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Nanopore (ONT) AAV Genome Sequencing

Séquençage du génome AAV par nanopore (ONT)
 
 
Déverrouillez les génomes AAV complets à partir de capside intactes — rapide et efficace.
Détectez les variantes subgénomiques, évaluez l'intégrité et révélez des structures génomiques invisibles pour les méthodes à lectures courtes.

Ce que vous pouvez accomplir :

  • Détection de variantes subgénomiques telles que des génomes tronqués, inversés ou en snapback (SBG)
  • Génération de séquences consensus complètes à partir d'ADN rAAV natif
  • Conservation des ITRs et des structures génomiques natives sans artefacts PCR
  • Évaluation de l'intégrité structurelle et de l'hétérogénéité des préparations de vecteurs
  • Cartes génomiques interactives et métriques quantitatives sur la composition du génome

Avant de commencer

Pour optimiser votre projet, merci de préciser :

  • Quel est l’input de l’échantillon (copies du génome vectoriel et méthode de purification) ?
  • Votre objectif est-il l’intégrité structurelle, la détection de variantes ou les deux ?
  • Souhaitez-vous recevoir les lectures brutes pour une analyse en aval ?

Workflow

Un flux de travail à faible intervention conçu pour préserver les structures AAV natives :

Séquençage du génome AAV par nanopore (ONT)

Analyse bioinformatique

Notre pipeline spécialisé reconstruit les formes natives et subgénomiques :

  • Séquences consensus haute précision pour génomes complets et subgénomiques
  • Détection de troncatures, délétions et analyse de l’intégrité structurelle
  • Analyse de la configuration des ITRs (flip-flop)
  • Répartition quantitative de toutes les sous-populations génomiques
  • Visualisations au niveau des lectures

Vous recevez :

  • Séquences consensus FASTA
  • Carte génomique interactive
  • Tableau de fréquence des variantes
  • Résumé de l’orientation des ITRs
  • Analyse des troncatures
  • Histogramme des longueurs de lecture & analyse qualité
  • En option : lectures brutes

Délai d'exécution

  • 1 semaine ou moins entre la réception de l’échantillon et le rapport
  • Inclut le séquençage et l’analyse complète de novo

Exigences des échantillons

Quantité d’input :

  • Minimum : 1,0 × 10¹¹ génomes vectoriels (VG) par échantillon
  • Recommandé : 2–5 × 10¹¹ VG par échantillon
  • Volume : jusqu’à 200 μl en solution saline tamponnée ou tampon compatible AAV

Pureté :

  • Doit être exempt de débris cellulaires
  • De préférence purifié par résine d’affinité ou ultracentrifugation
  • Échantillons bruts précipités au PEG acceptés si ≥2 × 10¹¹ VG