miCORE Resequencing

Utiliser le miCORE Resequencing (séquençage du génome entier) pour :

Détecter les mutations héritées ou acquises au sein d'un génome.
Étudier les comparaisons à l'échelle du génome.
Vérifier la souche ou le type de cellule au niveau du génome.
Détecter les mutations hors cible de votre expérience d'édition de gènes CRISPR/Cas9.

Aperçu

Considérations avant de lancer un projet de séquençage du génome entier :

Objectif scientifique
Qualité de la génome de référence
Détection de SNV (Variant Calling)
Couverture optimale/profondeur de séquençage et longueur de lecture
Des contaminations substantielles de l'ADN sont-elles suspectées ?

Laissez-nous vous guider - de la conception à l'analyse

Exemples de projets utilisant le séquençage du génome entier :

Détection des mutations acquises par les cellules cancéreuses - des SNP aux grandes variations structurelles
Détection du site d'insertion
Vérification des mutations, excluant les mutations hors cible
Modifications génétiques dans les études de sélection

Applications liées au séquençage du génome entier :

RNA Sequencing
Whole Exome Resequencing
De Novo Sequencing

Déroulement

Un déroulement typique des opérations pour un projet de reséquençage de procaryotes ou d'eucaryotes est illustré dans le graphique ci-dessous. Veuillez noter que nos processus hautement modulaires vous permettent différentes options d'entrée et de sortie. C'est à vous de décider si vous confiez tout ou partie de votre projet NGS à Microsynth.

Pour plus d'informations et une description technique détaillée, veuillez télécharger notre fiche d'application et notre guide de l'utilisateur miCORE Resequencing (voir téléchargements connexes).

Résultats

Sans Bioinformatique

Données brutes :

Si aucun module d'analyse n'est commandé, Microsynth fournit pour le séquençage du génome entier les résultats clés énumérés ci-dessous :

Évaluation de la quantité et de la qualité du séquençage (au format .xlsx)
L'évaluation de la quantité et de la qualité des données de séquençage.
Données brutes (par échantillon, au format .fastq)
Les données brutes vous permettent d'effectuer vos propres analyses ou de retrouver chaque nucléotide séquencé.
Un rapport de synthèse du projet (format .pdf)
Ce rapport résume les principaux paramètres du projet.

Avec Bioinformatique

Analyse bioinformatique standard :

Pour notre application de reséquençage, en plus des données brutes, le module d'analyse de Microsynth fournit une variété d'informations pour répondre à vos objectifs scientifiques :

Évaluation de la quantité et de la qualité du séquençage (en format .xlsx et .html)
Une évaluation complète de la quantité et de la qualité du séquençage, fournissant des informations cruciales.
Fichiers d'alignement/de cartographie et index (au format .bam et .bai)
Accédez aux fichiers d'alignement et de cartographie ainsi qu'aux index correspondants pour plus de commodité.
Analyse de la couverture du génome et de la profondeur de lecture (au format .tsv et .bed ; voir figure 1)
Obtenez un aperçu de la couverture du génome et de la profondeur de lecture grâce aux résultats fournis aux formats .tsv et .bed.
Variations structurelles & Analyse du nombre de copies (comparer le tableau 1 & la figure 2)
Appel de variants SNV et de petits InDels (au format .vcf, voir tableau 2 et tableau 3)
Identifier les variants de nucléotides simples (SNV) et les petites insertions/délétions (InDels < 50 pb) grâce aux résultats de la recherche de variants disponibles au format .vcf.
Annotation des variations ayant des conséquences au niveau des acides aminés (au format .html, voir tableau 4)
Comprendre les variations ayant des conséquences potentielles au niveau des acides aminés, présentées au format .html (accessibles pour la plupart des organismes modèles/si le génome de référence est annoté en conséquence).

Facultatif :

Filtrage des variantes par rapport à un échantillon de fond (en format .html)
Personnalisez votre analyse en filtrant les variants par rapport à un échantillon de fond, les résultats étant fournis au format .html.
Séquence consensus de l'échantillon (en format .fasta et .gb)
Recevez la séquence consensus d'un échantillon, qui peut donner lieu à une séquence chimérique, aux formats .fasta et .gb.

Analyse bioinformatique complémentaire (moyennant un coût supplémentaire)

Épidémiologie génomique (pour les procaryotes uniquement) :

Recherche de correspondances avec les bases de données de résistance et de virulence et les gènes de mycotoxines (en format .tsv)
Identification des correspondances avec les bases de données sur la résistance et la virulence, les résultats du criblage étant fournis au format .tsv.
Typage phylogénétique de la souche de l'échantillon (au format .pdf)
Comprenez la relation phylogénétique de la souche de votre échantillon grâce à un rapport concis au format .pdf.

Ces résultats vous donnent une vue d'ensemble de votre analyse de reséquençage, vous permettant d'extraire des informations significatives et de prendre des décisions éclairées.

Figure 1 : Histogramme de la couverture du génome.

Tableau 1: Détail d'un tableau de résultats montrant les variations de nucléotides uniques détectées, les petites insertions et délétions et leur annotation.

Tableau 2 : Tableau récapitulatif des SNV et InDels observés dans les échantillons analysés, y compris le type de mutation (silencieuse ou non). Les différences de nombre sont dues à des variations dans des régions génomiques non codantes ou non annotées ou dans des isoformes déjà signalées.

Tableau 3: Détail d'un tableau de résultats énumérant les variations structurelles putatives.

Figure 2: Ce graphique représente une variation possible du nombre de copies par rapport à un échantillon de référence.

Délai d'exécution

Livraison des données dans un délai de 20 jours ouvrables à compter de la réception de l'échantillon (y compris la préparation de la bibliothèque et le séquençage).
3 ou 6 jours ouvrables supplémentaires pour l'analyse des données (bioinformatique ; petits ou grands génomes).
Service express possible sur demande.