Séquençage De Novo ONT (Eucaryotes)

Génomes complets, structures complexes – décryptés avec précision par longues lectures.
Idéal pour les champignons et petits génomes de plantes à partir de 16 Mb. Comprend l’assemblage et l’annotation complets du génome en seulement 1 à 4 semaines.

Ce que vous pouvez accomplir

Reconstruction de génomes eucaryotes de haute qualité
Lectures longues >20 kb pour une meilleure résolution des régions répétées ou complexes
Annotation fonctionnelle à l’aide d’outils basés sur l’homologie
Protocoles adaptés pour les échantillons difficiles (par ex. riches en métabolites secondaires)

Avant de commencer

Merci de clarifier les points suivants :

Quel(s) organisme(s) eucaryote(s) souhaitez-vous séquencer ?
Avez-vous besoin d’une extraction d’ADN ou enverrez-vous de l’ADN HMW purifié ?
Y a-t-il des défis connus (p. ex. métabolites secondaires, parois cellulaires épaisses) ?
Quelle est la taille approximative du génome (en Mb) ?

Workflow modulaire

Optimisé pour l’assemblage de novo des génomes eucaryotes.

Analyse bioinformatique

Votre génome est reconstruit et annoté fonctionnellement à l’aide d’outils guidés par l’homologie :

Assemblage de novo de haute qualité
Prédiction des gènes et annotation basée sur des organismes de référence proches
Classification fonctionnelle des régions codantes
Formats standard pour GenBank, GFF et visualisation dans les genome browsers

Vous recevez :

Assemblage du génome poli (.fasta)
Fichiers de prédiction et d’annotation des gènes (.gb, .gff, .tsv)
Tableaux de classification fonctionnelle
Métriques d’assemblage et rapports de synthèse

Délai d’exécution

Génome <30 Mb : env. 7 jours ouvrables
Génome <100 Mb : env. 3 à 4 semaines

Dépend de la qualité de l’ADN et de la complexité du génome. Les échantillons complexes peuvent nécessiter un temps supplémentaire.

Exigences pour les échantillons

Option 1 : ADN génomique HMW pré-extrait

Minimum 2 μg d’ADN double brin HMW de haute pureté
>50 % de l’ADN >20 kb
Pureté : 260/280 > 1,8 et 260/230 entre 2,0–2,2
Volume : ≥50 μl à ≥40 ng/μl
Aucun contrôle qualité de l’ADN inclus – merci de le vérifier avant envoi

Option 2 : Échantillons cellulaires ou tissulaires (avec extraction)

Acceptés : tissus fongiques ou végétaux frais, congelés à l’azote ou conservés
Sans RNAlater ni éthanol
Protocoles personnalisés possibles pour les échantillons complexes
Veuillez inclure les informations sur l’organisme et les éventuelles difficultés dans le formulaire d’envoi