Long PCRSeq

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>15 µl bei 20 ng/µl

Wir liefern zusätzliche Informationen, die es Ihnen ermöglichen, problematische Regionen zu identifizieren und die Gesamtqualität der Sequenzierung zu beurteilen:

In der *.uncertain.tsv Datei, die mit Excel geöffnet werden kann, werden z.B. alle Residuen des Contigs aufgelistet, die eine Rate von >25% an Mismatches, Deletionen und/oder Insertionen aufweisen. Diese Werte basieren auf allen Reads, die zur Erstellung des Contigs verwendet wurden. Sie können die Liste nach % Mismatches, % Deletionen oder % Insertionen sortieren, um die Regionen Ihres Plasmids zu identifizieren, die problematisch oder mehrdeutig sein könnten. Die Coverage und die Basenqualität der Reads an jeder Position werden ebenfalls angezeigt.
In der Datei *.clean.reads.html im Unterordner "Sequencing" Ihres Pakets können Sie die Statistik der Reads einsehen, die für die Assemblierung Ihrer Probe verwendet wurden. Die Statistik enthält die Anzahl der Reads, die Länge der Reads und die Qualitätsbewertung der Reads.

Wenn Sie unter Windows arbeiten, sollten Sie die Anzeige der Dateinamenserweiterungen einschalten (im Datei-Explorer unter Ansicht in der Gruppe Anzeigen/Ausblenden das Kontrollkästchen Dateinamenserweiterungen aktivieren). Tabulatorgetrennte Wertedateien (.tsv) können beispielsweise in jedem Texteditor oder durch Ziehen und Ablegen in einer geöffneten, aber leeren Excel-Tabelle geöffnet werden. Fasta- (.fasta) und Genbank-Dateien (.gbk) können in einem Texteditor oder mit spezieller Software geöffnet werden.

Abhängig von der verwendeten Sequenzierungschemie kann es für den Assembler schwierig sein, die terminalen Enden der linearen DNA zu rekonstruieren, was dazu führen kann, dass bis zu ~25 Nukleotide am 3'- und/oder 5'-Ende Ihres Inserts fehlen.