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LNA Oligonukleotide

 
 
Der große Vorteil von LNA liegt in den Designmöglichkeiten für Primer und Sonden, da die Tm entsprechend den Bedürfnissen eines gewünschten Oligonukleotids fein abgestimmt werden kann. Durch die erhöhte Bindungsaffinität können kürzere Sonden realisiert werden, wodurch die Bindungsspezifität an die Ziel-DNA und -RNA erhöht wird. Daher sind LNA-Oligonukleotide sehr gut geeignet für den Einsatz in Antisense-Protokollen, Hybridisierungsassays, in situ Hybridisierungssonden, dual markierten Sonden, molekularen Beacons und qPCR-Primern.
 

Features and Benefits

 
Erhöhte thermische Stabilität von qPCR-Sonden
  • Verbesserte Affinität und Spezifität
  • Reduzierte Hintergrundfluoreszenz
  • Besseres Signal-Rausch-Verhältnis
 
 
Multiplex qPCR Systeme
  • Normalisierung der Tm über mehrere kurze Sequenzen mit unterschiedlichem GC-Gehalt wird möglich
  • Optimales Design von hochspezifischen, kürzeren Sonden
  • Besonders vorteilhaft für Microarray- und Multiplex-PCR-Anwendungen
 
Erhöhte Einzelnukleotid-Diskriminierung
  • Stark verbesserte Diskriminierung zwischen Allelen durch Einzelnukleotid-Polymorphismus (SNP)
  • Bessere Mismatch-Diskriminierung im Vergleich zu DNA-Sonden im nativen Zustand
 
Antisense Technologie
  • Erhöhte Bindungsaffinität zu komplementären Nukleinsäuren
  • Hohe Nuklease-Resistenz
  • Weitere Erhöhung der Nuklease-Resistenz durch Einführung eines Phosphorothioat-Rückgrats

 

Übersicht

 
Locked Nucleic Acid (LNA) ist ein synthetisches Nukleinsäure-Analogon, das eine verbrückte, bicyclische Zuckerkomponente enthält. Die zusätzliche Methylengruppe, die zwischen der 2'-O- und der 4'-Position angebracht ist, "verriegelt" den Ribofuranosyl-Ring in seiner 3'-Endokonformation (siehe Abbildung 1). Diese Konformation führt zu der charakteristischen Struktur der A-form RNA. Als Folge des eingeschränkten bicyclischen Zuckerskeletts bildet LNA ausschließlich A-Typ-Duplexe. Darüber hinaus entspricht LNA vollständig den Watson-Crick-Basenpaarungsregeln. LNA:DNA-Hybridduplexe werden spontan aus komplementärer DNA und LNA-Sequenzen gebildet und es wurde festgestellt, dass LNA:DNA-Hybride stark verbesserte Annealing-Temperaturen im Vergleich zu ihren DNA:DNA-Gegenstücken aufweisen. Da die Synthese von LNA mit der Standard-Oligonukleotidsynthese kompatibel ist, kann der ortsselektive Einbau von einzelnen oder mehreren LNA-Nukleotiden in DNA-Sequenzen auf Anhieb erreicht werden. Diese LNA-haltigen Oligonukleotide verbinden sich mit ihren DNA-Komplementen und bilden chimäre LNA:DNA-Hybride. Solche Duplexe nehmen die A-Form-Konformation an und auch hier sind die Tm im Vergleich zu analogen DNA:DNA-Doppelsträngen deutlich erhöht. Grob geschätzt erhöht der Einbau von LNA-Nukleotiden in kurze DNA-Primer (<30 nt) die Tm um 3-8 °C für jedes substituierte Nukleotid. Alles in allem liegt der große Vorteil der LNA in den Designmöglichkeiten für Primer und Sonden, da die Tm entsprechend den Bedürfnissen eines gewünschten Oligonukleotids fein abgestimmt werden kann. Durch die erhöhte Bindungsaffinität können kürzere Sonden realisiert werden, wodurch die Bindungsspezifität an die Ziel-DNA erhöht wird. Daher wird LNA für den Einsatz in allen Hybridisierungsassays empfohlen, die eine hohe Spezifität und/oder Reproduzierbarkeit erfordern, z. B. PCR-Primer, dual-markierte Sonden, in-situ-Hybridisierungssonden und molekulare Beacons. Darüber hinaus, aber aus den gleichen Gründen, sind LNA-modifizierte Oligonukleotide ebenso interessant als Kandidaten in der Antisense-Medikamentenentwicklung.

Figure 1: LNA 3'-endo Konformation

Wie bestellen

 
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  • Klicken Sie im Bereich "DNA/RNA-Synthese" auf DNA
  • Wählen Sie Normal Entry, um die gewünschten Sequenzinformationen zu tippen oder zu kopieren/einzufügen
  • Mit Select unter Modification können Sie die LNA-Modifikationen an der gewünschten Stelle platzieren
  • Folgen Sie den weiteren Anweisungen