Whole Genome Sequencing

Verwenden Sie Whole Genome Sequencing, um:

einzelne Nukleotide bis hin zu großen strukturellen Variationen in Ihrem Modellorganismus zu erkennen
Off-Target-Mutationen Ihres CRISPR/Cas9-Gene Editing-Experiments zu erkennen
Ihren bakteriellen Produktionsstamm zu validieren
mikrobielle Isolate durch MLST zu charakterisieren

Übersicht

Überlegungen vor dem Start eines Whole Genome Sequenzier-Projekts:

Wissenschaftliches Ziel
Verfügbarkeit und Qualität eines Referenzgenoms
SNV-Nachweis und/oder SV-Nachweis
Optimale Abdeckung/Sequenzierungstiefe und Leselänge
Besteht der Verdacht auf erhebliche DNA-Kontaminationen

Lassen Sie sich von uns beraten - vom Design bis zur Analyse

Beispielprojekte mit Whole Genome Sequenzierung:

Detektion von Mutationen, die Krebszellen erworben haben - von SNPs bis zu großen strukturellen Variationen
Erkennung von Insertionsstellen
Mutationsverifizierung, Ausschluss von Off-Target-Mutationen
Genetische Veränderungen in Zuchtstudien

Anwendungen im Zusammenhang mit Whole Genome Sequenzierung:

RNA Sequencing
Whole exome resequencing

Workflow

Ein typischer Workflow für ein eukaryotisches Resequenzierungsprojekt ist in der folgenden Grafik dargestellt. Bitte beachten Sie, dass unsere hochmodularen Prozesse Ihnen verschiedene Einstiegs- und Ausstiegsmöglichkeiten bieten. Ob Sie Ihr gesamtes NGS-Projekt an Microsynth auslagern oder nur Teile davon, bleibt Ihnen überlassen.

Weitere Informationen sowie eine detaillierte technische Beschreibung finden Sie in unserer Application Note Eukaryotic Resequencing (siehe Downloads auf der rechten Seite).

Resultate

Ohne Bioinformatik

Rohdaten:

Wenn kein Analysemodul bestellt wird, liefert Microsynth für Whole Genome Sequencing die unten aufgeführten Schlüsselergebnisse:

Bewertung der Quantität und Qualität der Sequenzierung (im .xlsx-Format)
Die Bewertung der Quantität und Qualität der Sequenzierungsdaten.
Rohdaten (pro Probe, im .fastq-Format)
Mit den Rohdaten können Sie Ihre eigene Analyse durchführen oder jedes sequenzierte Nukleotid zurückverfolgen.
Ein zusammenfassender Projektbericht (.pdf-Format)
Der Bericht enthält eine Zusammenfassung der wichtigsten Parameter des Projekts.

Mit Bioinformatik

Standard-Bioinformatik-Analyse:

Für unsere Resequenzierungsanwendung bietet das Analysemodul von Microsynth zusätzlich zu den Rohdaten eine Vielzahl von Einblicken, um Ihre wissenschaftlichen Ziele zu erreichen:

Auswertung der Quantität und Qualität der Sequenzierung (im .xlsx- und .html-Format)
Eine umfassende Bewertung der Quantität und Qualität der Sequenzierung, die wichtige Erkenntnisse liefert.
Alignment/Map-Dateien und Indizes (in den Formaten .bam und .bai)
Zugriff auf Alignment- und Map-Dateien mit den dazugehörigen Indizes für Ihren Komfort.
Analyse der Genomabdeckung und Lesetiefe (in den Formaten .tsv und .bed; siehe Abbildung 1)
Gewinnen Sie Einblicke in die Genomabdeckung und Lesetiefe anhand der im .tsv- und .bed-Format bereitgestellten Ergebnisse.
Strukturelle Variationen & Kopienzahlanalyse (vgl. Tabelle 1 & Abbildung 2)
Variant Calling von SNVs und kleinen InDels (im .vcf-Format, siehe Tabelle 2 und Tabelle 3 )
Identifizierung von Einzelnukleotidvarianten (SNVs) und kleinen Insertionen/Deletionen (InDels < 50 bp) mit den im .vcf-Format verfügbaren Ergebnissen der Variantenerkennung.
Annotation von Variationen mit Konsequenzen auf Aminosäureebene (im .html-Format, siehe Tabelle 4)
Verstehen Sie Variationen mit potenziellen Konsequenzen auf Aminosäureebene, dargestellt im .html-Format (zugänglich für die meisten Modellorganismen / wenn das Referenzgenom entsprechend annotiert ist).

Optional:

Filterung von Varianten gegen eine Hintergrundprobe (im .html-Format)
Passen Sie Ihre Analyse an, indem Sie Varianten gegen eine Hintergrundprobe filtern, wobei die Ergebnisse im .html-Format bereitgestellt werden.
Proben-Konsensus-Sequenz (im .fasta- und .gb-Format)
Erhalten Sie eine Proben-Konsensus-Sequenz, die möglicherweise zu einer chimären Sequenz führt, im .fasta- und .gb-Format.

Ergänzende bioinformatische Analyse (gegen Aufpreis)

Genomische Epidemiologie (nur für Prokaryoten):

Screening auf Übereinstimmungen mit Resistenz- und Virulenzdatenbanken und Mykotoxin-Genen (im .tsv-Format)
Identifizierung von Übereinstimmungen mit Resistenz- und Virulenzdatenbanken mit Bereitstellung der Screening-Ergebnisse im .tsv-Format.
Phylogenetische Typisierung von Probenstämmen (im .pdf-Format)
Verstehen Sie die phylogenetische Verwandtschaft Ihres Probenstamms anhand eines übersichtlichen .pdf-Berichts.

Diese Ergebnisse geben Ihnen einen umfassenden Überblick über Ihre Re-Sequenzierungsanalyse und ermöglichen es Ihnen, aussagekräftige Erkenntnisse zu gewinnen und fundierte Entscheidungen zu treffen.

Abbildung 1: Histogramm der Genomabdeckung.

Tabelle 1: Dieser Ausschnitt aus einer Ergebnistabelle zeigt die entdeckten Einzelnukleotidvariationen, kleine Insertionen und Deletionen und deren Annotation.

Tabelle 2: Zusammenfassende Tabelle der beobachteten SNVs und InDels in den analysierten Proben einschließlich der Art der Mutation (silent vs. non-silent). Unterschiede in den Zahlen sind auf Variationen in nicht kodierenden oder nicht annotierten genomischen Regionen oder bereits gemeldeten Isoformen zurückzuführen.

Tabelle 3: Dieser Ausschnitt aus einer Ergebnistabelle listet mutmaßliche Strukturvariationen auf.

Abbildung 2: Diese Abbildung zeigt eine mögliche Variation der Kopienzahl im Vergleich zu einer Referenzprobe.

Tabelle 4: Tabelle mit detaillierten Informationen zu jeder beobachteten Variation, wie z. B. Typ und Position der Variante, betroffenes Protein, einschließlich Referenz- und veränderter Sequenz.

Bearbeitungszeiten

Lieferung der Daten innerhalb von 20 Arbeitstagen nach Probeneingang (inklusive Library Erstellung und Sequenzierung)
Weitere 10 Arbeitstage für die Datenanalyse (Bioinformatik)
Express-Service auf Anfrage möglich