FAQ - Microsynth

Bieten Sie auch die Synthese von MGB-Sonden an?

Ja, wir bieten MGB-Sonden mit verschiedenen Farbstoffen an.
Die Modifikation (3' MGB-Q530) kann direkt über unseren Webshop bestellt werden.

Ich möchte mit Oligos arbeiten, die degenerierte Basen (Mischbasen) enthalten. Bieten Sie solche Oligos an?

Ja, Microsynth bietet Oligos mit degenerierten Basen als Standardprodukt an. Degenerierte Basen können im Webshop direkt mit dem entsprechenden IUB-Code eingegeben werden (siehe auch Webshop). Alle degenerierten Basen (Mischbasen) werden mit hochpräzisen, vorgemischten Synthesereagenzien synthetisiert, die eine bestmögliche equimolare Verteilung der degenerierten Basen im Oligo gewährleisten.

Entwerfen Sie Primer? Wenn ja, wie hoch ist der Preis?

Nein, wir empfehlen die Verwendung von Primer-BLAST für das Design Ihrer Primer.

Sind Ihre Primer und Sonden mit handelsüblichen Supermixes für den Einsatz in der digitalen Droplet PCR kompatibel?

Ja.

Microsynth Primer können in EvaGreen oder sondenbasierten Assays (z. B. Drop-off-Assays für Mutationsscreening) weiterverwendet werden.

Sollten thiol-modifizierte Oligos vor der Verwendung behandelt werden?

Die bei Microsynth gekauften Thiol-modifizierten Oligonukleotide sind bereits in ihre aktive Form reduziert. Sie können die Thiol-modifizierten Oligonukleotide im gewünschten Lösungsmittel auflösen und direkt verwenden. Nach dem Auflösen empfehlen wir dringend, die Proben bei -20°C oder niedriger zu lagern.

Im Laufe der Zeit kann es nach Kontakt mit Luft oder einem Lösungsmittel, das als Oxidationsmittel wirken kann, wie z.B. DMSO, zur reversiblen Bildung einer intramolekularen Disulfidbindung kommen. In diesem Fall müssen die Thiol-modifizierten Oligonukleotide mit einem Reduktionsmittel wie DTT oder TCEP behandelt werden.

Welche Kombination sollte ich verwenden: HEX mit BHQ-1 oder BHQ-2?

Beide Kombinationen sind möglich. Basierend auf unseren Erfahrungen zeigt HEX in Kombination mit BHQ-2 jedoch eine bessere Leistung als mit BHQ-1. Daher empfehlen wir die Verwendung von HEX in Kombination mit BHQ-2 für optimale Ergebnisse.

Ich möchte Kontroll-siRNA bestellen. Wie sollte ich vorgehen?

Um Kontroll-siRNAs zu bestellen, besuchen Sie unsere Website hier. Die aufgelisteten Sequenzen können in verschiedenen Synthesemaßstäben und Aufreinigungsgraden über den Microsynth Webshop bestellt werden.

Ich möchte Oligos in 384-Well-Platten bestellen. Ist dies möglich?

Ja, wir können Oligos in 384-Well-Platten liefern. Bitte laden Sie unser Excel-Bestellformular unter Upload-Eintrag im Webshop herunter. Fügen Sie Ihre Sequenzen in die Datei ein und senden Sie die Excel-Datei per E-Mail an oligo.support@microsynth.ch. Schicken Sie das Excelblatt nicht direkt im Webshop ab. Wir melden uns dann bei Ihnen mit einem Angebot und weiteren Details zu Ihrer Bestellung.

Wie kann ich Hybrid-Oligos (DNA/RNA/2'-O-Methyl-RNA) bestellen?

Ersetzen Sie die verschiedenen DNA/RNA oder 2'-O-Methyl-RNA Basen in Ihrer Sequenz durch die internen Modifikationen 5, 6, 7 und 8 (z.B. TTAGCrAArGTTrUrC -> TTAGC5A6TT78). Loggen Sie sich in unseren Webshop ein und geben Sie Ihre Sequenz in das Sequenzfeld ein. Definieren Sie die Modifikation im Dropdown-Menü für 5, 6, 7, 8 (entweder RNA/DNA oder 2'-O-Methyl-RNA Basen).

Ich möchte Oligonukleotide in einer 96-Well-Platte bestellen, benötige aber ein spezielles Layout. Wie kann das gemacht werden?

Sie können die Position der Oligonukleotide in der 96-Well-Platte verschieben, indem Sie eine Leerposition setzen. Geben Sie dazu einen Oligo-Datensatz mit den folgenden Eigenschaften ein:

i. Oligoname: Leerposition
ii. Scale: Genomics
iii. Purification: Desalted
iv. Sequence: TT

Gibt es eine Mindestmenge an Oligonukleotiden, die ich bestellen muss, um die Oligo-Bestellung in einer 96-Well-Platte zu erhalten?

Die Mindestmenge an Oligos, um eine 96-Well-Platte zu erhalten, beträgt 40 Oligonukleotide.

Ich möchte ein Oligo mit einer internen Farbstoffmodifikation bestellen. Wie sollte ich vorgehen?

Üblicherweise werden interne Fluoreszenzmodifikationen als dT-Verbindungen (z. B. FAM-dT) eingebaut. Das Bestellverfahren für diese Art von Modifikationen ist sehr einfach:

Wählen Sie ein "T" DNA-Nukleotid innerhalb Ihrer Sequenz und ersetzen Sie das "T" durch "5".
Wählen Sie Ihren bevorzugten Farbstoff (z. B. FAM-dT) im Dropdown-Menü unter "Innere Modifikation (5=...)" aus
Folgen Sie den weiteren Anweisungen und senden Sie Ihre Bestellung ab

Sollten Sie die interne Farbstoffmodifikation an einem anderen Nukleotid benötigen, setzen Sie sich bitte mit uns in Verbindung. Sie müssen die Modifikation über "others" hinzufügen und uns die tatsächliche Modifikation mitteilen.

Wie bestellt man am besten Oligos mit unterschiedlichen Produktionszeiten?

Eine Teillieferung von Oligos aus einer Bestellung ist nicht möglich. Wenn Ihre Bestellung mehrere Oligos mit unterschiedlichen Lieferzeiten umfasst, erhalten Sie alle Artikel als eine Sendung, sobald alle Produkte versandfertig sind. Bitte verwenden Sie getrennte Bestellungen, wenn die Liefergeschwindigkeit entscheidend ist.

Microsynth bietet 3 verschiedene Reinheitsgrade für siRNA zur Verwendung in vitro an. Können Sie mich beraten, welche Art der Aufreinigung ich für welchen Versuchsaufbau verwenden sollte?

Erstes Screening mit verschiedenen siRNAs: Für eine solche Anwendung verwenden unsere Kunden in der Regel entsalzte siRNA, die einer Kartuschenreinigung unterzogen wurde. Damit werden Reinheitsgrade von ~80 % erreicht, was für erste Screening-Zwecke völlig ausreichend ist.

Fortgeschrittenes Screening oder für den Einsatz in Zellkulturen: wenn Ihr Experiment anspruchsvoller und damit teurer wird, empfehlen wir in der Regel die HPLC- (~85 %) oder sogar PAGE-Aufreinigung (~95 %).

Gibt es bei Microsynth siRNA für in vivo Experimente?

Für größere Mengen, ab 5 mg, bieten wir siRNAs mit niedrigem Endotoxingehalt an, die speziell für den Einsatz in Tierversuchen geeignet sind. Bitte kontaktieren Sie uns für weitere Informationen.

Ich würde gerne die 5'- und 3'-Funktionsgruppe der von Ihnen angebotenen Standard-DNA-Oligos wissen. Sind sie 5'OH?

Standardmäßig befindet sich an der 5' und 3' Seite eines Oligos eine OH-Gruppe.

Wie ist die Stabilität von DNA/RNA-Oligos und wie sollten sie gelagert werden?

Weitere Informationen zur Handhabung, Lagerung und Stabilität von DNA-Oligos finden Sie hier.

Weitere Informationen zur Handhabung, Lagerung und Stabilität von RNA-Oligos finden Sie hier.

Wie berechnet Microsynth den molaren Extinktionskoeffizienten von Oligonukleotiden?

Molare Extinktionskoeffizienten von Oligonukleotiden werden nach dem "Base Composition Model" berechnet. [1-3] Es beinhaltet die Absorption der einzelnen Nukleobasen und mögliche Basenmodifikationen und/oder Farbstoffe. Genauere Werte für unmodifizierte Oligonukleotide erhält man mit dem "nearest-neighbor model", das Stapelungseffekte von benachbarten Nukleobasen berücksichtigt. Nach unseren Berechnungen reduziert dieses Modell den Extinktionskoeffizienten um ca. 90 % im Vergleich zum Basenzusammensetzungsmodell. Daher werden die Extinktionskoeffizienten von Oligonukleotiden nach der folgenden Gleichung geschätzt.

Tataurov A.V., You Y., and Owczarzy R. (2008) Predicting ultraviolet spectrum of single stranded and double stranded deoxyribonucleic acids, Biophys. Chem. 133, 66-70.
Fasman, G.D. (Ed.) (1975) Handbook of Biochemistry and Molecular Biology, Volume 1: Nucleic Acids, pp 589, 3rd edition, CRC Press.
Cavaluzzi M.J., and Borer P.N. (2004) Revised UV extinction coefficients for nucleoside-5'-monophosphates and unpaired DNA and RNA, Nucleic Acids Res. 32, e13.

Frequently Asked Questions - Oligonukleotid Synthese