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Long PCRSeq

 
 
Explorez de nouvelles possibilités avec le Long PCRSeq de Microsynth, qui s'appuie sur la technologie de séquençage long-read d'Oxford Nanopore Technologies (ONT) pour séquencer de l'ADN linéaire clonal d'une longueur allant de 600 pb à 50 kb. Pratiquement accessible pour les échantillons en tubes et en plaques à 96 puits, ce service s'appuie sur les capacités de notre célèbre Full PlasmidSeq.
 

Caractéristiques et Avantages


Rapide
  • Résultats livrés dans un délai de 1 à 2 jours à compter de la réception de l'échantillon.
  • Les résultats sont livrés du lundi au vendredi.
 
Pratique
  • Utilisez notre boîte de dépôt près de chez vous pour l'envoi gratuit d'échantillons.
  • Vous pouvez choisir entre un service prépayé et un service non prépayé.
 
Facile
  • Séquençage sans hypothèse.
  • Aucune amorce n'est nécessaire.
 

Economique
  • Une façon économique de séquencer votre produit de PCR (amplicon).
 
Informations complètes
  • Vous recevrez la séquence consensus polie dans différents formats (par exemple, fasta, fastq et ABI).
  • L'annotation de la séquence consensus est disponible sous forme de fichiers html et genbank.
  • L'analyse approfondie de l'incertitude du consensus fournit des informations détaillées sur la qualité du séquençage et de l'assemblage de votre échantillon.
 

FAQ

Logistique

Comment puis-je envoyer les échantillons ?

Utilisez notre système de boîte de dépôt ou envoyez vos échantillons par la poste.

De quelle quantité d'ADN et de quelles concentrations avez-vous besoin ?

>15 µl à 20 ng/µl

Questions Techniques

Comment puis-je juger de la qualité de la séquence reçue ?

Nous fournissons des informations supplémentaires qui vous permettent d'identifier les régions problématiques et d'évaluer la qualité globale du séquençage :

Par exemple, dans le fichier *.uncertain.tsv qui s'ouvre avec Excel, tous les résidus du contig sont répertoriés comme présentant un taux >25% de mésappariements, de délétions et/ou d'insertions. Ces valeurs sont basées sur toutes les lectures utilisées pour créer le contig. Vous pouvez trier la liste en fonction du % de mésappariements, du % de délétions ou du % d'insertions afin d'identifier les régions de votre plasmide susceptibles de poser problème ou d'être ambiguës. La couverture, ainsi que la qualité des bases des lectures à la position respective sont également indiquées.
Dans le fichier *.clean.reads.html du sous-dossier Sequencing de votre paquet, vous pouvez consulter les statistiques des lectures qui ont été utilisées pour assembler votre échantillon. Les statistiques comprennent le nombre de lectures, la longueur des lectures et le score de qualité des lectures.

Comment puis-je ouvrir/afficher les données de certains fichiers (par exemple tsv, gbk) ?

Si vous travaillez sous Windows, vous pouvez activer l'affichage des extensions de noms de fichiers (dans l'explorateur de fichiers, sous Affichage, dans le groupe Afficher/Masquer, cochez la case Extensions de noms de fichiers). Par exemple, les fichiers de valeurs séparées par des tabulations (.tsv) peuvent être ouverts dans n'importe quel éditeur de texte ou par glisser-déposer dans un tableau Excel ouvert mais vide. Les fichiers Fasta (.fasta) et genbank (.gbk) peuvent être ouverts dans un éditeur de texte ou par un logiciel spécialisé.

Pourquoi certains nucléotides terminaux sont-ils absents de ma séquence consensus linéaire/amplicon ?

En fonction de la chimie de séquençage utilisée, l'assembleur peut rencontrer des difficultés pour reconstruire les extrémités de l'ADN linéaire, ce qui peut entraîner l'absence de ~25 nucléotides aux extrémités 3' et/ou 5' de votre insert.

Comment commander

 
 
Le Long PCRSeq peut être commandé à l'aide des mêmes formulaires et étiquettes que le Full PlasmidSeq.

Procédure pour commander des étiquettes pour notre Full PlasmidSeq/Long PCRSeq :
 
  • Entrez dans notre boutique en ligne
  • Cliquez sur Full PlasmidSeq dans la zone "Order Labels" et suivez les instructions.
  • Vous pouvez choisir entre des étiquettes prépayées et non prépayées.
 
Procédure d'utilisation de notre Full PlasmidSeq pour le séquençage.

Tubes:
  • Entrez dans notre boutique en ligne
  • Cliquez sur Fill Order Form sous Full PlasmidSeq (prepaid or non-prepaid) et suivez les instructions.
Plaques:
  • Entrez dans notre boutiques en ligne
  • Cliquez sur Fill Order Form sous Full PlasmidSeq et suivez les instructions.
 
Voir aussi le guide d'utilisation de Microsynth sur le côté droit pour des informations plus détaillées.