Microbial Resequencing and Profiling

Verwenden Sie mikrobielle Resequenzierung und Typisierung, um:

Mutationen auf der Genomebene zu überprüfen oder zu validieren
Ihren bakteriellen Produktionsstamm zu validieren
mikrobielle Isolate durch MLST zu charakterisieren

Übersicht

Überlegungen vor dem Start eines mikrobiellen Resequenzierungsprojekts:

Gibt es ein Referenzgenom?
Gibt es ein MLST-Profil?
Sind größere Modifikationen zu erwarten?
Kann eine erhebliche DNA-Kontamination auftreten?

Lassen Sie sich von uns beraten - vom Design bis zur Analyse

Beispielprojekte mit mikrobieller Resequenzierung:

Nachweis der Pathogenität von bakteriellen DNA-Isolaten durch MLST
SNPs und InDels verifizieren/detektieren
Prüfen Sie die Spezifität einer eingeführten Mutation
Prüfen Sie die molekulare Epidemiologie von mutmaßlichen Trägerstämmen auf Virulenz, Serotyp, Toxizitätsfaktoren und Arzneimittelresistenz

Anwendungen im Zusammenhang mit der mikrobiellen Resequenzierung:

Amplicon metagenomics
De novo sequencing
Plasmid sequencing

Workflow

Ein typischer Arbeitsablauf für ein mikrobielles Resequenzierungs- und Typisierungsprojekt ist in der untenstehenden Grafik dargestellt. Bitte beachten Sie, dass unsere hochmodularen Prozesse Ihnen verschiedene Einstiegs- und Ausstiegsmöglichkeiten bieten. Ob Sie Ihr gesamtes NGS-Projekt an Microsynth auslagern oder nur Teile davon, bleibt Ihnen überlassen.

Weitere Informationen sowie eine detaillierte technische Beschreibung finden Sie in unserer Application Note Illumina Microbial Resequencing and profiling (siehe Downloads auf der rechten Seite).

Resultate

Bei bakteriellen Resequenzierungsstudien wird ein Bakterienstamm sequenziert und mit der Sequenz eines Referenzstammes verglichen. Unser bakterielles Resequenzierungs Analysemodul hilft Ihnen bei der Beantwortung der folgenden Fragen:

Wie hoch ist die Sequenzierabdeckung für das resequenzierte Genom? (siehe Abbildung 1)
Welche Unterschiede in der Genomstruktur wie z. B. Einzelnukleotidvariationen (SNVs) oder kleine Insertionen und Deletionen (InDels) sind vorhanden und an welcher Stelle im Genom? (siehe Tabelle 1)
Wie wirken sich die beobachteten Mutationen auf annotierte Gene und die entsprechende Proteinsequenz aus? (siehe Tabelle 2)

Abbildung 1: Histogramm der Genomabdeckung.

Tabelle 1: Zusammenfassende Tabelle für beobachtete SNVs und InDels in den analysierten Proben einschließlich der Art der Mutation (silent vs. non-silent). Unterschiede in den Zahlen sind auf Variationen in nicht kodierenden oder nicht annotierten genomischen Regionen oder bereits berichteten Isoformen zurückzuführen.

Tabelle 2: Tabelle mit detaillierten Informationen zu jeder beobachteten Variation wie Variantentyp und -position, betroffenes Protein einschließlich Referenz und veränderter Sequenz.

Bearbeitungszeiten

Lieferung der Daten innerhalb von 20 Arbeitstagen nach Probeneingang (inklusive Library Erstellung und Sequenzierung)
Weitere 5 Arbeitstage für die Datenanalyse (Bioinformatik)
Express-Service auf Anfrage möglich