miCORE Resequencing

Verwenden Sie miCORE Resequencing („Whole Genome Sequencing“), um:

vererbte oder erworbene Mutationen innerhalb eines Genoms aufzuspüren.
genomweite Vergleiche durchzuführen.
Stamm oder Zelltyp auf genomischer Ebene zu verifizieren.
Off-Target-Mutationen in Ihrem CRISPR/Cas9-Editierexperiment nachzuweisen.

Übersicht

Überlegungen vor Beginn eines whole genome sequencing Projekts:

Wissenschaftliches Ziel
Qualität des Referenzgenoms
SNV Nachweis (Variant Calling)
Optimale Abdeckung / Sequenziertiefe & Leselänge
Besteht der Verdacht auf signifikante DNA-Kontaminationen?

Lassen Sie sich von uns beraten - vom Design bis zur Analyse

Beispiele für Projekte, bei denen die Whole Genome Sequenzierung zum Einsatz kommt:

Nachweis von Mutationen, die von Krebszellen erworben wurden - von SNPs bis zu großen strukturellen Veränderungen.
Nachweis von Insertionsstellen
Mutationsverifizierung, Ausschluss von Off-Target-Mutationen
Genetische Veränderungen in Zuchtstudien

Anwendungen im Zusammenhang mit der Whole Genome Sequenzierung:

RNA Sequencing
Whole Exome Resequencing
De Novo Sequencing

Workflow

Ein typischer Arbeitsablauf für ein prokaryotisches oder eukaryotisches Resequenzierungsprojekt ist in der folgenden Abbildung dargestellt. Bitte beachten Sie, dass unsere hochmodularen Prozesse verschiedene Ein- und Ausstiegsmöglichkeiten bieten. Es liegt ganz bei Ihnen, ob Sie Ihr NGS-Projekt ganz oder teilweise an Microsynth auslagern.

Für weitere Informationen und eine detaillierte technische Beschreibung laden Sie bitte unseren Applikationsflyer und das User Manual miCORE Resequencing herunter (siehe zugehörige Downloads).

Resultate

Ohne Bioinformatik

Rohdaten:

Wenn kein Analysemodul bestellt wird, liefert Microsynth für Whole Genome Sequencing die folgenden Hauptergebnisse:

Bewertung der Quantität und Qualität der Sequenzierung (im .xlsx-Format)
Bewertung der Quantität und Qualität der Sequenzierdaten.
Rohdaten (pro Probe, im .fastq-Format)
Mit den Rohdaten können Sie Ihre eigenen Analysen durchführen oder jedes sequenzierte Nukleotid zurückverfolgen.
Zusammenfassender Projektbericht (.pdf-Format)
Der Bericht enthält eine Zusammenfassung der wichtigsten Parameter des Projekts.

Mit Bioinformatik

Bioinformatische Standardanalyse:

Für unsere Resequenzierungsanwendungen bietet das Analysemodul von Microsynth zusätzlich zu den Rohdaten eine Vielzahl von Einblicken, um Ihre wissenschaftlichen Ziele zu erreichen:

Bewertung der Quantität und Qualität der Sequenzierung (im .xlsx und .html Format)
Eine umfassende Auswertung der Quantität und Qualität der Sequenzierung, die wichtige Erkenntnisse liefert.
Alignment/Map-Dateien und Indizes (in den Formaten .bam und .bai)
Zugriff auf Alignment- und Map-Dateien mit den zugehörigen Indizes.
Analyse der genomischen Abdeckung und Lesetiefe (in den Formaten .tsv und .bed; siehe Abbildung 1)
Erhalten Sie Einblicke in die Genomabdeckung und Lesetiefe anhand der Ergebnisse, die in den Formaten .tsv und .bed bereitgestellt werden.
Strukturelle Variationen & Kopienzahlanalyse (siehe Tabelle 1 & Abbildung 2)
Variant Calling von SNVs und kleinen InDels (im .vcf-Format, siehe Tabelle 2 und Tabelle 3 )
Identifizierung von Einzelnukleotid-Varianten (SNVs) und kleinen Insertionen/Deletionen (InDels < 50 bp) mit den Ergebnissen der Variantenidentifizierung im .vcf-Format.
Annotation von Variationen mit Konsequenzen auf Aminosäureebene (im .html-Format, siehe Tabelle 4)
Verständnis der Variationen mit potenziellen Konsequenzen auf Aminosäureebene, dargestellt im .html-Format (verfügbar für die meisten Modellorganismen / wenn das Referenzgenom entsprechend annotiert ist).

Optional:

Filterung von Varianten gegen ein Hintergrundmuster (im .html-Format)
Passen Sie Ihre Analyse an, indem Sie Varianten gegen eine Hintergrundprobe filtern und die Ergebnisse im .html-Format erhalten.
Probenkonsensussequenz (im .fasta- und .gb-Format)
Erhalten Sie eine Probenkonsensussequenz, die zu einer chimären Sequenz führen könnte, im .fasta- und .gb-Format.

Zusätzliche bioinformatische Analyse (kostenpflichtig)

Genomische Epidemiologie (nur bei Prokaryonten):

Screening auf Übereinstimmungen mit Resistenz- und Virulenzdatenbanken und Mykotoxin-Genen (im .tsv-Format)
Identifizierung von Übereinstimmungen mit Resistenz- und Virulenzdatenbanken mit Bereitstellung der Screening-Ergebnisse im .tsv-Format.
Phylogenetische Typisierung von Probenstämmen (im .pdf-Format)
Verstehen Sie die phylogenetische Verwandtschaft Ihres Probenstamms anhand eines übersichtlichen .pdf-Berichts.

Diese Ergebnisse geben Ihnen einen umfassenden Überblick über Ihre Re-Sequenzierungsanalyse und ermöglichen es Ihnen, aussagekräftige Erkenntnisse zu gewinnen und fundierte Entscheidungen zu treffen.

Abbildung 1: Histogramm der Genomabdeckung.

Tabelle 1: Dieser Auszug aus einer Ergebnistabelle zeigt die detektierten Einzelnukleotidvariationen, kleine Insertionen und Deletionen und deren Annotation.

Tabelle 2: Zusammenfassende Tabelle der beobachteten SNVs und InDels in den analysierten Proben, einschließlich der Art der Mutation ( silent vs. non-silent). Unterschiede in den Zahlen sind auf Variationen in nicht kodierenden oder nicht annotierten genomischen Regionen oder auf bereits berichtete Isoformen zurückzuführen.

Tabelle 3: Dieser Auszug aus einer Ergebnistabelle listet vermutete strukturelle Variationen auf.

Abbildung 2: Diese Abbildung zeigt eine mögliche Variation der Kopienzahl im Vergleich zu einer Referenzprobe.

Tabelle 4: Tabelle mit detaillierten Informationen zu jeder beobachteten Variation, z. B. Art und Position der Variation, betroffenes Protein, einschließlich der Referenzsequenz und der veränderten Sequenz.

Bearbeitungszeiten

Lieferung der Daten innerhalb von 20 Arbeitstagen nach Probeneingang (einschließlich Vorbereitung der Bibliothek und Sequenzierung).
Weitere 3 bzw. 6 Arbeitstage für Datenanalyse (Bioinformatik; kleine bzw. große Genome).
Express-Service auf Anfrage.