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mRNA-Sequenzierung für die differentielle Genexpressionsanalyse

Differential Gene Expression
 
 
Verwenden Sie die mRNA-Sequenzierung, um:
  • die unter unterschiedlichen Bedingungen erhaltenen Genexpressionsprofile zu vergleichen
  • Genetische Profile von der Transkript- bis zur Ebene der Signalwege zu untersuchen

 

Übersicht

Überlegungen vor dem Start eines mRNA-Sequenzierungsprojekts:

  • Poly(A)-Anreicherung oder Ribo-Abreicherung?
  • Sequenziertiefe (Empfindlichkeit)?
  • Leselänge, Single- oder Paired-End-Sequenzierung (Spezifität)?
  • Replikate (Konfidenz)?
  • Modellorganismus oder kein Referenzgenom vorhanden?
  • Komplexität der Library?

Lassen Sie sich von uns beraten - vom Design bis zur Analyse

Beispielprojekte mit mRNA-Sequenzierung:

  • Funktionelle Protein- und Signalwegstudien
  • Krankheitsbedingte Veränderungen der Genexpression
  • Knock-out oder Knock-in Experimente
  • Teil einer Omics-Charakterisierung
  • Funktionelle Veränderungen aufgrund von Spezies-Interaktionen
  • Entdeckung von neuen Genen oder nicht-kodierender regulatorischer RNA
  • Erkennung von RNA-Varianten
  • Medikamenten-Tests

Anwendungen im Zusammenhang mit der mRNA-Sequenzierung:

  • Reference transcriptome generation
  • Shotgun metatranscriptomics
  • Small RNA sequencing

Workflow

 
Ein typischer Workflow für ein mRNA-Sequenzierungsprojekt ist in der folgenden Grafik dargestellt. Bitte beachten Sie, dass unsere hochmodularen Prozesse Ihnen verschiedene Einstiegs- und Ausstiegsmöglichkeiten bieten. Ob Sie Ihr gesamtes NGS-Projekt an Microsynth auslagern oder nur Teile davon, bleibt Ihnen überlassen.
 


Weitere Informationen sowie eine detaillierte technische Beschreibung finden Sie in unserer Application Note Illumina RNA Sequencing (siehe Downloads auf der rechten Seite).

Resultate

 
Die von unserem Analysemodul für mRNA-Sequenzierungen erzeugten Ergebnisse helfen bei der Beantwortung von fünf Hauptfragen eines mRNA-Seq-Experiments.
  1. Gibt es unterschiedliche Expressionsmuster in einem Experiment? (siehe Abbildung 1)
  2. Welches sind die wichtigsten differentiell exprimierten Gene? (siehe Abbildung 2)
  3. Was sind die detaillierten Statistikwerte aller gemessenen Gene? (siehe Abbildung 3)
  4. Welche Signalwege können die beobachteten Phänotypen beeinflussen? (komplementäre Signalweganalyse, siehe Abbildung 4)
  5. Welche der möglichen alternativen Transkripte werden zum Zeitpunkt des Experiments exprimiert? (komplementäre alternative Splice-Analyse, siehe Abbildung 5)

 

Abbildung 1: Diese Heatmap basiert auf den Expressionsmustern der Proben und zeigt deren Ähnlichkeit zueinander. Dies hilft zu klären, ob die im Experiment verwendeten Bedingungen zu unterschiedlichen Expressionsmustern führen.

 

Abbildung 3: Für alle gemessenen Gene sind detaillierte Statistikwerte wie log fold change und deren Signifikanz zur weiteren Untersuchung aufgeführt.

 

Abbildung 5: Die optionale alternative Splice-Analyse hilft, das wahrscheinlichste Transkript eines Gens zum Zeitpunkt des Experiments zu identifizieren.

Abbildung 2: Die zweite Heatmap zeigt die top hochregulierten und top herunterregulierten Gene aus einem paarweisen Vergleich zweier Bedingungen (z.B. Stressor vs. Kontrolle).

 

Abbildung 4: Die optionale Signalweganreicherungsanalyse hilft bei der Identifizierung von differentiell regulierten Signalwegen, die wiederum beobachtete Phänotypen erklären können.

Bearbeitungszeiten

 

  • Lieferung der Daten innerhalb von 25 Arbeitstagen nach Probeneingang (einschließlich Library Erstellung und Sequenzierung)
  • Zusätzliche 5 Arbeitstage für die Datenanalyse (Bioinformatik)
  • Express-Service auf Anfrage möglich