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Purification

Selon l'application prévue, il peut être intéressant d'éliminer ces séquences plus courtes. C'est pourquoi Microsynth propose différentes purifications.
Vue d'Ensemble
Dessalé
Tous nos oligos sont au moins dessalés pour éliminer en grande partie les sous-produits résiduels de faible poids moléculaire qui se forment et s'accumulent lors des réactions chimiques de synthèse. Cette purification est suffisante pour les oligonucléotides de moins de 30 nt et/ou les oligonucléotides utilisés pour des applications moins exigeantes telles que la PCR, le séquençage, probing, mobility shift ou l'hybridation. Les oligos dessalés ne sont pas recommandés pour les projets de clonage moléculaire.
Applications potentielles :
- PCR
- Séquençage de l'ADN
- Probing
- Mobility shift ou hybridation
RP-HPLC Purification
Les oligos de longueur <50 nt peuvent être bien purifiés par RP-HPLC (reverse-phase high-performance liquid chromatography). Grâce à cette approche de purification, les oligos résiduels tronqués n-x (dépourvus du groupe de protection hydrophobe DMT à l'extrémité 5') sont éliminés. Il en résulte une pureté de l'oligonucléotide ciblé ≥85%. La RP-HPLC est utile pour un niveau de pureté plus élevé requis pour des applications plus exigeantes telles que le clonage, DNA fingerprinting, la PCR en temps réel, le FISH, etc.
Applications potentielles :
- Molecular cloning
- DNA fingerprinting
- Real-Time PCR et digital PCR*
- FISH
* Les amorces et les sondes qPCR de Microsynth sont compatibles avec tous les supermélanges disponibles dans le commerce.
IEX-HPLC Purification
IEX-HPLC (ion-exchange high-performance liquid chromatography) est une méthode de purification privilégiée pour les oligonucléotides plus longs (40-80 nt). Grâce à cette approche de purification, les oligos tronqués n-x résiduels sont éliminés efficacement. Alors que la purification RP donne de très bons résultats pour les oligos < 50 nt, la purification IEX est supérieure pour les oligonucléotides plus longs. (40-80 nt). Pour les Oligos de cette longueur, IEX donne des résultats de pureté ≥85% de l'oligonucléotide ciblé. IEX est utile pour un niveau de pureté supérieur des oligonucléotides longs requis pour des applications plus exigeantes telles que le clonage direct ou les applications NGS.
Applications potentielles :
- Clonage moléculaire (clonage direct)
- Applications NGS
Purification HPLC et Dialyse
La dialyse en complément de la purification HPLC est recommandée si les oligos doivent être présents dans un état physiologique. Lors d'expériences in vivo (par exemple chez la souris), ce niveau de pureté est fortement recommandé.
Applications potentielles :
- Expériences antisens
- Études sur culture cellulaire
- Physico-chimie et analyse de structure (RMN, MS, etc.)
Purification PAGE
La purification par électrophorèse sur gel de polyacrylamide (PAGE) est généralement nécessaire pour les oligos longs (>50 bases) et pour toutes les amorces ayant des séquences 5' critiques (sites d'endonucléase de restriction, promoteurs ARN). C'est la meilleure méthode pour différencier les oligos longs des séquences tronquées (oligos n-1), en fonction de la taille, de la conformation et de la charge. La purification par PAGE a une excellente résolution et donne un produit qui est, en moyenne, pur à ≥95%. Dans ce contexte, il est important de noter que le niveau de pureté diminue avec l'augmentation de la longueur de l'oligonucléotide, et cela est particulièrement vrai pour les oligos jusqu'à 120 bases. La purification par PAGE est fortement recommandée pour les expériences exigeantes telles que le clonage, la mutagenèse, fingerprinting ADN, l'hybridation in situ, la synthèse de gènes, etc.
Applications potentielles :
- Clonage moléculaire
- Mutagenèse
- DNA fingerprinting
- Hybridation in situ
- Synthèse de gènes
Rendements pour l'ADN
Synthesis scale1 | Length Restriction | Guaranteed Yield2 | Production Time [wd] | |
[OD260] | [nmol]3 | |||
Genomics | 13 - 60 | 2 | 10 | 1 |
0.04 µmol | 13 - 80 | 3 | 15 | 1 |
0.2 µmol | 6 - 1504 | 10 | 50 | 1 |
1.0 µmol | 6 - 80 | 50 | 250 | 1 |
15 µmol | 13 -60 | 700 | 3'500 | 2 |
Synthesis scale1 | Length Restriction | Guaranteed Yield2 | Production Time [wd] | |
[OD260] | [nmol]3 | |||
Genomics | not available | |||
0.04 µmol | 13 - 50 | 1 | 5 | 2 |
0.2 µmol | 6 - 50 | 3 | 15 | 2 |
1.0 µmol | 6 - 50 | 15 | 75 | 2 |
15 µmol | 6 - 50 | 300 | 1'500 | 3 |
Synthesis scale1 | Length Restriction | Guaranteed Yield2 | Production Time [wd] | |
[OD260] | [nmol]5 | |||
Genomics | not available | |||
0.04 µmol | not available | |||
0.2 µmol | 40 - 80 | 2 | 3.3 | 3-5 |
1.0 µmol | 6 | 10 | 3-5 | |
15 µmol | not available |
Synthesis scale1 | Length Restriction | Guaranteed Yield2 | Production Time [wd] | |
[OD260] | [nmol]3 | |||
Genomics | not available | |||
0.04 µmol | not available | |||
0.2 µmol | 8 - 50 | 3 | 15 | 3 |
1.0 µmol | 8 - 50 | 15 | 75 | 3 |
15 µmol | 8 - 50 | 200 | 1'000 | 4 |
Synthesis scale1 | Length Restriction | Guaranteed Yield2 | Production Time [wd] | |
[OD260] | [nmol]3 | |||
Genomics | not available | |||
0.04 µmol | 13 - 80 | 0.5 | 2.5 | 2 |
0.2 µmol |
8 - 80 81 - 1504 |
2 0.5 |
10 2.5 |
2 |
1.0 µmol | 8 - 80 | 7 | 35 | 2 |
15 µmol | not available |
2 Nos rendements garantis et moyens sont mesurés en DO et ne sont valables que pour les oligos non modifiés >20mer.
3 Les rendements indiqués en nmol représentent un exemple de calcul pour un 20mer. Pour ce calcul, la règle empirique suivante a été appliquée : nmol d'oligo = DO x 100/longueur d'oligo. Veuillez noter que ce calcul est basé sur des séquences ayant une distribution pratiquement homogène des 4 bases d'ADN ; il peut varier pour des séquences ayant une teneur élevée en GC >70 %, etc.
4 Oligos de plus de 150 bases d'ADN sur demande (nous aimerions discuter au préalable avec vous de l'expérience/application afin de garantir le meilleur résultat possible)
Rendements pour l'ARN
Oligonucléotides d'ARN Dessalés
Synthesis scale1 | Length Restriction | Guaranteed Yield2 | Production Time [wd] | |
[OD260] | [nmol]3 | |||
Genomics | not available | |||
0.04 µmol | 10 - 30 | 4 | 21 | 2 |
0.2 µmol | 10 - 50 | 8 | 35 | 2 |
1.0 µmol | 10 - 50 | 18 | 80 | 2 |
15 µmol | 10 - 40 | 400 | 1'800 | 3 |
Synthesis scale1 | Length Restriction | Guaranteed Yield2 | Production Time [wd] | |
[OD260] | [nmol]3 | |||
Genomics | not available | |||
0.04 µmol | 10 - 30 | 1 | 5 | 2 |
0.2 µmol | 10 - 50 | 3 | 15 | 2 |
1.0 µmol | 13 | 65 | 2 | |
15 µmol | 10 - 40 | 300 | 1'500 | 4 |
Synthesis scale1 | Length Restriction | Guaranteed Yield2 | Production Time [wd] | |
[OD260] | [nmol]3 | |||
Genomics | not available | |||
0.04 µmol | not available | |||
0.2 µmol | 10 - 50 | 2 | 10 | 4 |
1.0 µmol | 9 | 45 | 4 | |
15 µmol | 10 - 40 | 200 | 1'000 | 4 |
Synthesis scale1 | Length Restriction | Guaranteed Yield2 | Production Time [wd] | |
[OD260] | [nmol]3 | |||
Genomics | not available | |||
0.04 µmol | not available | |||
0.2 µmol | 10 - 50 | 1 | 5 | 2 |
1.0 µmol | 10 - 50 | 6 | 30 | 2 |
15 µmol | not available |
1 L'échelle de synthèse représente la quantité initiale de bases 3' (matériel de départ).
2 Nos rendements garantis et moyens sont mesurés en DO et ne sont valables que pour les oligos non modifiés >20 et <40 nucléotides.
3 Les rendements indiqués en nmol représentent un exemple de calcul pour un 20mer. Pour ce calcul, la règle empirique suivante a été appliquée : nmol d'oligo = DO x 100/longueur d'oligo. Veuillez noter que ce calcul est basé sur des séquences avec une distribution pratiquement homogène des 4 bases ARN.