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Frequently Asked Questions - Oligonukleotid Synthese
Product & Services
Ja, wir bieten MGB-Sonden mit verschiedenen Farbstoffen an.
Die Modifikation (3' MGB-Q530) kann direkt über unseren Webshop bestellt werden.
Ja, Microsynth hat viel Erfahrung mit degenerierten Oligos für verschiedene Anwendungen. Wir können Ihnen degenerierte Oligos mit folgenden Eigenschaften anbieten:
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Produkt |
Anwendungen |
Wie bestellen? |
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Degenerated Bases (IUB Hand Mixed Synthesis Reagents) |
NGS-, Barcoding- und Mutagenese-Anwendungen, bei denen die Gleichverteilung degenerierter Basen kritisch ist. |
benötigt eine spezifische Offerte |
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Degenerated Bases (Custom Hand Mixed Synthesis Reagents) |
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Degenerated Bases (Standard IUB Wobbles)* |
Alle anderen Anwendungen, bei denen Gleichverteilung weniger wichtig ist oder der Sequenzraum zu groß ist, um mit einer Standardsynthese abgedeckt zu werden, z. B. einige SELEX-Anwendungen |
direkt über den Webshop |
*Basen werden automatisch vom Synthesizer gemischt.
Ja, wir führen Primerdesign für Kunden durch (Standard PCR Primer, qPCR Assays sowie siRNAs). Der Preis ist abhängig von der Anfrage. Bis zu 5 Primerdesigns pro Tag und Kunde sind kostenlos. Wenn es sich um ein spezielles Design handelt oder deutlich mehr Primerdesigns benötigt werden, unterbreiten wir Ihnen ein Angebot über die Preisgestaltung. Wir bevorzugen NCBI-Accessionsnummern für Primer-Designs, akzeptieren aber auch Sequenzen im Plain-Text / Fasta-Format.
Ja.
Microsynth Primer können in EvaGreen oder sondenbasierten Assays (z. B. Drop-off-Assays für Mutationsscreening) weiterverwendet werden.
Fragen zur Bestellung
Bestellen Sie die Kontroll-siRNAs per E-Mail und geben Sie an, welche und wie viele Aliquots der Kontroll-siRNA Sie benötigen (oligo.support@microsynth.ch).
Es ist auch möglich, Ihrer Bestellung von kundenspezifischen siRNAs vorsynthetisierte Kontroll-siRNA hinzuzufügen. Während der Bestellung Ihrer siRNAs können Sie den/die Namen und die Anzahl der Aliquots der benötigten Kontroll-siRNAs im Feld "special comment" angeben.
Ja, wir können Oligos in 384-Well-Platten liefern. Bitte laden Sie unser Excel-Bestellformular unter Upload-Eintrag im Webshop herunter. Fügen Sie Ihre Sequenzen in die Datei ein und senden Sie die Excel-Datei per E-Mail an oligo.support@microsynth.ch. Schicken Sie das Excelblatt nicht direkt im Webshop ab. Wir melden uns dann bei Ihnen mit einem Angebot und weiteren Details zu Ihrer Bestellung.
Ersetzen Sie die verschiedenen DNA/RNA oder 2'-O-Methyl-RNA Basen in Ihrer Sequenz durch die internen Modifikationen 5, 6, 7 und 8 (z.B. TTAGCrAArGTTrUrC -> TTAGC5A6TT78). Loggen Sie sich in unseren Webshop ein und geben Sie Ihre Sequenz in das Sequenzfeld ein. Definieren Sie die Modifikation im Dropdown-Menü für 5, 6, 7, 8 (entweder RNA/DNA oder 2'-O-Methyl-RNA Basen).
Sie können die Position der Oligonukleotide in der 96-Well-Platte verschieben, indem Sie eine Leerposition setzen. Geben Sie dazu einen Oligo-Datensatz mit den folgenden Eigenschaften ein:
i. Oligoname: Leerposition
ii. Scale: Genomics
iii. Purification: Desalted
iv. Sequence: TT
Die Mindestmenge an Oligos, um eine 96-Well-Platte zu erhalten, beträgt 40 Oligonukleotide.
Oligos, die länger als 150 DNA-Basen sind, können sowohl nur im 0,2 µmol-Synthesemaßstab als auch nur in entsalzter Qualität bestellt werden. Wenn Sie solche langen Oligos über unseren Webshop bestellen, gehen Sie bitte wie folgt vor:
- Kürzen Sie Ihre Sequenz auf 100nt
- Wählen Sie "andere" für die 3'-Modifikation
- Folgen Sie den weiteren Anweisungen und senden Sie Ihre Bestellung ab (aufgrund der 3'-Modifikation "others" wird die Produktion angehalten, bis wir die gesamte Sequenz von Ihnen erhalten haben)
- Wenn Sie die Auftragsbestätigungs-E-Mail von Microsynth erhalten, antworten Sie auf diese E-Mail, indem Sie die gesamte Sequenzinformation angeben (others = gesamte DNA-Sequenz). Vergessen Sie nicht, das 5'- und 3'-Ende der Sequenz in der E-Mail anzugeben.
- Wählen Sie ein "T" DNA-Nukleotid innerhalb Ihrer Sequenz und ersetzen Sie das "T" durch "5".
- Wählen Sie Ihren bevorzugten Farbstoff (z. B. FAM-dT) im Dropdown-Menü unter "Innere Modifikation (5=...)" aus
- Folgen Sie den weiteren Anweisungen und senden Sie Ihre Bestellung ab
Erstes Screening mit verschiedenen siRNAs: Für eine solche Anwendung verwenden unsere Kunden in der Regel entsalzte siRNA, die einer Kartuschenreinigung unterzogen wurde. Damit werden Reinheitsgrade von ~80 % erreicht, was für erste Screening-Zwecke völlig ausreichend ist.
Fortgeschrittenes Screening oder für den Einsatz in Zellkulturen: wenn Ihr Experiment anspruchsvoller und damit teurer wird, empfehlen wir in der Regel die HPLC- (~85 %) oder sogar PAGE-Aufreinigung (~95 %).
Ja, Microsynth bietet kundenspezifische siRNA für den Einsatz in Tierversuchen an. Die Verarbeitungsmöglichkeiten umfassen verschiedene HPLC-Reinigungsmethoden, Gegenionen- (Na+) Austausch und Sterilfiltration.
Standardmäßig befindet sich an der 5' und 3' Seite eines Oligos eine OH-Gruppe.
Molare Extinktionskoeffizienten von Oligonukleotiden werden nach dem "Base Composition Model" berechnet. [1-3] Es beinhaltet die Absorption der einzelnen Nukleobasen und mögliche Basenmodifikationen und/oder Farbstoffe. Genauere Werte für unmodifizierte Oligonukleotide erhält man mit dem "nearest-neighbor model", das Stapelungseffekte von benachbarten Nukleobasen berücksichtigt. Nach unseren Berechnungen reduziert dieses Modell den Extinktionskoeffizienten um ca. 90 % im Vergleich zum Basenzusammensetzungsmodell. Daher werden die Extinktionskoeffizienten von Oligonukleotiden nach der folgenden Gleichung geschätzt.
- Tataurov A.V., You Y., and Owczarzy R. (2008) Predicting ultraviolet spectrum of single stranded and double stranded deoxyribonucleic acids, Biophys. Chem. 133, 66-70.
- Fasman, G.D. (Ed.) (1975) Handbook of Biochemistry and Molecular Biology, Volume 1: Nucleic Acids, pp 589, 3rd edition, CRC Press.
- Cavaluzzi M.J., and Borer P.N. (2004) Revised UV extinction coefficients for nucleoside-5'-monophosphates and unpaired DNA and RNA, Nucleic Acids Res. 32, e13.
