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Genome Sequencing Module

Microbial Resequencing
Sequenzierte Reads werden qualitätsgefiltert und gegen das Referenzgenom gemappt. Mögliche kleine Insertionen und Deletionen (InDels) und Einzelnukleotidvariationen (SNVs) werden detektiert und annotiert, einschließlich der Auswirkung der Variationen auf die Aminosäuresequenz.
Geeignete ergänzende Service-Module:
Eukaryotic Resequencing
Die sequenzierten Reads werden qualitätsgefiltert und gegen das Referenzgenom gemappt. Mögliche kleine Insertionen & Deletionen (kleine InDels) und Einzelnukleotid-Polymorphismen (SNPs) werden detektiert und annotiert, einschließlich der Auswirkung der Variationen auf die Aminosäurensequenz. Zusätzlich werden strukturelle Variationen (SV) und Kopienzahlvariationen (CNV) annotiert.
De Novo Sequencing
Die DNA de novo Assemblierung wird mit dem für Ihre Probe am besten geeigneten Assembler und Parametersatz durchgeführt. Potenzielle Kontaminationen durch Bakterien-/Wirts-DNA werden vor der Assemblierung aus den Reads herausgefiltert.
Geeignete ergänzende Service-Module:
Shotgun Metagenomics
Die sequenzierten Reads werden mit einer Protein-Referenzdatenbank abgeglichen und mit phylogenetischen, funktionellen und ontologischen Informationen annotiert. Neben den Sequenzierergebnissen im fastq-Format werden die abgeglichenen und angereicherten Daten im MEGAN-Format bereitgestellt, was eine nahtlose weitere Analyse und Datenexploration mit der Open-Source-Community-Edition von MEGAN ermöglicht, die kostenlos von der Universität Tübingen bezogen werden kann.
Geeignete ergänzende Service-Module:
Plasmid Sequencing
Die Wirts-DNA (Wirts-Referenzsequenz, vom Kunden bereitgestellt) wird gefiltert und die verbleibenden Reads werden de novo assembliert. Die DNA de novo Assemblierung wird mit dem für Ihre Probe am besten geeigneten Assembler und Parametersatz durchgeführt.
Genomic Epidemiology