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Anforderungen an die Proben

 
 
Puffer-Empfehlungen
DNA: 10 mM Tris-HCl Puffer (pH 7.5 – 8.5)
RNA: 10 mM Tris-HCl Puffer (pH 7.0)
Wichtig: Bitte vermeiden Sie jeden EDTA-haltigen Puffer für Nextera XT und alle Amplikon-Bibliotheken oder PCR-Produkte!
 
DNA/RNA-Quantifizierung
Für die DNA/RNA-Quantifizierung wird ein fluorometrisches Verfahren empfohlen, z. B. PicoGreen®, RiboGreen®, Qubit® etc.
 
Erforderliche Probenmengen für die Illumina-Sequenzierung
Library Typ Menge (µg) Konzentration (ng/µl)
DNA for Illumina Tagmentation Library >0.075 >2
DNA for Nextera XT library >0.2 >10
DNA for TruSeq library >0.5 >10
DNA for Illumina DNA library >0.5 >10
RNA for RNASeq library (poly(A) enriched) >1 >20
RNA for RNASeq library (ribo depletion) >3 >20
DNA for amplicon preparation (e.g. 16s rDNA or ITS analysis) >0.1 >05
1st or 2nd step Nextera PCR product >0.2 >05
Ready-to-sequence amplicon library pool * >0.2 >10
ChIP-Seq libraries (req. ChIP DNA) >0.05 >05
miRNA/small RNA (req. total RNA) >1 >20
low input RNA (req. total RNA) >0.001 >0.1
* für zu poolende Einzelproben > 50 ng > 5 ng/µl pro Probe
 

Bitte liefern Sie die DNA/RNA-Proben bei mehr als 24 Proben im Plattenformat, da wir sonst zusätzliche Kosten berechnen müssen. Wenn Sie vorhaben, indizierte Bibliotheken bereitzustellen, achten Sie bitte frühzeitig auf die Verwendung von Illumina-kompatiblen Indexkombinationen.

Probenbenennung: Bitte verwenden Sie kurze, eindeutige Namen ohne Sonderzeichen. Falls eine bioinformatische Auswertung gewünscht ist, verwenden wir die Namen so wie sie sind für die bereitgestellten Tabellen und Abbildungen.

Erforderliche Probenmengen für PacBio-Sequenzierung
Library Typ Menge (µg) Konzentration (ng/µl)
DNA Library >10 >300
 

Mit einem OD260/OD280-Verhältnis von 1,8 bis 2,0. Hochmolekulare DNA und reine Proben sind entscheidend für die Library-Erstellung und eine gute Datenqualität.

Deshalb bitte:

  • Vermeiden Sie mehrfache Gefrier-Auftau-Zyklen
  • Setzen Sie es keinen hohen Temperaturen aus
  • Verwenden Sie keine DNA-interkalierenden Färbemittel wie Ethidiumbromid und/oder UV-Licht, da diese DNA-Schäden induzieren können
  • Vermeiden Sie unlösliches Material
  • Vermeiden Sie RNA-Kontaminationen
  • Vermeiden Sie die Verwendung von Denaturierungsmitteln (z. B. Guanidiniumsalze oder Phenol) oder Detergenzien (z. B. SDS oder Triton-X100)
  • Vermeiden Sie die Inkubation in komplexen oder reichhaltigen Medien
  • Ernten Sie während der frühen bis mittleren Log-Phase, von mehreren statt von einer einzigen Kultur
 

DNA Qualitätskontrolle
Microsynth führt an jeder erhaltenen Probe eine vollständige Qualitätskontrolle durch, bevor weitere Sequenzierungsschritte durchgeführt werden. Wir empfehlen jedoch, dass Sie Ihre DNA auch auf einem Gel oder auf dem Bioanalyzer überprüfen. Wenn Sie dies tun, stellen Sie uns bitte auch das Gelbild oder die Trace-Datei zur Verfügung.
 

Proben- & Datenspeicherung bei Microsynth
Daten, Proben und die bearbeiteten Libraries werden bei Microsynth für 3 Monate aufbewahrt.