ONT-Resequenzierung (Prokaryoten/Eukaryoten)

Was Sie erreichen können

• Nachweis großer struktureller Varianten, Insertionen, Deletionen oder Rearrangements
• Charakterisierung repetitiver oder anderweitig schwer zugänglicher Regionen
• Verifikation von Insertionen, Knockouts oder gezielten Gen-Edits
• Geeignet für Bakterien, Pilze, Pflanzen und andere Eukaryoten

Bevor Sie starten

Bitte klären Sie folgende Punkte:

• Welchen Organismus / welche Organismen möchten Sie resequenzieren?
• Wie groß ist das Genom ungefähr?
• Zielen Sie auf bestimmte Variantentypen ab (z. B. SVs, SNVs, Insertionen)?
• Verfügen Sie bereits über ein Referenzgenom zur Ausrichtung?
• Senden Sie DNA oder Zell-/Gewebeproben?

Modularer Workflow

Entwickelt für hochzuverlässige Variantenerkennung über das gesamte Genom hinweg.

Bioinformatische Analyse

Ein detaillierter Resequenzierungsbericht mit:

• Alignment zum Referenzgenom
• Single Nucleotide Variants (SNVs)
• Kleine Insertionen/Deletionen (InDels)
• Strukturelle Varianten (SVs)
• Annotation der detektierten Varianten
• Übersichtstabellen und Kategorisierung der Variantenauswirkungen

Sie erhalten:

• Roh- und ausgerichtete Sequenzdaten (.fastq, .bam)
• Annotierte Variantenlisten (.vcf, .tsv)
• Visuelle Variantendarstellungen und Zusammenfassungen
• Qualitäts- und Ausrichtungsmetriken

Bearbeitungszeit

• Standard-Resequenzierung: ca. 1 bis 3 Wochen

Abhängig von Genomgröße, DNA-Qualität und Analyseumfang.

Probenanforderungen

Option 1: Isolierte HMW gDNA

• Mindestens 2 μg HMW-doppelsträngige DNA
• ≥50 % der Fragmente >20 kb
• 260/280 >1.8 und 260/230 zwischen 2.0–2.2
• ≥50 μl bei ≥40 ng/μl

Option 2: Zell- oder Gewebeproben (mit Extraktion)

• Geeignet für Bakterien, Pilze, Pflanzen oder andere eukaryotische Gewebe
• Müssen frisch oder fachgerecht konserviert sein (kein RNAlater oder Ethanol)
• Extraktion wird abhängig von Spezies und Probenzustand angepasst
• Bitte bekannte Herausforderungen oder frühere Extraktionserfahrungen angeben