Reséquençage des Organismes Eucaryotes

Utilisez le reséquençage eucaryote pour :

Détecter les variations d'un seul nucléotide jusqu'aux larges structures dans votre organisme eucaryote modèle
Détecter les mutations hors cible de votre expérience d'édition de gènes CRISPR/Cas9

Aperçu

Considérations avant de lancer un projet de reséquençage eucaryote :

Existe-t-il un génome de reference pertinent?
Quelle est la profondeur optimale de séquençage?
But de l'étude par rapport aux limites d'un transcriptome de référence ?
Longueur des reads ?

Laissez-nous vous guider - de la conception à l'analyse

Exemples de projets utilisant le reséquençage eucaryote :

Détection des mutations acquises par les cellules cancéreuses - des SNP aux grandes variations structurelles
Détection du site d'insertion
Vérification des mutations, excluant les mutations hors cible
Modifications génétiques dans les études de sélection

Applications liées au reséquençage eucaryote :

Reséquençage et typage microbien
Séquençage de l'ARN
Reséquençage de l'ensemble des régions codantes/exome

Déroulement

Le graphique ci-dessous illustre un déroulement typique d'un projet de reséquençage eucaryote. Veuillez noter que nos processus organisés en modules vous offrent diverses options d'entrée et de sortie. Vous pouvez externaliser l'ensemble de votre projet NGS à Microsynth ou seulement une partie de celui-ci, c'est à vous de décider.

Pour plus d'informations et une description technique détaillée, veuillez télécharger notre note d'application sur le reséquençage des eucaryotes (voir les téléchargements correspondants).

Résultats

Les résultats produits par notre module d'analyse du reséquençage des eucaryotes permettent de répondre à trois questions principales d'un reséquençage d'un organisme eucaryote visant à détecter des variations par rapport à un génome de référence pré-annoté.

Quelles sont les variations de nucléotides simples, les petites insertions/délétions par rapport au génome de référence et quels sont les effets de ces variations à l'échelle des protéines ? (voir tableau 1)
Quelles sont les variations structurelles par rapport au génome de référence ? (voir tableau 2)
Quelles sont les variations du nombre de copies par rapport au génome de référence (ou à un échantillon de référence) ? (voir figure 1)

Tableau 1: Détail d'un tableau de résultats montrant les variations de nucléotides uniques détectées, les petites insertions et délétions et leur annotation.

Tableau 2: Détail d'un tableau de résultats énumérant les variations structurelles putatives.

Figure 1: Ce graphique représente une variation possible du nombre de copies par rapport à un échantillon de référence.

Délai d'exécution

Livraison des données dans les 20 jours ouvrables suivant la réception de l'échantillon (y compris la préparation de la bibliothèque et le séquençage)
10 jours ouvrables supplémentaires pour l'analyse des données (bioinformatique)
Service express possible sur demande