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Séquençage ChIP

Séquençage ChIP
 
 
Utilisez le séquençage ChIP pour :
  • Étudier la régulation de la transcription à l'échelle du génome dans un cadre comparatif
  • Rechercher la partie active de la chromatine

 

Aperçu

Considérations à prendre en compte avant de lancer un projet de séquençage ChIP :

  • Existe-t-il un génome de référence pertinent ?
  • Source ponctuelle ou large ?
  • Profondeur de séquençage (sensibilité) ?
  • Dispositif expérimental (réplicas et conditions, contrôle des données d'entrée) ?

Laissez-nous vous guider - de la conception à l'analyse

Exemples de projets utilisant le séquençage ChIP :

  • Découverte de nouveaux sites de fixation de facteurs de transcription
  • Enquête sur les modifications des histones
  • Utilisation sélective des facteurs de transcription
  • Activation d'une nouvelle voie par un facteur de transcription connu

Applications liées au séquençage ChIP :

  • Séquençage de l'ARNm
  • Séquençage des petits RNA et des miRNA

Déroulement

 
Le graphique ci-dessous illustre un déroulement typique d'un projet de séquençage ChIP. Veuillez noter que nos processus organisés en modules vous offrent diverses options d'entrée et de sortie. Vous pouvez externaliser la totalité ou une partie de votre projet NGS auprès de Microsynth.
 
 
Pour plus d'informations et une description technique détaillée, veuillez télécharger notre note d'application "ChIP Seq" (voir les téléchargements correspondants).

Résultats

Les résultats produits par notre module d'analyse aident à répondre à trois questions principales d'une expérience de séquençage ChIP visant par exemple à trouver de nouveaux modèles de régulation des gènes.

  1. Où se trouvent les pics significatifs sur le génome de référence ? (voir tableau 1)
  2. Quels sont les motifs communs et sont-ils nouveaux ? (voir figure 1)
  3. Quelles voies peuvent être influencées par les éléments de réglulations capturés ? (voir figure 2)
 
Table 1: Tableau de résultats listant les informations sur les pics trouvés. Des annotations détaillées sont également fournies pour aider à identifier les caractéristiques importantes.

Figure 1: Cette figure dépeint un éventuel motif de régulation.

Figure 2: Une analyse de l'enrichissement des voies est effectuée en utilisant les pics trouvés dans l'expérience.

Délai d'exécution

  • Livraison des données dans les 25 jours ouvrables suivant la réception de l'échantillon (y compris la préparation de la bibliothèque et le séquençage

  • 10 jours ouvrables supplémentaires pour l'analyse des données (bioinformatique)

  •  Service express possible sur demande