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Genome Sequencing Module

 
 
Microsynth hat mehrere bioinformatische Module im Bereich der Genomsequenzierung entwickelt. Die Module werden für unsere Full-Service-Anwendungen eingesetzt, können aber auch für reine Bioinformatik-Projekte verwendet werden. Diese so genannten Stand-alone-Module können mit unseren ergänzenden Dienstleistungen erweitert werden.
 

Microbial Resequencing

 
 
Modul für mikrobielle Resequenzierung und Profiling

Sequenzierte Reads werden qualitätsgefiltert und gegen das Referenzgenom gemappt. Mögliche kleine Insertionen und Deletionen (InDels) und Einzelnukleotidvariationen (SNVs) werden detektiert und annotiert, einschließlich der Auswirkung der Variationen auf die Aminosäuresequenz.

 

Geeignete ergänzende Service-Module:

Beispielergebnisse des Moduls zur mikrobiellen Resequenzierung und Typisierung.
 

Eukaryotic Resequencing

 
 
Eukaryotische Resequenzierung

Die sequenzierten Reads werden qualitätsgefiltert und gegen das Referenzgenom gemappt. Mögliche kleine Insertionen & Deletionen (kleine InDels) und Einzelnukleotid-Polymorphismen (SNPs) werden detektiert und annotiert, einschließlich der Auswirkung der Variationen auf die Aminosäurensequenz. Zusätzlich werden strukturelle Variationen (SV) und Kopienzahlvariationen (CNV) annotiert.

 

Beispielergebnisse des eukaryotischen Resequenzierungsmoduls.
 

De Novo Sequencing

 
 
De Novo Sequenziermodul

Die DNA de novo Assemblierung wird mit dem für Ihre Probe am besten geeigneten Assembler und Parametersatz durchgeführt. Potenzielle Kontaminationen durch Bakterien-/Wirts-DNA werden vor der Assemblierung aus den Reads herausgefiltert.

 

Geeignete ergänzende Service-Module:

Beispielergebnisse des de novo Sequenziermoduls.
 

Shotgun Metagenomics

 
 
Shotgun Metagenomik Modul

Die sequenzierten Reads werden mit einer Protein-Referenzdatenbank abgeglichen und mit phylogenetischen, funktionellen und ontologischen Informationen annotiert. Neben den Sequenzierergebnissen im fastq-Format werden die abgeglichenen und angereicherten Daten im MEGAN-Format bereitgestellt, was eine nahtlose weitere Analyse und Datenexploration mit der Open-Source-Community-Edition von MEGAN ermöglicht, die kostenlos von der Universität Tübingen bezogen werden kann.

Link zu MEGAN6:
 

Geeignete ergänzende Service-Module:

Beispielergebnisse des Shotgun Metagenomics Moduls.

 

Plasmid Sequencing

 
 
Plasmid Sequenzierung Modul

Die Wirts-DNA (Wirts-Referenzsequenz, vom Kunden bereitgestellt) wird gefiltert und die verbleibenden Reads werden de novo assembliert. Die DNA de novo Assemblierung wird mit dem für Ihre Probe am besten geeigneten Assembler und Parametersatz durchgeführt.

 

Beispielergebnisse des Plasmid Sequenzierung Moduls.
 

Genomic Epidemiology

 
 
Genomische Epidemiologie Modul
Die Reads werden qualitätsgefiltert und de novo assembliert. Putative Gene werden auf den resultierenden Contigs vorhergesagt und annotiert. Die Sequenzierergebnisse werden zur Typisierung und Metagenomanalyse sowie zum Screening auf Resistenz-, Virulenz- und Mykotoxin-Gene und für die Detektion von möglichen Mutationen im Vergleich zu Referenzsequenzen verwendet.

 

Beispielergebnisse des Moduls Genomische Epidemiologie.