Back to top

Full PlasmidSeq

 
 
Der hochmoderne Service von Microsynth zur vollständigen Plasmidsequenzierung basiert auf der Long-Read-Sequenzierungstechnologie. Er rekonstruiert die Sequenz Ihres Plasmids mit Hilfe einer hochentwickelten bioinformatischen Pipeline, die von Microsynth entwickelt wurde und die die Plasmidsequenz mit geschlossenem Kreis einschließlich Annotation aus den rohen Sequenzierungs-Reads neu erstellt. Der Service ist für Proben in Röhrchen und 96-Well-Platten verfügbar.
 
 

Features and Benefits


Schnell

  • Lieferung der Ergebnisse innerhalb von 1 bis 3 Tagen nach Eingang der Probe.
  • Ergebnisse werden von Montag bis Freitag geliefert.
Bequem
  • Nutzen Sie unsere Dropbox in Ihrer Nähe für den kostenlosen Versand von Proben.
  • Sie können zwischen Prepaid- und Non-Prepaid-Service wählen.
 
Einfach
  • Hypothesenfreie Sequenzierung des kompletten Plasmids.
  • Keine Primer erforderlich.

 

 
 
Kostengünstig
  • Kostengünstige Möglichkeit, Ihr komplettes Plasmid zu sequenzieren.
 
Vollständige Informationen
  • Sie erhalten das annotierte zirkuläre Contig Ihres Plasmids.
  • Detaillierte unterstützende Informationen zur Bewertung der Sequenzqualität und zur Identifizierung problematischer Regionen.
  • Hohe Genauigkeit.
 

FAQ

Logistik

Wie kann ich die Proben versenden?

Nutzen Sie unser Dropbox-System oder senden Sie Ihre Proben per Post.

Welche Menge an DNA und welche Konzentrationen benötigen Sie?

>15 µl bei 20 ng/µl

Technische Fragen

Wie kann ich die Qualität der erhaltenen Sequenz beurteilen?

Wir liefern zusätzliche Informationen, die es Ihnen ermöglichen, problematische Regionen zu identifizieren und die Gesamtqualität der Sequenzierung zu bewerten:

  • In der *.variable.tsv-Datei, die sich mit Excel öffnen lässt, sind alle Abschnitte des Contigs aufgeführt, die eine Rate von >10 % an Mismatches, Deletionen und/oder Insertionen aufweisen. Diese Werte basieren auf allen Reads, die zur Erstellung des Contigs verwendet wurden. Sie können die Liste nach % Mismatches, % Deletionen oder % Insertionen sortieren, um die Regionen in Ihrem Plasmid zu identifizieren, die problematisch oder mehrdeutig sein könnten. Die Abdeckung sowie die Basenqualität der Reads an der jeweiligen Position werden ebenfalls angezeigt.
  • In der *.cleaned.html-Datei des Anhangs finden Sie eine Statistik der Reads, die für die Erstellung der Assemblierung verwendet wurden, die die Anzahl der Reads, die Länge der Reads und die Qualitätsbewertung der Reads umfasst.
Die Ergebnisse weisen auf Mutationen in kritischen Regionen hin, die möglicherweise die mit dem Plasmid geplanten Projekte verzögern könnten. Wie kann ich sicher sein, dass die Mutationen echt sind?

Bitte konsultieren Sie die zusätzlichen Informationen, um die Sequenzqualität an der jeweiligen Position zu beurteilen. Für kritische Anwendungen empfehlen wir Ihnen, die Sequenz mit einer orthogonalen Sequenzierungsmethode wie Sanger oder Illumina zu überprüfen.

Die von Ihnen mitgeteilten Ergebnisse mit dem Full PlasmidSeq unterscheiden sich von meiner vorherigen Karte. Kann ich Ihren Support anrufen, um die Diskrepanzen zu besprechen?

Bitte haben Sie Verständnis dafür, dass wir auf dieser Ebene keine wissenschaftliche Unterstützung leisten können. Unsere Unterstützung beschränkt sich auf technische Fragen zur Sequenzierungsqualität, zur Probenqualität oder zu technischen Anomalien bei der Sequenzierung.

Wie kann ich die Daten in bestimmten Dateien (z. B. tsv, gbk) öffnen/anzeigen?

Wenn Sie unter Windows arbeiten, sollten Sie die Anzeige der Dateinamenserweiterungen einschalten (im Datei-Explorer unter Ansicht in der Gruppe Anzeigen/Ausblenden das Kontrollkästchen Dateinamenserweiterungen aktivieren). Tabulatorgetrennte Wertedateien (.tsv) können beispielsweise in jedem Texteditor oder durch Ziehen und Ablegen in einer geöffneten, aber leeren Excel-Tabelle geöffnet werden. Fasta- (.fasta) und Genbank-Dateien (.gbk) können in einem Texteditor oder mit spezieller Software geöffnet werden.

Wie bestellen

 
 
So bestellen Sie Label (Prepaid oder Non-Prepaid):
 
  • Besuchen Sie unseren Webshop
  • Klicken Sie auf Full PlasmidSeq im "Order Labels" Bereich und folgen Sie den weiteren Anweisungen.
  • Sie können zwischen Prepaid- und Non-Prepaid-Labeln wählen
 
Wie Sie Ihre Proben registrieren.

Tubes:
  • Besuchen Sie unseren Webshop
  • Klicken Sie auf Fill Order Form unter Full PlasmidSeq (prepaid or non-prepaid) und folgen Sie den weiteren Anweisungen.
Platten:
  • Besuchen Sie unseren Webshop
  • Klicken Sie auf Fill Order Form unter Full PlasmidSeq und folgen Sie den weiteren Anweisungen.
 
Weitere Informationen finden Sie im User Guide von Microsynth auf der rechten Seite.