Back to top

Fragmentlängenanalyse

 
 
Umfassende Servicepakete für Fragmentlängenanalysen inklusive Datenanalyse. Ob es sich bei Ihrer Anwendung um einen einfachen Routineservice oder ein komplexeres F&E-Projekt handelt, Microsynth kann Ihnen helfen.
 

Features and Benefits

 
 
Hohe Qualität
  • Bewährte Zuverlässigkeit durch >20 Jahre Erfahrung und den Umgang mit tausenden von Proben
  • Modernste Geräte (ABI 3730XL) und Software (GeneMarker)
  • FLA-Labors sind nach ISO/IEC 17025:2017 (STS 0429) akkreditiert
 
Schnell
  • Durchlaufzeiten bis hinunter zu 2 Arbeitstagen für Standarddienste
 
 
 
 
 
Praktisch
  • Design und Synthese von hochwertigen fluoreszenzmarkierten PCR-Primern für individuelle oder Multiplex-Strategien über unsere hauseigene Oligonukleotid-Produktionsanlage
  • Professionelles Datenhandling und Reporting
  • Kostenlose Probenabholung an Orten mit einer Microsynth Drop Box (fragen Sie uns, ob es in der Nähe Ihres Labors eine Microsynth Drop Box gibt)
 
Technischer Support
  • Engagierte Microsynth-Anwendungsspezialisten stehen für Projektmanagement und Fehlerbehebung zur Verfügung
  • Erfahrung mit schwierig zu untersuchenden Proben und umfassende Unterstützung bei der Dateninterpretation
 
 

Services

 
Microsynth bietet die folgenden 3 Servicetypen an:
 

Fragmentlängenanalyse - Gelabelte PCR-Produkte
Für diesen Service muss der Kunde die PCR-Reaktion durchführen und ein Aliquot der verdünnten, gelabelten PCR-Produkte einreichen. Microsynth fügt den Größenstandard hinzu und führt eine genaue Trennung der Fragmente durch Kapillarelektrophorese auf einem ABI 3730 XL System durch. Die resultierenden Rohdaten werden als FSA-Dateien auf Microsynths Webshop zur Verfügung gestellt.
Die Datenanalyse mit der GeneMarker Software ist gegen einen geringen Aufpreis erhältlich. Das Fragmentlängen-Reporting beinhaltet folgende Informationen (siehe auch Beispielergebnis weiter unten):
  • Allel-Calling (Bestimmung von Allelname und bp-Größe als EXCEL-Datei)
  • JPEG-Exporte des Allel-Calling
  • Zusätzliche Informationen wie Höhe, Fläche, Verhältnis und Intensität der Signale (kundenspezifisches Reporting auf Anfrage)
Bearbeitungszeit
- 1-2 Arbeitstage nach Probeneingang ohne Datenanalyse (nur Rohdaten)
- 2-6 Arbeitstage nach Probeneingang mit Datenanalyse (FLA-Report)
Preisgestaltung: Pauschalpreis für 1-24 Proben, 25-48 Proben und für 49-96 Proben.
 

Fragmentlängenanalyse - Ready-to-load
Für diesen Service muss der Kunde die PCR-Reaktion durchführen und ein Aliquot der gelabelten PCR-Produkte in Größenstandard /HiDi-Formamid einreichen. Microsynth führt eine genaue Trennung der Fragmente durch Kapillarelektrophorese auf einem ABI 3730 XL System durch. Die resultierenden Rohdaten werden als FSA-Dateien auf Microsynths Webshop zur Verfügung gestellt.
Die Datenanalyse mit der GeneMarker Software ist gegen einen geringen Aufpreis erhältlich. Das Fragmentlängen-Reporting beinhaltet folgende Informationen (siehe auch Beispielergebnis weiter unten):
  • Allel-Calling (Bestimmung von Allelname und bp-Größe als EXCEL-Datei)
  • JPEG-Exporte des Allel-Calling
  • Zusätzliche Informationen wie Höhe, Fläche, Verhältnis und Intensität der Signale (kundenspezifisches Reporting auf Anfrage)

Bearbeitungszeit
- 1-2 Arbeitstage nach Probeneingang ohne Datenanalyse (nur Rohdaten)
- 2-6 Arbeitstage nach Probeneingang mit Datenanalyse (FLA-Report)
Preisgestaltung: Pauschalpreis für 1-24 Proben, 25-48 Proben und für 49-96 Proben.


Fragmentlängenanalyse - Kundenspezifisch
Kundenspezifischer Service von der DNA-Isolierung über die PCR-Optimierung bis zur Fragmentanalyse inklusive Reporting ist möglich.
Da jedes Projekt anders ist, setzen Sie sich bitte mit einem Microsynth-Anwendungsspezialisten in Verbindung, um Ihr Projekt zu besprechen. Bevor Sie mit uns Kontakt aufnehmen, stellen Sie sich bitte folgende Fragen:

  • Soll die DNA/RNA-Isolierung ausgelagert werden? Wenn ja, mit welcher Art von Organismus, Gewebe oder Quelle arbeiten Sie?
  • Erwartete Anzahl von Proben (einmalige Analyse, wiederholte Analyse)?
  • Anlieferung der Proben (Menge, Qualität und Behälter)?
  • Assay etabliert? Einzel- oder Multiplex-Assay?
  • Anzahl der Kontrollen, die einbezogen werden sollen?
  • Art der benötigten Daten (Rohdaten, analysierte Daten, Bericht)?
  • Testmuster vorhanden? Besonders bei größeren Projekten ziehen wir es vor, erste Tests durchzuführen, um ein gutes Angebot zu erstellen.

 

Beispielergebnisse

Abbildung 1. Auszug aus dem Ergebnis-Excel mit der Bestimmung des Allelnamens und der bp-Größe.


Abbildung 2. JPEG-Export des Allel-Calling (FSA-Dateien).


Anwendungen

 
Die Art der Anwendungen, die mit der Fragmentlängenanalyse abgedeckt werden können, sind folgende:
 
 
Mikrosatelliten (STR)-Analyse: Short Tandem Repeats (STRs), auch Mikrosatelliten genannt, sind polymorphe DNA-Loci, die im gesamten Genom vorkommen und aus wiederholten Nukleotidsequenzen (bis zu 6 oder mehr Basen) bestehen. Bei einer typischen STR-Analyse werden Mikrosatelliten-Loci durch PCR mit farbstoffmarkierten Vorwärts- und unmarkierten Rückwärtsprimern amplifiziert. Die Auftrennung erfolgt über Kapillargel-Elektrophorese. Zu den Hauptanwendungen gehören:
  • Zelllinien-Authentifizierung
  • Genotypisierung von Menschen, Tieren und Pflanzen
  • Linkage Mapping
  • Tier-/Pflanzenzucht
  • Pathogen-Subtypisierung
  • Genetische Vielfalt
  • Mikrosatelliten-Instabilität
  • Verlust der Heterozygotie (LOH)
  • Inter-simple Sequenzwiederholung (ISSR)
  • Multilocus-Varianten-Analyse (MLVA)
  • Vaterschaftstests
  • Populationsgenetik
 
 
DNA-Fingerprinting: Amplified fragment-length polymorphism (AFLP) ist eine DNA-Fingerprinting-Methode, die einen Restriktionsenzym-Verdau der DNA mit anschließender selektiver Amplifikation einer Teilmenge von Fragmenten und Auftrennung durch Kapillargel-Elektrophorese verwendet. Zu den Hauptanwendungen gehören:
  • Mikrobielle Genom-Typisierung
  • Tier- oder Pflanzengenom-Typisierung
  • Erstellung von genetischen Karten neuer Arten
  • Genetische Diversität und molekulare Phylogenie-Studien
  • Etablierung von Kopplungsgruppen bei Kreuzungen
 
 
SNP-Genotypisierung: SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) oder Punktmutationen sind die häufigsten Arten genetischer Variation, die zu einem großen Teil die phänotypische Vielfalt zwischen Individuen bestimmen. SNPs treten etwa alle 100 bis 300 Basen auf und können durch verschiedene Techniken wie RFLP, SSCP, Sequenzierung oder im Falle der Fragmentlängenanalyse durch
  • SNaPshot Multiplex Analyse
 
 
Relative Fluoreszenz-Quantifizierung: Relative Fluoreszenzanwendungen vergleichen Peakhöhe oder -fläche zwischen zwei Proben. Gängige Techniken sind insbesondere die Qualitative Fluoreszenz (QF) PCR und die Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA). Zu den Hauptanwendungen gehören
  • LOH in Tumorproben
  • Kopienzahl-Variation (CNV)
  • Aneuploidie-Nachweis
 
 
Ersatz der manuellen Gelelektrophorese: Die Gelelektrophorese ist nach wie vor das Standard-Laborverfahren zur Auftrennung von DNA nach Größe (z. B. Länge in Basenpaaren) zur Visualisierung und Aufreinigung. So können Sie die ungefähre Länge eines DNA-Fragments bestimmen, indem Sie es auf einem Agarosegel zusammen mit einer DNA-Leiter laufen lassen. Allerdings gibt es auch Einschränkungen. Erstens gibt es keine Methode, um die Fragmentgrößen auch mit einer Größenleiter genau zu berechnen. Zweitens ist ein Multiplexing nicht möglich, wenn die Produktgrößen von mehreren Primerpaaren (Markern) ähnlich groß sind. Schließlich haben Agarosegele nicht die Auflösungsmöglichkeiten, die die Kapillarelektrophorese hat (Auflösungsvermögen der Kapillarfragmentanalyse ist 1 Basenpaar).
Daher sind immer mehr Wissenschaftler dazu übergegangen, den manuellen Ansatz durch eine automatisierte Fragmentanalyse zu ersetzen. Dienstleister wie Microsynth bieten schnelle und zuverlässige Fragmentanalysen zu erschwinglichen Kosten an. Ähnlich wie bei der Sanger-Sequenzierung werden die Proben in eine Sammelbox eingeworfen, kostenlos an den Dienstleister geschickt und dort analysiert. 2-3 Arbeitstage später werden die bearbeiteten Daten (Fragmentgröße, Signalintensität) in einem elektronischen Format (bereit zur Veröffentlichung) an den Kunden zurückgeschickt.
 
 

Standard Marker Dyes

 
Microsynth bietet die folgenden Filtersätze an:
Dye Set Name Matrix Type Blue Green Yellow Red Orange
Powerplex_4C 4 dye FAM JOE TAMRA CXR  
Powerplex_4C-RCT 4 dye FAM JOE TAMRA CXR  
DS-30_D 4 dye 6-FAM HEX NED ROX  
DS-30_D-RCT 4 dye 6-FAM HEX NED ROX  
DS-02_E5 5 dye dR110 dR6G dTAMRA dROX LIZ
DS-02_E5-RCT 5 dye dR110 dR6G dTAMRA dROX LIZ
DS-33_G5 5 dye 6-FAM VIC NED PET LIZ
DS-33_G5-RCT 5 dye 6-FAM VIC NED PET LIZ
Mic-G5 5 dye FAM ATTO532 ATTO550 ATTO565 Dyomics630
Mic-G5-RCT 5 dye FAM ATTO532 ATTO550 ATTO565 Dyomics630
RCT: Dieser Farbstoffsatz reduziert die Signalintensität und ein mögliches Crosstalk von Kapillaren. Es können höhere Konzentrationspeaks verwendet werden, ohne dass die Skala überschritten wird.
 
 
Wenn der Kunde den Ready-to-Load-Service wählt, kann grundsätzlich jeder Größenstandard hinzugefügt werden. Microsynth muss wissen, welchen Größenstandard der Kunde für die Größenbestimmung von DNA-Fragmenten im Bereich von 20-600 Nukleotiden oder für größere Fragmente verwendet.
 
Microsynth kann Vorwärtsprimer mit den oben genannten Fluoreszenzfarbstoffen synthetisieren, mit Ausnahme der patentgeschützten Farbstoffe VIC, NED, PET und LIZ. Es sind jedoch kostengünstige alternative Farbstoffe mit gleicher Leistung verfügbar.
 
 

Wie bestellen

 

  • Bereiten Sie Ihre Muster gemäß unseren Probenanforderungen vor.
  • Füllen Sie das Bestellformular in unserem Webshop aus.
  • Drucken Sie das Bestellformular aus und legen Sie es zusammen mit den Proben in eine Plastiktüte oder einen Umschlag. Werfen Sie die Proben in die nächste Microsynth-Sammelbox. Um die nächstgelegene Abholstelle zu finden, loggen Sie sich bitte in unseren Webshop ein und klicken Sie auf "Options & Preferences" unter DNA-Sequenzierung und finden Sie Details unter "Abholstellen". Falls es in Ihrer Nähe keine Sammelbox gibt, senden Sie Ihre Proben an Microsynth in Balgach, Schweiz. Siehe hier für Ihre Versandoptionen.
  • Um Informationen über unsere Preise zu erhalten, loggen Sie sich bitte in unseren Webshop ein und laden Sie unsere aktuelle Preisliste herunter. Neukunden erhalten einen Einführungsrabatt von 50% auf ihre erste Bestellung.
  • Wenn Sie möchten, dass wir die Datenanalyse und das Reporting mit der GeneMaker Software durchführen, benötigen wir einige zusätzliche Informationen. Bitte laden Sie das Excel-Formular auf der rechten Seite herunter und laden Sie das ausgefüllte Formular bei Ihrer Webshop-Bestellung mit hoch.