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Targeted Sequencing Module
Microsynth hat mehrere bioinformatische Module im Bereich der gezielten Sequenzierung entwickelt. Die Module werden für unsere Full-Service-Anwendungen eingesetzt, können aber auch für reine Bioinformatik-Projekte verwendet werden. Diese so genannten Stand-alone-Module können mit unseren ergänzenden Dienstleistungen erweitert werden.
16S/ITS Metagenomics
Modul für 16S/ITS Metagenomik
Das Amplikon Metagenomik Analysemodul besteht aus dem Clustering der Reads in OTUs, der Zuordnung der taxonomischen Profile und der Berechnung der α-Diversität. Vor dem Clustering werden die rohen Paired-End-Reads getrimmt, zusammengeführt, qualitätsgefiltert und von Chimären bereinigt.
Geeignete ergänzende Service-Module:
Beispielergebnisse des 16S/ITS Metagenomik Moduls.
Amplicon Deep Sequencing
Modul für Amplicon Deep Sequencing
Das Amplicon Deep Sequencing Modul beinhaltet das Read Mapping auf die Referenzsequenz, das Callen von Single Nucleotide Variations (SNVs) und kleinen Insertionen und Deletionen (InDels) sowie eine Coverage-Analyse. Die Konfidenz der Variationen wird bestimmt und die Nachweisgrenze abgeschätzt (wenn es der experimentelle Aufbau erlaubt).
Geeignete ergänzende Service-Module:
Beispielergebnisse des Moduls Amplicon Deep Sequencing.
CRISPR/Cas9 Sequencing
Modul für CRISPR/Cas9 Sequenzierung
Sequenzen, die aus gerichteten Genome Editing-Experimenten stammen, werden zusammengeführt und derepliziert. Das heißt, einzigartige Sequenzen werden so identifiziert, dass nur eine Kopie jeder Sequenz zusammen mit Häufigkeiten und grundlegenden Statistiken aufgeführt wird. Dereplizierte Reads werden an den unveränderten Ziellocus aligniert und Insertion und Deletion (InDels) werden zusammen mit ihrer Häufigkeit gemeldet.
Geeignete ergänzende Service-Module:
Beispielergebnisse des Moduls für die CRISPR/Cas9-Sequenzierung.
ChIP Sequencing
Modul für ChIP Sequenzierung
Die Analyse für ChIP-Sequenzierungsprojekte umfasst das Mapping der Reads auf das Referenzgenom, die Peak-Findung, die Detektion von angereicherten Motiven sowie deren Quantifizierung und Annotation. Es werden auch hoch- und herunterregulierte Signalwege bestimmt. Die Bioinformatik kann mit oder ohne Hintergrund-/Input-Kontrollproben durchgeführt werden.
Beispielergebnisse des Moduls für ChIP-Sequenzierung.
Whole Exome Sequencing
Modul für Whole Exome Sequenzierung
Das Modul für die Whole Exome Sequenzierung umfasst das Read-Mapping auf das Referenz-Exom, das Auslesen von Single Nucleotide Variations (SNVs) und kleinen Insertionen und Deletionen (InDels), eine umfassende Coverage-Analyse und den Vergleich der detektierten Variationen mit Datenbanken bekannter Varianten (z. B. ClinVar - NCBI - NIH).
Beispielergebnisse des Whole Exome Sequencing Moduls.