Nanopore (ONT) AAV-Genomsequenzierung

Vollständige AAV-Genome aus intakten Kapsiden entschlüsseln – schnell und effizient.
Erkennen Sie subgenomische Varianten, bewerten Sie die Integrität und entdecken Sie strukturelle Konfigurationen, die mit Kurzlesemethoden möglicherweise übersehen werden.

Was Sie erreichen können:

Nachweis von subgenomischen Varianten wie verkürzten, invertierten oder Snapback-Genomen (SBG)
Erzeugung vollständiger Konsensussequenzen aus nativer rAAV-DNA
Erhalt intakter ITRs und nativer Genomstrukturen ohne PCR-Artefakte
Bewertung der strukturellen Integrität und Heterogenität von Vektorpräparationen
Interaktive Genomkarten und quantitative Metriken zur Genomzusammensetzung

Bevor Sie starten

Um Ihr Projekt optimal vorzubereiten, klären Sie bitte:

Was ist das Probeninput (Vektorgenomkopien und Reinigungsmethode)?
Liegt Ihr Fokus auf struktureller Integrität, Variantenerkennung oder beidem?
Benötigen Sie Rohdaten für Ihre eigene Downstream-Analyse?

Workflow

Ein workflow mit minimalem Hands-on-Aufwand, entwickelt zur Erhaltung nativer AAV-Strukturen:

Bioinformatische Analyse

Unsere spezialisierte Pipeline rekonstruiert native und subgenomische Spezies:

Hochgenaue Konsensussequenzen vollständiger und subgenomischer Genome
Nachweis von Trunkierungen, Deletionen und Analyse der strukturellen Integrität
Analyse der ITR-Orientierung (Flip-Flop-Konfiguration)
Quantitative Aufschlüsselung aller Genomsubtypen
Visualisierungen auf Leseebene der strukturellen Zusammensetzung

Sie erhalten:

FASTA-Konsensussequenzen
Interaktive Genomkarte
Tabelle zur Variantenhäufigkeit
Zusammenfassung der ITR-Orientierung
Trunkierungsanalyse
Histogramm der Längendifferenz & Qualitätsbewertung
Optional: Rohdaten

Bearbeitungszeit

1 Woche oder weniger ab Probeneingang bis zum Bericht
Inklusive Sequenzierung und vollständiger De-novo-Analyse

Probenanforderungen

Inputmenge:

Minimum: 1,0 × 10¹¹ Vektorgenome (VG) pro Probe
Empfohlen: 2–5 × 10¹¹ VG pro Probe
Volumen: bis zu 200 μl in gepufferter Salzlösung oder AAV-kompatiblem Puffer

Reinheit:

Muss frei von zellulärem Material sein
Idealerweise gereinigt mittels Affinitätsresin oder Ultrazentrifugation
Rohproben mit PEG-Fällung akzeptiert, wenn ≥2 × 10¹¹ VG