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Foire aux Questions - Synthèse d'Oligonucléotides

Produits et Services

Proposez-vous également la synthèse des sondes MGB ?

Oui, nous proposons des sondes MGB avec différents Dyes.
La modification (3' MGB-Q530) peut être commandée directement sur notre boutique en ligne.

Je souhaite travailler avec des Oligos contenant des bases dégénérées (bases mixtes). Proposez-vous de tels Oligos ?

Oui, Microsynth propose des Oligos contenant des bases dégénérées comme produit standard. Les bases dégénérées peuvent être saisies directement dans la boutique en ligne à l’aide du code IUB correspondant (voir également la boutique en ligne). Toutes les bases dégénérées (bases mixtes) sont synthétisées avec des réactifs de synthèse prémélangés de haute précision, garantissant la meilleure distribution équimolaire possible des bases dégénérées dans l’Oligo.

Concevez-vous des amorces ? Si oui, quel est le prix ?

Non, nous vous recommandons d'utiliser Primer-BLAST pour concevoir vos amorces.

Les oligos modifiés par des thiols doivent-ils être traités avant d'être utilisés ?

Les oligonucléotides thiol-modifiés achetés chez Microsynth sont déjà réduits à leur forme active. Vous pouvez dissoudre les oligonucléotides thiol-modifiés dans le solvant désiré et les utiliser directement. Une fois dissous, nous recommandons fortement de conserver les échantillons à -20°C ou moins.

Au fil du temps, après avoir été exposés à l'air ou à un solvant pouvant agir comme un agent oxydant, tel que le DMSO, la formation réversible d'une liaison disulfure intramoléculaire peut se produire. Dans ce cas, les oligonucléotides modifiés par des thiols doivent être manipulés avec un agent réducteur tel que le DTT ou le TCEP.

Quelle combinaison devrais-je utiliser : HEX avec BHQ-1 ou BHQ-2 ?

Les deux combinaisons sont possibles. Cependant, d'après notre expérience, HEX offre de meilleures performances avec BHQ-2 qu'avec BHQ-1. Par conséquent, nous recommandons d'utiliser HEX en combinaison avec BHQ-2 pour des résultats optimaux.

 

 

Questions Relatives à la Commande

Je souhaite commander le siRNA contrôle. Comment dois-je procéder ?

Pour commander des siRNAs de contrôle, consultez notre site web ici. Les séquences listées peuvent être facilement commandées dans différentes échelles de synthèse et niveaux de purification sur la boutique en ligne de Microsynth.

Je veux commander des oligos dans en plaques à 384 puits. Est-ce possible ?

Oui, nous pouvons livrer des oligos dans des plaques de 384 puits. Veuillez télécharger notre bon de commande en format excel sous la rubrique Téléchargement dans la boutique en ligne. Collez vos séquences dans le fichier et envoyez le fichier excel par e-mail à oligo.support@microsynth.ch. Ne pas envoyer la feuille excel directement dans la boutique en ligne. Nous reviendrons vers vous avec une offre et plus de détails sur votre commande.

Comment puis-je commander des oligos hybrides (ADN/ARN/2'-O-méthyl-ARN) ?

Remplacez les différentes bases d'ADN/ARN ou d'ARN 2'-O-méthyle de votre séquence par les modifications internes 5, 6, 7 et 8 (par exemple TTAGCrAArGTTrUrC -> TTAGC5A6TT78). Connectez-vous à notre boutique en ligne et entrez votre séquence dans le champ de séquence. Définissez la modification dans le menu déroulant pour 5, 6, 7, 8 (soit des bases ARN/ADN ou 2'-O-Méthyl-ARN).

Je veux commander des oligonucléotides dans une plaque de 96 puits, mais j'ai besoin d'une mise en page spéciale. Comment faire ?

Vous pouvez déplacer la position des oligonucléotides dans la plaque de 96 puits en plaçant une position vide. Pour ce faire, entrez un jeu de données d'oligo avec les propriétés suivantes :

i.  Oligoname: Leerposition
ii. Échelle : Genomics
iii. La purification : Desalted
iv. Séquence : TT

Y a-t-il une quantité minimale d'oligonucléotides, que je dois commander, pour recevoir la commande d'oligo dans une plaque de 96 puits ?

La quantité minimale d'oligos pour recevoir une plaque de 96 puits est de 40 oligonucléotides.

Je veux commander un oligo avec une modification Dye interne. Comment dois-je procéder ?
Habituellement, les modifications de fluorescence interne sont incorporées sous forme de composés dT (par exemple FAM-dT). La procédure de commande pour ce type de modifications est très simple :
 
  • Sélectionnez un nucléotide d'ADN "T" dans votre séquence et remplacez le "T" par "5".
  • Sélectionnez votre Dye (par exemple FAM-dT) dans le menu déroulant sous "Modification interne (5=...)".
  • Suivez les instructions suivantes et soumettez votre commande
 
Si vous avez besoin de modifier le Dyee interne sur un autre nucléotide, veuillez nous contacter. Vous devrez ajouter la modification en utilisant "autres" et nous informer de la modification effective.
 
 
Comment commander au mieux des oligos avec des temps de production différents ?
La livraison partielle d'oligos à partir d'une seule commande n'est pas possible. Si votre commande comprend plusieurs oligos avec des délais de livraison différents, vous recevrez tous les articles en un seul envoi dès que tous les produits seront prêts à être expédiés. Veuillez utiliser des commandes distinctes, si la rapidité de livraison est essentielle.
 
 
Microsynth offre 3 niveaux de pureté différents pour les siARN utilisés in vitro. Pouvez-vous m'indiquer quel type de purification je dois utiliser pour quel dispositif expérimental ?

Le screening initial en utilisant différents siRNAs : pour une telle application, nos clients utilisent généralement des siRNAs dessalés qui ont subi une purification Cartridge. On obtient ainsi des niveaux de pureté d'environ 80 %, ce qui est relativement suffisant pour un premier criblage.

Pour le criblage avancé ou les cultures cellulaires : si votre expérience devient plus sophistiquée et donc plus coûteuse, nous recommandons généralement de choisir la purification HPLC (~85%) ou même la purification PAGE (~95%).

 
 
Microsynth dispose-t-il de siRNA pour les expériences in vivo ?

Pour des quantités plus importantes, à partir de 5 mg, nous proposons des siRNA à faible taux d'endotoxine, spécifiquement destinés à l'expérimentation animale. Veuillez nous contacter pour plus d'informations.

 
 

 

 

Questions Techniques Générales
J'aimerais connaître la parties 5' et 3' des oligos d'ADN standard que vous fournissez. Sont-ils 5'OH ?

En standard, il y a un groupe OH aux 5' et 3' d'un oligo.

Quelle est la stabilité des oligos d'ADN/ARN et comment doivent-ils être conservés ?
Pour plus d'informations sur la manipulation, le stockage et la stabilité des oligos d'ADN, cliquez ici.

Plus d'informations sur la manipulation, le stockage et la stabilité des oligos d'ARN peuvent être trouvées ici.
 
Comment Microsynth calcule-t-elle le coefficient d'extinction molaire des oligonucléotides ?

Les coefficients d'extinction molaire des oligonucléotides sont calculés selon le "base composition model". (1-3) Ce modèle inclut l'absorption des nucléobases individuelles et les modifications potentielles des bases et/ou des Dyes. Des valeurs plus précises pour les oligonucléotides non modifiés sont obtenues à partir du "nearest-neighbor model", qui tient compte des effets d'empilement des nucléobases adjacentes. Selon nos calculs, ce modèle réduit le coefficient d'extinction à environ 90 % par rapport au modèle de composition des bases. Par conséquent, les coefficients d'extinction des oligonucléotides sont estimés selon l'équation ci-dessous.

 

  1. Tataurov A.V., You Y., and Owczarzy R. (2008) Predicting ultraviolet spectrum of single stranded and double stranded deoxyribonucleic acids, Biophys. Chem. 133, 66-70.
  2. Fasman, G.D. (Ed.) (1975) Handbook of Biochemistry and Molecular Biology, Volume 1: Nucleic Acids, pp 589, 3rd edition, CRC Press.
  3. Cavaluzzi M.J., and Borer P.N. (2004) Revised UV extinction coefficients for nucleoside-5'-monophosphates and unpaired DNA and RNA, Nucleic Acids Res. 32, e13.