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Modules de Séquençage du Génome
Microsynth a développé plusieurs modules bioinformatiques dans le domaine du séquençage du génome. Ces modules sont utilisés pour toutes nos applications, mais peuvent également être utilisés pour des projets uniquement bioinformatiques. Ces modules dits autonomes peuvent être étendus grâce à nos services complémentaires.
Reséquençage Microbien
Module de Reséquençage et de Typage Microbien
Les reads du séquençage passent par un test qualité et sont cartographiés sur le génome de référence. Les éventuelles petites insertions et délétions (InDels) et les variations d'un seul nucléotide (SNV) sont détectées et annotées, y compris l'effet des variations au niveau protéique.
Modules de Services Complémentaires:
Exemples de résultats du module de reséquençage et de typage microbien.
Résequançage Eucaryote
Réséquançage Eucaryote
Les reads du séquençage passent par un test qualité et sont cartographiés sur le génome de référence. Les éventuelles petites insertions & délétions (petits InDels) et les polymorphismes de nucléotides simples (SNP) sont détectés et annotés, y compris l'effet des variations au niveau protéique. En outre, les variations de structure (SV) et les variations du nombre de copies (CNV) seront annotées.
Exemples de résultats du module de reséquençage eucaryote.
Séquençage De Novo
Module de Séquençage De Novo
L'assemblage de novo de l'ADN sera effectué avec l'assembleur et les paramètres les plus appropriés pour votre échantillon. La contamination potentielle par l'ADN bactérien/hôte sera filtrée à partir des reads avant l'assemblage.
Modules de Services Complémentaires Appropriés :
Exemples de résultats du module de séquençage de novo.
Métagénomique Shotgun
Module de Métagénomique Shotgun
Les reads sont alignés par rapport à une base de données de référence sur les protéines et les informations phylogénétiques, fonctionnelles et ontologiques sont annotées. Outre les résultats du séquençage au format fastq, les données alignées et enrichies sont fournies au format MEGAN, ce qui permet de poursuivre l'analyse et l'exploration des données avec l'édition communautaire open source de MEGAN, qui peut être obtenue gratuitement auprès de l'université de Tübingen.
Les reads sont alignés par rapport à une base de données de référence sur les protéines et les informations phylogénétiques, fonctionnelles et ontologiques sont annotées. Outre les résultats du séquençage au format fastq, les données alignées et enrichies sont fournies au format MEGAN, ce qui permet de poursuivre l'analyse et l'exploration des données avec l'édition communautaire open source de MEGAN, qui peut être obtenue gratuitement auprès de l'université de Tübingen.
Lien vers MEGAN6 :
Modules de services complémentaires appropriés :
Exemple de résultats du module de métagénomique shotgun.
Séquençage des Plasmides
Module de Séquençage des Plasmides
L'ADN hôte (séquence de référence de l'hôte à fournir par le client) est filtré et les reads restants sont assemblés de novo. L'assemblage de novo de l'ADN sera effectué avec l'assembleur et les paramètres les plus appropriés pour votre échantillon.
Exemples de résultats du module de séquençage des plasmides.
Epidémiologie Génomique
Module Épidémiologie génomique
Les reads séquencées sont filtrées de qualité et assemblées de nouveau, et des gènes présumés sont prédits et annotés sur les contigs résultants. Les résultats du séquençage sont utilisés pour le typage et l'analyse du métagénome ainsi que pour le dépistage des gènes de résistance, de virulence et de mycotoxine et des éventuelles mutations par rapport aux séquences de référence.
Exemples de résultats du module d'épidémiologie génomique.