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Transcriptome Sequencing Module

 
 
Microsynth hat mehrere bioinformatische Module im Bereich der Transkriptom-Sequenzierung entwickelt. Die Module werden für unsere Full-Service-Anwendungen eingesetzt, können aber auch für reine Bioinformatik-Projekte verwendet werden. Diese so genannten Stand-Alone-Module können mit unseren ergänzenden Dienstleistungen erweitert werden.

RNA Sequencing

 
RNA-Sequenzierung Modul
Die Analyse umfasst das Mapping der Reads auf das Referenzgenom, die Bestimmung der Genexpression und die vergleichende statistische Auswertung.
 
 

Geeignete ergänzende Service-Module:

Beispielergebnisse des RNA Sequenzierung Modul.

small RNA Sequencing

 
Modul für die Small-RNA-Sequenzierung
Die Analyse von Small RNAs umfasst das Mapping der Reads auf ein Referenzgenom, die differentielle Expressionsanalyse, das Clustering von Small RNAs und die Homologie-Suche gegen Datenbanken mit bekannten Small RNAs (falls verfügbar), die Peak-Findung, die Motivsuche und deren Annotation.
 
 

Beispielergebnisse des Moduls zur Small RNA Sequenzierung.

Reference Transcriptome Sequencing

 
Modul für die Sequenzierung von Referenztranskriptomen
Die Transkriptom de novo Assemblierung wird mit den am besten geeigneten Parametern für den sequenzierten Organismus durchgeführt. Die resultierenden Contigs werden zunächst verfeinert und dann durch BLAST- und HMMER-Abfragen in den Datenbanken Swissprot und Pfam annotiert. Die Annotation wird durch verschiedene Querverweise auf GO-Terms und KEGG-IDs angereichert.
 
 

Beispielergebnisse des Referenz Transkriptom Sequenzierung Moduls.