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CRISPR/Cas9 Sequencing

CRISPR/Cas9 Sequencing
 
 
De la vérification des guides à l'efficacité de l’édition – obtenez une vue complète
Caractérisez vos expériences CRISPR/Cas9 en profondeur. Que vous validiez des bibliothèques de sgRNA, mesuriez l’efficacité d’édition ciblée ou analysiez les résultats d’un criblage CRISPR au niveau de l’ADN, nous vous proposons des solutions de séquençage et d’analyse sur mesure.

 

Ce que vous pouvez accomplir

  • Confirmer la présence et la répartition des sgRNAs dans des bibliothèques plasmidiques
  • Quantifier l’efficacité d’édition ciblée
  • Comparer les résultats des mutations entre traitements et contrôles
  • Identifier les mutations dominantes issues de criblages CRISPR groupés
  • Détecter des mutations hors-cible potentielles

Avant de commencer

Pour garantir une configuration optimale, réfléchissez aux points suivants :

  • Quel type d’expérience CRISPR envisagez-vous (knock-out, knock-in, criblage) ?
  • Quelle est la longueur minimale requise pour les lectures ?
  • Quelle profondeur de séquençage est nécessaire pour détecter les modifications rares ?
  • Souhaitez-vous connaître les fréquences de mutation, les conséquences fonctionnelles, ou les deux ?
  • Combien d’échantillons allez-vous traiter ?

Workflow modulaire

Externalisez tout le workflow ou sélectionnez des modules spécifiques. Notre processus est conçu pour une grande flexibilité. Étapes typiques :

CRISPR/Cas9 Sequencing

Analyse bioinformatique

Notre module d’analyse CRISPR/Cas9 fournit des résultats précis et exploitables.

Analyse des bibliothèques plasmidiques

  • Quels sgRNAs sont présents ?
  • Quelle est leur distribution en fréquence ?

Analyse post-édition

  • L’édition a-t-elle réussi ?
  • Quelles insertions ou suppressions (InDels) ont été introduites ?
  • Quelle est la fréquence de chaque mutation ?
  • Quelles conséquences fonctionnelles peut-on en déduire par comparaison avec les témoins ?

Analyse comparative

  • Identifier les régions significativement modifiées selon les conditions
  • Mettre en évidence les mutations à fort impact pour une étude approfondie

Tous les résultats sont livrés sous forme de données brutes, de fichiers de variantes annotées et de résumés visuels.
Pour des informations techniques détaillées, téléchargez notre Application Note complète à droite.

Délais de livraison

  • 15 à 20 jours ouvrables pour le séquençage
  • +3 jours ouvrables pour l’analyse complète
  • Service express disponible sur demande

Exigences pour les échantillons

  • Tampon recommandé : 10 mM Tris-HCl (pH 7,5–8,5)
  • Important : Éviter les tampons contenant >1 mM d’EDTA
  • Quantification de l’ADN : méthodes fluorométriques (ex. PicoGreen®, Qubit®)


Entrée échantillon pour séquençage Illumina

Type d’échantillon Quantité (µg) Concentration (ng/µl)
DNA for amplicon preparation >0.1 >5
1st or 2nd step Nextera PCR product >0.2 >5