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Resequençage ONT (Procaryotes/Eucaryotes)

Resequençage ONT (Procaryotes/Eucaryotes)
 
 
Explorez votre génome avec la précision des longues lectures.
Identifiez les SNV, InDels et variantes structurelles dans tout organisme — procaryote ou eucaryote — grâce au resequençage Oxford Nanopore.

 

Ce que vous pouvez accomplir

  • Détecter des variantes structurelles importantes, insertions, délétions ou réarrangements
  • Caractériser les régions répétées ou difficilement accessibles
  • Vérifier des insertions, knockouts ou modifications génétiques ciblées
  • Adapté aux bactéries, champignons, plantes et autres eucaryotes

Avant de commencer

Merci de préciser :

  • Quel(s) organisme(s) souhaitez-vous resequencer ?
  • Quelle est la taille approximative du génome ?
  • Ciblez-vous des types de variantes spécifiques (ex. SV, SNV, insertions) ?
  • Disposez-vous d’un génome de référence pour l’alignement ?
  • Enverrez-vous de l’ADN ou des échantillons de tissus/cellules ?

Workflow modulaire

Conçu pour fournir des appels de variantes fiables à travers tout le génome.

Resequençage nanopore

Analyse bioinformatique

Un rapport de resequençage détaillé comprenant :

  • Alignement au génome de référence
  • Variants mononucléotidiques (SNVs)
  • Petites insertions/délétions (InDels)
  • Variantes structurelles (SVs)
  • Annotation des variantes détectées
  • Tableaux récapitulatifs et catégorisation de l’impact

Vous recevrez :

  • Données brutes et alignées (.fastq, .bam)
  • Listes annotées des variantes (.vcf, .tsv)
  • Rapports visuels et tableaux de synthèse
  • Indicateurs de qualité et de performance d’alignement

Délais de traitement

  • Resequençage standard : environ 1 à 3 semaines

Selon la taille du génome, la qualité de l’ADN et l’étendue de l’analyse.

Exigences d’échantillons

Option 1 : ADNg HMW pré-extrait

  • Minimum 2 μg d’ADN double brin de haut poids moléculaire
  • ≥50 % des fragments >20 kb
  • 260/280 >1.8 et 260/230 entre 2.0–2.2
  • ≥50 μl à ≥40 ng/μl

Option 2 : Échantillons cellulaires ou tissulaires (avec extraction)

  • Convient aux bactéries, champignons, plantes ou tissus eucaryotes
  • Doivent être frais ou correctement conservés (pas de RNAlater ou d’éthanol)
  • Extraction adaptée à l’espèce et à l’état de l’échantillon
  • Merci d’indiquer les éventuels défis connus ou remarques sur des extractions précédentes