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Reséquençage et Typage Microbien

Reséquençage et Profilage Microbien
 
 
Utiliser le reséquençage et le typage des micro-organismes pour :
  • Vérifier ou valider les mutations au niveau du génome
  • Validez votre bio-production
  • Caractériser les isolats microbiens par MLST

 

Aperçu

Considérations avant de commencer un projet de reséquençage microbien :

  • Existe-t-il un génome de référence ?
  • Existe-t-il un profil MLST ?
  • Des modifications plus importantes sont-elles prévues ?
  • Une contamination significative de l'ADN peut-elle se produire ?

Laissez-nous vous guider - de la conception à l'analyse

Exemples de projets utilisant le reséquençage microbien :

  • Détecter la pathogénicité d'isolats d'ADN bactérien par MLST
  • Vérifier/détecter les SNPS et les InDels
  • Vérifier la spécificité d'une mutation introduite
  • Vérifier l'épidémiologie moléculaire des souches potentiellement porteuses de la virulence, le sérotype, les facteurs de toxicité et la résistance aux médicaments

Applications liées au reséquençage microbien :

  • Métagénomique des amplicons
  • Le séquençage de novo
  • Séquençage des plasmides

Déroulement

 
Le graphique ci-dessous illustre le déroulement typique d'un projet de reséquençage et de typage microbien. Veuillez noter que nos processus organisés en modules vous offrent diverses options d'entrée et de sortie. Vous pouvez externaliser l'ensemble de votre projet NGS à Microsynth ou seulement une partie de celui-ci, c'est à vous de décider.
 
 
Pour plus d'informations et une description technique détaillée, veuillez télécharger notre note d'application "Illumina Microbial Resequencing and profiling" (voir les téléchargements correspondants).

Résultats

Dans les études de reséquençage bactérien, une souche bactérienne est séquencée et comparée à la séquence d'une souche de référence. Notre module d'analyse du reséquençage bactérien vous aide à répondre aux questions suivantes :

  1. Quelle est la couverture du séquençage pour le génome reséquencé ? (voir figure 1)
  2. Quelles sont les différences dans la structure génomique telles que les variations d'un seul nucléotide (SNV) ou les petites insertions et délétions (InDels) et quelle est leur position au sein du génome ? (voir tableau 1)
  3. Comment les mutations observées affectent-elles les gènes annotés et la séquence protéique correspondante ? (voir tableau 2)

 

Figure 1: Histogramme de couverture du génome.
 
 
Tableau 1: Tableau récapitulatif des SNV et InDels observés dans les échantillons analysés, y compris le type de mutation (silencieuse ou non silencieuse). Les différences de nombre sont dues à des variations dans les régions génomiques non codantes ou non annotées ou à des isoformes déjà signalées.

Tableau 2: Tableau présentant des informations détaillées sur chaque variation observée, comme le type et la position de la variation, la protéine affectée, y compris la référence et la séquence modifiée.

Délai d'exécution

  • Livraison des données dans les 20 jours ouvrables suivant la réception de l'échantillon (y compris la préparation de la bibliothèque et le séquençage)
  • 5 jours ouvrables supplémentaires pour l'analyse des données (bioinformatique)
  • Service express possible sur demande