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Foire aux Questions - Synthèse d'Oligonucléotides
Produits et Services
Oui, nous proposons des sondes MGB avec différents Dyes.
La modification (3' MGB-Q530) peut être commandée directement sur notre boutique en ligne.
Oui, Microsynth a une grande expérience des oligos dégénérés pour diverses applications. Nous pouvons vous proposer des oligos dégénérés avec les caractéristiques suivantes :
Produit |
Applications |
Comment commander? |
Bases dégénérées (Réactifs de synthèse mélangés à la main IUB) |
Applications NGS, codes-barres et mutagenèse où une répartition égale des bases dégénérées est essentielle. |
nécessite un devis spécifique |
Bases dégénérées (réactifs de synthèse mélangés à la main) |
||
Bases dégénérées (wobbles standard de IUB)* |
Toutes les autres applications où la répartition égale est moins importante ou l'espace de séquence est trop grand pour être couvert par une synthèse standard, ex: certaines applications SELEX |
directement via la boutique en ligne |
*Les bases sont automatiquement mélangées par le synthétiseur.
Oui, nous concevons des amorces pour nos clients (amorces PCR standard, tests qPCR et siRNA). Le prix dépend de la demande. Jusqu'à 5 conceptions d'amorces par jour et par client sont gratuites. Si la conception est spéciale ou si un nombre beaucoup plus important de conceptions d'amorces est nécessaire, nous vous ferons une offre. Nous préférons les numéros d'accès NCBI pour les modèles d'amorces, mais nous acceptons également les sequences en texte /format fasta.
Questions Relatives à la Commande
Commandez par courrier électronique les siRNAs de contrôle en indiquant le type et le nombre d'aliquotes de siRNA de contrôle dont vous avez besoin (oligo.support@microsynth.ch).
Il est également possible d'ajouter des siRNAs de contrôle présynthétisés à votre commande de siRNAs personnalisés. Lors de la commande de vos siRNAs, vous pouvez spécifier le(s) nom(s) et le nombre d'aliquotes des siRNAs de contrôle requis dans le champ "commentaire spécial".
Oui, nous pouvons livrer des oligos dans des plaques de 384 puits. Veuillez télécharger notre bon de commande en format excel sous la rubrique Téléchargement dans la boutique en ligne. Collez vos séquences dans le fichier et envoyez le fichier excel par e-mail à oligo.support@microsynth.ch. Ne pas envoyer la feuille excel directement dans la boutique en ligne. Nous reviendrons vers vous avec une offre et plus de détails sur votre commande.
Remplacez les différentes bases d'ADN/ARN ou d'ARN 2'-O-méthyle de votre séquence par les modifications internes 5, 6, 7 et 8 (par exemple TTAGCrAArGTTrUrC -> TTAGC5A6TT78). Connectez-vous à notre boutique en ligne et entrez votre séquence dans le champ de séquence. Définissez la modification dans le menu déroulant pour 5, 6, 7, 8 (soit des bases ARN/ADN ou 2'-O-Méthyl-ARN).
Vous pouvez déplacer la position des oligonucléotides dans la plaque de 96 puits en plaçant une position vide. Pour ce faire, entrez un jeu de données d'oligo avec les propriétés suivantes :
i. Oligoname: Leerposition
ii. Échelle : Genomics
iii. La purification : Desalted
iv. Séquence : TT
La quantité minimale d'oligos pour recevoir une plaque de 96 puits est de 40 oligonucléotides.
Les oligos plus longs que 150 bases d'ADN peuvent être commandés à l'échelle de synthèse de 0,2 µmol et dessalés uniquement. Pour commander des oligos aussi longs par l'intermédiaire de notre boutique en ligne, veuillez procéder comme suit :
- Raccourcissez votre séquence à 100nt
- Choisissez "autres" pour une modification de 3
- Suivez les instructions suivantes et soumettez votre commande (en raison de la modification 3' "autres", la production sera arrêtée jusqu'à ce que nous ayons reçu de vous la séquence complète)
- Lorsque vous recevez le courriel de confirmation de commande de Microsynth, répondez à ce courriel en incluant l'ensemble des informations sur la séquence (autres = séquence d'ADN complète). N'oubliez pas d'indiquer les extrémités 5' et 3' de la séquence dans le courriel.
- Sélectionnez un nucléotide d'ADN "T" dans votre séquence et remplacez le "T" par "5".
- Sélectionnez votre Dye (par exemple FAM-dT) dans le menu déroulant sous "Modification interne (5=...)".
- Suivez les instructions suivantes et soumettez votre commande
Le screening initial en utilisant différents siRNAs : pour une telle application, nos clients utilisent généralement des siRNAs dessalés qui ont subi une purification Cartridge. On obtient ainsi des niveaux de pureté d'environ 80 %, ce qui est relativement suffisant pour un premier criblage.
Pour le criblage avancé ou les cultures cellulaires : si votre expérience devient plus sophistiquée et donc plus coûteuse, nous recommandons généralement de choisir la purification HPLC (~85%) ou même la purification PAGE (~95%).
Oui, Microsynth propose des siRNA personnalisés pour l'expérimentation animale. Les options de traitement comprennent diverses méthodes de purification HPLC, l'échange d'ions (Na+) et la filtration stérile.
En standard, il y a un groupe OH aux 5' et 3' d'un oligo.
Les coefficients d'extinction molaire des oligonucléotides sont calculés selon le "base composition model". (1-3) Ce modèle inclut l'absorption des nucléobases individuelles et les modifications potentielles des bases et/ou des Dyes. Des valeurs plus précises pour les oligonucléotides non modifiés sont obtenues à partir du "nearest-neighbor model", qui tient compte des effets d'empilement des nucléobases adjacentes. Selon nos calculs, ce modèle réduit le coefficient d'extinction à environ 90 % par rapport au modèle de composition des bases. Par conséquent, les coefficients d'extinction des oligonucléotides sont estimés selon l'équation ci-dessous.
- Tataurov A.V., You Y., and Owczarzy R. (2008) Predicting ultraviolet spectrum of single stranded and double stranded deoxyribonucleic acids, Biophys. Chem. 133, 66-70.
- Fasman, G.D. (Ed.) (1975) Handbook of Biochemistry and Molecular Biology, Volume 1: Nucleic Acids, pp 589, 3rd edition, CRC Press.
- Cavaluzzi M.J., and Borer P.N. (2004) Revised UV extinction coefficients for nucleoside-5'-monophosphates and unpaired DNA and RNA, Nucleic Acids Res. 32, e13.
