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Long PCRSeq

 
 
Entdecken Sie die erweiterten Möglichkeiten von Microsynth's Long PCRSeq, das Oxford Nanopore Technologies (ONT)'s hochmoderne Long Read Sequenzierungstechnologie nutzt, um lineare klonale DNA von 600 bp bis 50 kb zu sequenzieren. Dieser Service, der für Proben in Tubes und 96-Well-Platten erhältlich ist, baut auf den Möglichkeiten unseres bekannten Full PlasmidSeq auf.
 
 

Features and Benefits



Schnell
  • Lieferung der Ergebnisse innerhalb von 1 bis 2 Tagen nach Eingang der Probe.
  • Ergebnisse werden von Montag bis Freitag geliefert.
 
Bequem
  • Nutzen Sie unsere Dropbox in Ihrer Nähe für den kostenlosen Versand von Proben.
  • Sie können zwischen Prepaid- und Non-Prepaid-Service wählen.
 
Einfach
  • Hypothesenfreie Sequenzierung des PCR Produktes.
  • Keine Primer erforderlich.

 

 
 
Kostengünstig
  • Kostengünstige Möglichkeit, Ihr PCR Produkt (Amplicon) zu sequenzieren.
 
Vollständige Informationen
  • Sie erhalten die polierte Konsensussequenz in verschiedenen Formaten (z. B. fasta, fastq und ABI).
  • Die Annotation der Konsensussequenz ist als html- und Genbank-Datei verfügbar.
  • Die ausführliche Unsicherheitsanalyse der Konsensussequenz liefert detaillierte Informationen über die Sequenzier- und Assemblierungsqualität Ihrer Probe.
 

FAQ

Logistik

Wie kann ich die Proben versenden?

Nutzen Sie unser Dropbox-System oder senden Sie Ihre Proben per Post.

Welche Menge an DNA und welche Konzentrationen benötigen Sie?

>15 µl bei 20 ng/µl

Technische Fragen

Wie kann ich die Qualität der erhaltenen Sequenz beurteilen?

Wir liefern zusätzliche Informationen, die es Ihnen ermöglichen, problematische Regionen zu identifizieren und die Gesamtqualität der Sequenzierung zu beurteilen:

In der *.uncertain.tsv Datei, die mit Excel geöffnet werden kann, werden z.B. alle Residuen des Contigs aufgelistet, die eine Rate von >25% an Mismatches, Deletionen und/oder Insertionen aufweisen. Diese Werte basieren auf allen Reads, die zur Erstellung des Contigs verwendet wurden. Sie können die Liste nach % Mismatches, % Deletionen oder % Insertionen sortieren, um die Regionen Ihres Plasmids zu identifizieren, die problematisch oder mehrdeutig sein könnten. Die Coverage und die Basenqualität der Reads an jeder Position werden ebenfalls angezeigt.
In der Datei *.clean.reads.html im Unterordner "Sequencing" Ihres Pakets können Sie die Statistik der Reads einsehen, die für die Assemblierung Ihrer Probe verwendet wurden. Die Statistik enthält die Anzahl der Reads, die Länge der Reads und die Qualitätsbewertung der Reads.

Wie kann ich die Daten in bestimmten Dateien (z. B. tsv, gbk) öffnen/anzeigen?

Wenn Sie unter Windows arbeiten, sollten Sie die Anzeige der Dateinamenserweiterungen einschalten (im Datei-Explorer unter Ansicht in der Gruppe Anzeigen/Ausblenden das Kontrollkästchen Dateinamenserweiterungen aktivieren). Tabulatorgetrennte Wertedateien (.tsv) können beispielsweise in jedem Texteditor oder durch Ziehen und Ablegen in einer geöffneten, aber leeren Excel-Tabelle geöffnet werden. Fasta- (.fasta) und Genbank-Dateien (.gbk) können in einem Texteditor oder mit spezieller Software geöffnet werden.

Warum fehlen in meiner linearen/amplikon Konsensussequenz einige terminale Nukleotide?

Abhängig von der verwendeten Sequenzierungschemie kann es für den Assembler schwierig sein, die terminalen Enden der linearen DNA zu rekonstruieren, was dazu führen kann, dass bis zu ~25 Nukleotide am 3'- und/oder 5'-Ende Ihres Inserts fehlen.

Wie bestellen

 
 
Der Long PCRSeq kann über die gleichen Formulare und Label wie der Full PlasmidSeq bestellt werden.

So bestellen Sie Label für Full PlasmidSeq/Long PCRSeq (Prepaid oder Non-Prepaid):
 
  • Besuchen Sie unseren Webshop
  • Klicken Sie auf Full PlasmidSeq im "Order Labels" Bereich und folgen Sie den weiteren Anweisungen.
  • Sie können zwischen Prepaid- und Non-Prepaid-Labeln wählen
 
Wie Sie Ihre Proben registrieren.

Tubes:
  • Besuchen Sie unseren Webshop
  • Klicken Sie auf Fill Order Form unter Full PlasmidSeq (prepaid or non-prepaid) und folgen Sie den weiteren Anweisungen.
Platten:
  • Besuchen Sie unseren Webshop
  • Klicken Sie auf Fill Order Form unter Full PlasmidSeq und folgen Sie den weiteren Anweisungen.
 
Weitere Informationen finden Sie im User Guide von Microsynth auf der rechten Seite.