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ONT Genomische Epidemiologie (Prokaryoten)
Charakterisieren Sie AMR, Virulenz und Plasmide in einem einzigen Lauf.
Microsynths ONT-Service für genomische Epidemiologie entschlüsselt prokaryotische Genome mittels Long-Read-Sequenzierung und einer gezielten Analysepipeline für Resistenzen, Virulenz und Stammentypisierung.
Microsynths ONT-Service für genomische Epidemiologie entschlüsselt prokaryotische Genome mittels Long-Read-Sequenzierung und einer gezielten Analysepipeline für Resistenzen, Virulenz und Stammentypisierung.
Was Sie erreichen können
- Hochauflösende Bestimmung der Spezies mittels taxonomischem Profiling
- Nachweis von antimikrobiellen Resistenzgenen (AMR) und Virulenzfaktoren
- Rekonstruktion und Analyse von Plasmiden
- Detektion von SNPs und strukturellen Varianten (falls Referenz verfügbar)
- MLST- und ANI-Analysen zum epidemiologischen Vergleich
Bevor Sie starten
Um die Analyse optimal anzupassen, teilen Sie uns bitte mit:
- Welche Organismen oder Stämme untersuchen Sie?
- Steht ein Referenzgenom zur Verfügung (z. B. NCBI Accession)?
- Interessieren Sie sich hauptsächlich für AMR-Gene, Virulenzgene, Plasmide – oder für alle drei?
- Gibt es bestimmte Gene oder Merkmale, die Sie screenen möchten?
Modularer Workflow
Ein strukturierter Prozess zur Identifikation und Kontextualisierung genomischer Merkmale:
Bioinformatische Analyse
Unsere spezialisierte Pipeline umfasst:
- Taxonomische Klassifikation mittels ANI und MLST (falls Schema in PubMLST vorhanden)
- Nachweis von AMR-Genen mithilfe kuratierter Resistenzdatenbanken
- Identifikation von Virulenzfaktoren basierend auf öffentlichen und proprietären Annotationen
- Rückgewinnung und Rekonstruktion von Plasmiden
- Variantenerkennung (sofern Referenzgenom vorhanden)
- Visuelle Zusammenfassungen zu Resistenzprofilen, Plasmidkarten und Genclustern
Sie erhalten:
- Annotierte Genome und Plasmidsequenzen
- Anwesenheits-/Abwesenheitstabellen für AMR- und Virulenzgene
- MLST- und ANI-Berichte
- Variantentabellen und Visualisierungen
- Alle Rohdaten und verarbeiteten Sequenzdaten
Bearbeitungszeit
- Ergebnisse innerhalb von 3 bis 7 Tagen nach Probeneingang
Abhängig von der Genomkomplexität und dem Vorliegen einer Referenz.
Probenanforderungen
Option 1: Vorab isolierte HMW-DNA
- Mindestens 1 μg hochwertiger gDNA
- ≥50 % der Fragmente >10–20 kb
- 260/280 >1.8 und 260/230 zwischen 2.0–2.2
- ≥30 μl bei ≥30 ng/μl
Option 2: Kulturen oder Kolonien (mit Extraktion)
- Bakterienpellet, Einzelkolonie oder Flüssigkultur
- Deutlich beschriftet, frisch oder korrekt konserviert
- Bitte Mediumtyp und spezielle Hinweise zur Handhabung angeben