FAQ - Microsynth

Bieten Sie auch die Synthese von MGB-Sonden an?

Ja, wir bieten MGB-Sonden mit verschiedenen Farbstoffen an.
Die Modifikation (3' MGB-Q530) kann direkt über unseren Webshop bestellt werden.

Ich arbeite mit degenerierten Oligos und benötige eine ungleiche Basenverteilung. Können Sie solche Oligos synthetisieren?

Ja, Microsynth hat viel Erfahrung mit degenerierten Oligos für verschiedene Anwendungen. Wir können Ihnen degenerierte Oligos mit folgenden Eigenschaften anbieten:

Produkt	Anwendungen	Wie bestellen?
Degenerated Bases (IUB Hand Mixed Synthesis Reagents)	NGS-, Barcoding- und Mutagenese-Anwendungen, bei denen die Gleichverteilung degenerierter Basen kritisch ist.	benötigt eine spezifische Offerte
Degenerated Bases (Custom Hand Mixed Synthesis Reagents)		benötigt eine spezifische Offerte
Degenerated Bases (Standard IUB Wobbles)*	Alle anderen Anwendungen, bei denen Gleichverteilung weniger wichtig ist oder der Sequenzraum zu groß ist, um mit einer Standardsynthese abgedeckt zu werden, z. B. einige SELEX-Anwendungen	direkt über den Webshop

*Basen werden automatisch vom Synthesizer gemischt.

Entwerfen Sie Primer? Wenn ja, wie hoch ist der Preis?

Ja, wir führen Primerdesign für Kunden durch (Standard PCR Primer, qPCR Assays sowie siRNAs). Der Preis ist abhängig von der Anfrage. Bis zu 5 Primerdesigns pro Tag und Kunde sind kostenlos. Wenn es sich um ein spezielles Design handelt oder deutlich mehr Primerdesigns benötigt werden, unterbreiten wir Ihnen ein Angebot über die Preisgestaltung. Wir bevorzugen NCBI-Accessionsnummern für Primer-Designs, akzeptieren aber auch Sequenzen im Plain-Text / Fasta-Format.

Sind Ihre Primer und Sonden mit handelsüblichen Supermixes für den Einsatz in der digitalen Droplet PCR kompatibel?

Ja.

Microsynth Primer können in EvaGreen oder sondenbasierten Assays (z. B. Drop-off-Assays für Mutationsscreening) weiterverwendet werden.

Ich möchte Kontroll-siRNA bestellen. Wie sollte ich vorgehen?

Bestellen Sie die Kontroll-siRNAs per E-Mail und geben Sie an, welche und wie viele Aliquots der Kontroll-siRNA Sie benötigen (oligo.support@microsynth.ch).

Es ist auch möglich, Ihrer Bestellung von kundenspezifischen siRNAs vorsynthetisierte Kontroll-siRNA hinzuzufügen. Während der Bestellung Ihrer siRNAs können Sie den/die Namen und die Anzahl der Aliquots der benötigten Kontroll-siRNAs im Feld "special comment" angeben.

Ich möchte Oligos in 384-Well-Platten bestellen. Ist dies möglich?

Ja, wir können Oligos in 384-Well-Platten liefern. Bitte laden Sie unser Excel-Bestellformular unter Upload-Eintrag im Webshop herunter. Fügen Sie Ihre Sequenzen in die Datei ein und senden Sie die Excel-Datei per E-Mail an oligo.support@microsynth.ch. Schicken Sie das Excelblatt nicht direkt im Webshop ab. Wir melden uns dann bei Ihnen mit einem Angebot und weiteren Details zu Ihrer Bestellung.

Wie kann ich Hybrid-Oligos (DNA/RNA/2'-O-Methyl-RNA) bestellen?

Ersetzen Sie die verschiedenen DNA/RNA oder 2'-O-Methyl-RNA Basen in Ihrer Sequenz durch die internen Modifikationen 5, 6, 7 und 8 (z.B. TTAGCrAArGTTrUrC -> TTAGC5A6TT78). Loggen Sie sich in unseren Webshop ein und geben Sie Ihre Sequenz in das Sequenzfeld ein. Definieren Sie die Modifikation im Dropdown-Menü für 5, 6, 7, 8 (entweder RNA/DNA oder 2'-O-Methyl-RNA Basen).

Ich möchte Oligonukleotide in einer 96-Well-Platte bestellen, benötige aber ein spezielles Layout. Wie kann das gemacht werden?

Sie können die Position der Oligonukleotide in der 96-Well-Platte verschieben, indem Sie eine Leerposition setzen. Geben Sie dazu einen Oligo-Datensatz mit den folgenden Eigenschaften ein:

i. Oligoname: Leerposition
ii. Scale: Genomics
iii. Purification: Desalted
iv. Sequence: TT

Gibt es eine Mindestmenge an Oligonukleotiden, die ich bestellen muss, um die Oligo-Bestellung in einer 96-Well-Platte zu erhalten?

Die Mindestmenge an Oligos, um eine 96-Well-Platte zu erhalten, beträgt 40 Oligonukleotide.

Ich möchte Oligos bestellen, die länger als 150 DNA-Basen sind. Wie sollte ich vorgehen?

Wir würden das vorgeschlagene Experiment/die Anwendung gerne vorher mit Ihnen besprechen, um das bestmögliche Ergebnis zu garantieren. Solche langen Oligos werden nicht für direkte Klonierungsexperimente empfohlen, können aber für die PCR-Amplifikation und anschließende Klonierung oder als Template (Positivkontrolle) für qPCR-Assays verwendet werden.

Oligos, die länger als 150 DNA-Basen sind, können sowohl nur im 0,2 µmol-Synthesemaßstab als auch nur in entsalzter Qualität bestellt werden. Wenn Sie solche langen Oligos über unseren Webshop bestellen, gehen Sie bitte wie folgt vor:

Kürzen Sie Ihre Sequenz auf 100nt
Wählen Sie "andere" für die 3'-Modifikation
Folgen Sie den weiteren Anweisungen und senden Sie Ihre Bestellung ab (aufgrund der 3'-Modifikation "others" wird die Produktion angehalten, bis wir die gesamte Sequenz von Ihnen erhalten haben)
Wenn Sie die Auftragsbestätigungs-E-Mail von Microsynth erhalten, antworten Sie auf diese E-Mail, indem Sie die gesamte Sequenzinformation angeben (others = gesamte DNA-Sequenz). Vergessen Sie nicht, das 5'- und 3'-Ende der Sequenz in der E-Mail anzugeben.

Ich möchte ein Oligo mit einer internen Farbstoffmodifikation bestellen. Wie sollte ich vorgehen?

Üblicherweise werden interne Fluoreszenzmodifikationen als dT-Verbindungen (z. B. FAM-dT) eingebaut. Das Bestellverfahren für diese Art von Modifikationen ist sehr einfach:

Wählen Sie ein "T" DNA-Nukleotid innerhalb Ihrer Sequenz und ersetzen Sie das "T" durch "5".
Wählen Sie Ihren bevorzugten Farbstoff (z. B. FAM-dT) im Dropdown-Menü unter "Innere Modifikation (5=...)" aus
Folgen Sie den weiteren Anweisungen und senden Sie Ihre Bestellung ab

Sollten Sie die interne Farbstoffmodifikation an einem anderen Nukleotid benötigen, setzen Sie sich bitte mit uns in Verbindung. Sie müssen die Modifikation über "others" hinzufügen und uns die tatsächliche Modifikation mitteilen.

Wie bestellt man am besten Oligos mit unterschiedlichen Produktionszeiten?

Eine Teillieferung von Oligos aus einer Bestellung ist nicht möglich. Wenn Ihre Bestellung mehrere Oligos mit unterschiedlichen Lieferzeiten umfasst, erhalten Sie alle Artikel als eine Sendung, sobald alle Produkte versandfertig sind. Bitte verwenden Sie getrennte Bestellungen, wenn die Liefergeschwindigkeit entscheidend ist.

Microsynth bietet 3 verschiedene Reinheitsgrade für siRNA zur Verwendung in vitro an. Können Sie mich beraten, welche Art der Aufreinigung ich für welchen Versuchsaufbau verwenden sollte?

Erstes Screening mit verschiedenen siRNAs: Für eine solche Anwendung verwenden unsere Kunden in der Regel entsalzte siRNA, die einer Kartuschenreinigung unterzogen wurde. Damit werden Reinheitsgrade von ~80 % erreicht, was für erste Screening-Zwecke völlig ausreichend ist.

Fortgeschrittenes Screening oder für den Einsatz in Zellkulturen: wenn Ihr Experiment anspruchsvoller und damit teurer wird, empfehlen wir in der Regel die HPLC- (~85 %) oder sogar PAGE-Aufreinigung (~95 %).

Gibt es bei Microsynth siRNA für in vivo Experimente?

Ja, Microsynth bietet kundenspezifische siRNA für den Einsatz in Tierversuchen an. Die Verarbeitungsmöglichkeiten umfassen verschiedene HPLC-Reinigungsmethoden, Gegenionen- (Na+) Austausch und Sterilfiltration.

Ich würde gerne die 5'- und 3'-Funktionsgruppe der von Ihnen angebotenen Standard-DNA-Oligos wissen. Sind sie 5'OH?

Standardmäßig befindet sich an der 5' und 3' Seite eines Oligos eine OH-Gruppe.

Wie ist die Stabilität von DNA/RNA-Oligos und wie sollten sie gelagert werden?

Weitere Informationen zur Handhabung, Lagerung und Stabilität von DNA-Oligos finden Sie hier.

Weitere Informationen zur Handhabung, Lagerung und Stabilität von RNA-Oligos finden Sie hier.

Wie berechnet Microsynth den molaren Extinktionskoeffizienten von Oligonukleotiden?

Molare Extinktionskoeffizienten von Oligonukleotiden werden nach dem "Base Composition Model" berechnet. [1-3] Es beinhaltet die Absorption der einzelnen Nukleobasen und mögliche Basenmodifikationen und/oder Farbstoffe. Genauere Werte für unmodifizierte Oligonukleotide erhält man mit dem "nearest-neighbor model", das Stapelungseffekte von benachbarten Nukleobasen berücksichtigt. Nach unseren Berechnungen reduziert dieses Modell den Extinktionskoeffizienten um ca. 90 % im Vergleich zum Basenzusammensetzungsmodell. Daher werden die Extinktionskoeffizienten von Oligonukleotiden nach der folgenden Gleichung geschätzt.

Tataurov A.V., You Y., and Owczarzy R. (2008) Predicting ultraviolet spectrum of single stranded and double stranded deoxyribonucleic acids, Biophys. Chem. 133, 66-70.
Fasman, G.D. (Ed.) (1975) Handbook of Biochemistry and Molecular Biology, Volume 1: Nucleic Acids, pp 589, 3rd edition, CRC Press.
Cavaluzzi M.J., and Borer P.N. (2004) Revised UV extinction coefficients for nucleoside-5'-monophosphates and unpaired DNA and RNA, Nucleic Acids Res. 32, e13.

Frequently Asked Questions - Oligonukleotid Synthese