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Referenz-Transkriptom Sequenzierung

Reference Transcriptome Sequencing
 
 
Verwenden Sie die Referenz-Transkriptom Sequenzierung, um:
  • eine differenzielle Genexpressionsanalyse durchzuführen, wenn es kein Referenzgenom gibt
  • differentielle Genexpression dort zu entdecken, wo niemand zuvor gesucht hat

Übersicht

Überlegungen vor dem Start eines Referenz-Transkriptom Sequenzierungsprojekts:

  • Gibt es ein "verwandtes" Referenzgenom?
  • Deep Sequencing oder cDNA-Normalisierung?
  • Ziel der Studie versus Grenzen eines Referenz-Transkriptoms?
  • Kurzfristige Ziele und langfristige Ziele?
  • Initiales Setup (Expressionszustände)?
  • Funktionelles Setup (Replikate und Bedingungen)?

Lassen Sie sich von uns beraten - vom Design bis zur Analyse

Beispielprojekte mit Referenz-Transkriptom Sequenzierung:

  • Funktionelle Expressionsstudie an einem Organismus mit unklarer Taxonomie
  • Züchtungsstudien und Selektion
  • Genexpression für interessante/selektierte Phänotypen

Anwendungen im Zusammenhang mit der Referenz-Transkriptom Sequenzierung:

  • RNA sequencing
  • small RNA sequencing

Workflow

 
Ein typischer Arbeitsablauf für ein Referenz-Transkriptom-Projekt ist in der untenstehenden Grafik dargestellt. Bitte beachten Sie, dass unsere hochmodularen Prozesse Ihnen verschiedene Einstiegs- und Ausstiegsmöglichkeiten bieten. Ob Sie Ihr gesamtes NGS-Projekt an Microsynth auslagern oder nur Teile davon, bleibt Ihnen überlassen.
 
 
Weitere Informationen sowie eine detaillierte technische Beschreibung finden Sie in unserer Application Note Reference Transcriptome Sequencing (siehe Downloads auf der rechten Seite).

Resultate

 
Unser Analysemodul liefert de novo Informationen über bisher unbekannte Transkriptome. Die gelieferten Ergebnisse umfassen einen breiten Überblick über das Transkriptom, die Transkript-Sequenzen und deren detaillierte Annotation.
  1. Informationen über den GC-Gehalt und die Größenverteilung der assemblierten Transkripte. (siehe Abbildung 1)
  2. Informationen über die genauen Transkript-Sequenzen. (siehe Tabelle 1)
  3. Annotation der Transkript-Sequenzen und Links zu verfügbaren Informationen, die in öffentlichen Datenbanken gefunden wurden. (siehe Tabelle 2)

 

Abbildung 1: Histogramm der Transkiptgrössen und deren GC-Gehalt.

 
Tabelle 1: Dieser Ausschnitt aus einer Ergebnistabelle enthält zwei Beispiele von Transkripten.
 
Tabelle 2: Ausschnitt aus einer Ergebnistabelle, die Teile der Annotation für die beiden exemplarischen Transkripte auflistet.

Bearbeitungszeiten

 

  • Lieferung der Daten innerhalb von 30 Arbeitstagen nach Probeneingang (inklusive Library Erstellung und Sequenzierung)
  • Weitere 10 Arbeitstage für die Datenanalyse (Bioinformatik)
  • Express-Service auf Anfrage möglich