforderungen

Option 1: Vor-extrahierte HMW gDNA

  • Mindestens 2 μg hochreine, doppelsträngige HMW-DNA
  • >50 % der DNA >20 kb
  • Reinheit: 260/280 > 1,8 und 260/230 zwischen 2,0–2,2
  • Volumen: ≥50 μl bei ≥40 ng/μl
  • Kein DNA-Qualitätscheck inbegriffen – bitte vor dem Versand prüfen

Option 2: Zell- oder Gewebeproben (mit Extraktion)

  • Akzeptiert: frische, schockgefrorene oder konservierte Pilz- oder Pflanzengewebe
  • Keine Konservierung in RNAlater oder Ethanol
  • Angepasste Isolationsprotokolle möglich für schwierige Proben
  • Bitte Organismus und bekannte Herausforderungen im Einsendeformular angeben