Nanopore (ONT) Hefegenom-Sequenzierung

Vollständige Hefegenome mit hochwertiger Annotation — schnell und zuverlässig.
Ideal für de novo-Assemblierung aus klonalen Hefe-Populationen mit der Long-Read-Technologie von Oxford Nanopore

Was Sie erreichen können

Hochwertige, annotierte Genomassemblierungen erstellen
Umfangreiche Metriken und Visualisierungstools zur Assemblierung erhalten
Vollständige Chromosomen ohne PCR-induzierte Artefakte sequenzieren

Hypothesenfreie Sequenzierung vollständiger, nativer Hefegenome

Bevor Sie starten

Zur effizienten Vorbereitung Ihres Projekts klären Sie bitte:

Senden Sie gereinigte genomische DNA oder Hefezellpellets?
Bevorzugen Sie eine Standard- oder Hybridassemblierung (mit Short-Read-Polishing)?
Falls Sie DNA einsenden: Haben Sie Konzentration und Reinheit der hochmolekularen gDNA überprüft?

Workflow

Eine modulare, optimierte Pipeline zur Whole Genome Sequenzierung von Hefe:

Bioinformatische Analyse

Ihr Hefegenom wird assembliert und annotiert:

Polierte de novo Genomassemblierung
Gen-Vorhersage und Annotation
Vollständigkeitsbewertung mittels BUSCO
Qualitätsmetriken für Rohdaten und Contigs
Interaktiver HTML-Zusammenfassungsbericht

Sie erhalten:

Rohdaten (.fastq.gz)
Poliertes Genom (.fasta)
Genannotationen (.gff und .gbk)
Zusammenfassungsbericht (.html)
Contig-Metriken, BUSCO-Scores und visuelle Statistiken (.png/.tsv/.txt)

Falls Sie ein Referenzgenom bereitstellen, erhalten Sie zusätzlich Variantenerkennung und Coverage-Analyse.

Bearbeitungszeit

10 Arbeitstage bei eingesandter genomischer DNA
15 Arbeitstage bei DNA-Extraktion aus Hefezellen

Probenanforderungen

Option 1: Vor-extrahierte genomische DNA

Typ	Genomgrösse	Min. Konz.	Min. Volumen
Genomische DNA	< 20 Mb	50 ng/μl	20 μl

DNA-Qualitätsanforderungen:

Doppelsträngige, hochmolekulare DNA (>50 % >15 kb)
≥1 μg Gesamtinput (≥1,5 μg bei gewünschtem Illumina-Polishing)
Reinheit: 260/280 > 1,8; 260/230 zwischen 2,0–2,2
Bevorzugter Puffer: 10 mM Tris-HCl (pH 8) mit 1–2 mM EDTA

Bitte überprüfen Sie die Qualität der DNA vor dem Versand.

Option 2: Hefezellpellets (zur DNA-Extraktion)

Nur in NAP-Puffer resuspendieren (kein RNAlater oder andere Konservierungsmittel)
BSL-1- und lysozym-zugängliche BSL-2-Stämme werden akzeptiert
Pellets aus exponentieller oder früher stationärer Phase einsenden
Ausreichende Biomasse sicherstellen, um Extraktionsfehler zu vermeiden

Hinweis: Wir kultivieren keine Zellen — die DNA wird direkt aus dem eingesandten Material extrahiert.