Séquençage des Plasmides

Considérations avant de commencer un projet de séquençage de plasmides :

• Qualité et pureté de l'ADN ?
• Y a-t-il une contamination par l'ADN de l'hôte ?
• Plasmide seul ou génome et plasmide ?

Laissez-nous vous guider - de la conception à l'analyse

Exemples de projets utilisant le séquençage des plasmides :

• Études sur les mutations
• Vérifications des vecteurs
• Caractérisation des souches de production

Applications liées au séquençage des plasmides :

• Séquançage De novo
• Reséquençage

L'assemblage de plasmides et d'autres petites constructions telles que les phages permet de comprendre leur structure génomique et l'organisation de leur contenu génétique.

La première étape de notre module d'assemblage est l'élimination des séquences d'ADN liées à l'organisme hôte, car les contaminations de l'hôte interfèrent fortement avec le processus d'assemblage. Après le retrait de l'ADN de l'hôte, les reads sont assemblés à l'aide du logiciel d'assemblage le plus adapté. Deux approches sont possibles : assemblage de novo ou assemblage guidé avec référence.

Les résultats du module sont des contigs assemblés ainsi que des statistiques qui répondent aux questions suivantes :

1. Quelle est la longueur totale cumulée du plasmide ? (voir figure 1)
2. Quelle est la teneur en GC du plasmide ? (voir figure 2)
3. Quelle est la répartition par taille des contigs assemblés ? (voir figure 3)

Figure 1: Longueur cumulée de l'assemblage.

Figure 2: Distribution du GC % pour les contigs assemblés dans les fenêtres de 100 paires de bases sans chevauchement.

Figure 3: Statistiques Nx pour les tailles de contig.

• Livraison des données dans les 20 jours ouvrables suivant la réception de l'échantillon (y compris la préparation de la bibliothèque et le séquençage)
• 5 jours ouvrables supplémentaires pour l'analyse des données (bioinformatique)
• Service express possible sur demande