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Amplicon Deep Sequencing

Amplicon Deep Sequencing
 
 
Identifiez les mutations. Détectez les variantes rares en toute confiance.
Que ce soit pour la vérification CRISPR, le métabarcoding ou le profilage des mutations, le séquençage profond d’amplicons fournit des résultats précis et fiables, même pour les événements à faible fréquence.

Ce que vous pouvez accomplir

  • Identifier les variations nucléotidiques simples (SNVs) et les petites insertions/suppressions (InDels)
  • Détecter les variantes rares avec une grande sensibilité
  • Analyser des régions cibles avec un haut débit
  • Étudier des régions spécifiques d’intérêt dans un fond complexe d’ADN
  • Paralléliser le séquençage Sanger pour des régions courtes d’ADN

Avant de commencer

Pour optimiser votre projet du design à l’analyse, tenez compte des éléments suivants :

  • Quelle est la longueur et la position de votre région cible ?
  • Quelle est la complexité de votre échantillon ? Quelle profondeur de séquençage est nécessaire ?
  • Quelle quantité et qualité d’ADN sont disponibles pour l’analyse ?

Workflow modulaire

Externalisez l’intégralité du workflow ou sélectionnez des modules spécifiques. Notre processus est conçu pour une flexibilité maximale. Étapes typiques :

Workflow Amplicon Deep Sequencing

Analyse bioinformatique

Nous proposons des options d’analyse personnalisées selon vos besoins spécifiques. Pour l’analyse de la diversité, nous offrons :

  • Contrôle qualité des données
  • Regroupement/déréplication des lectures
  • Détection des SNVs et InDels par rapport à une séquence de référence, y compris l’impact au niveau protéique
  • Analyse comparative et analyse en composantes principales (ACP)

Délais de livraison

  • 15 à 20 jours ouvrables pour le séquençage
  • +3 jours ouvrables pour l’analyse complète
  • Livraison express possible sur demande

Exigences pour les échantillons

  • Tampon recommandé : 10 mM Tris-HCl (pH 7,5–8,5)
  • Important : Éviter tout tampon contenant >1 mM d’EDTA
  • Quantification de l’ADN : méthodes fluorométriques (ex. PicoGreen®, Qubit®)

Quantités requises pour le séquençage Illumina :

Type de Library Quantité (µg) Concentration (ng/µl)
1st or 2nd step Nextera PCR product >0.2 >5

Remarques

  • Nous vous recommandons de contacter notre équipe pour obtenir des conseils sur la conception des amorces et les stratégies de multiplexage.
  • Configurations personnalisées et analyses supplémentaires disponibles sur demande.