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Resequenzierung von eukaryotischen Organismen

Resequencing of Eukaryotic Organisms
 
 
Verwenden Sie eukaryotische Resequenzierung, um:
  • einzelne Nukleotide bis hin zu großen strukturellen Variationen in Ihrem eukaryotischen Modellorganismus zu erkennen
  • Off-Target-Mutationen Ihres CRISPR/Cas9-Gene Editing-Experiments zu erkennen

 

Übersicht

Überlegungen vor dem Start eines eukaryotischen Resequenzierungsprojekts:

  • Gibt es ein geeignetes Referenzgenom?
  • Optimale Sequenziertiefe?
  • Ziel der Studie versus Grenzen eines Referenz-Transkriptoms?
  • Leselänge?

Lassen Sie sich von uns beraten - vom Design bis zur Analyse

Beispielprojekte mit eukaryotischer Resequenzierung:

  • Detektion von Mutationen, die Krebszellen erworben haben - von SNPs bis zu großen strukturellen Variationen
  • Erkennung von Insertionsstellen
  • Mutationsverifizierung, Ausschluss von Off-Target-Mutationen
  • Genetische Veränderungen in Zuchtstudien

Anwendungen im Zusammenhang mit der eukaryotischen Resequenzierung:

  • Microbial Resequencing and profiling
  • RNA Sequencing
  • Whole exome resequencing

Workflow

 
Ein typischer Workflow für ein eukaryotisches Resequenzierungsprojekt ist in der folgenden Grafik dargestellt. Bitte beachten Sie, dass unsere hochmodularen Prozesse Ihnen verschiedene Einstiegs- und Ausstiegsmöglichkeiten bieten. Ob Sie Ihr gesamtes NGS-Projekt an Microsynth auslagern oder nur Teile davon, bleibt Ihnen überlassen.
 
 
Weitere Informationen sowie eine detaillierte technische Beschreibung finden Sie in unserer Application Note Eukaryotic Resequencing (siehe Downloads auf der rechten Seite).

Resultate

 
Die Ergebnisse, die von unserem eukaryotischen Resequenzierungs Analysemodul erzeugt werden, helfen bei der Beantwortung von drei Hauptfragen einer Resequenzierung eines eukaryotischen Organismus mit dem Ziel, Variationen zu einem vorannotierten Referenzgenom zu erkennen.
 
  1. Welches sind die einzelnen Nukleotidvariationen und kleinen Insertionen/Deletionen im Vergleich zum Referenzgenom und welche Auswirkungen haben diese nachgewiesenen Variationen auf Proteinebene? (siehe Tabelle 1)
  2. Welches sind die strukturellen Variationen im Vergleich zum Referenzgenom? (siehe Tabelle 2)
  3. Welches sind die Kopienzahlvariationen im Vergleich zum Referenzgenom (oder zu einer Referenzprobe)? (siehe Abbildung 1)

 

Tabelle 1: Dieser Ausschnitt einer Ergebnistabelle zeigt erkannte Einzelnukleotidvariationen, kleine Insertionen und Deletionen und deren Annotation.

Tabelle 2: Dieser Ausschnitt aus einer Ergebnistabelle listet vermeintliche Strukturvarianten auf.

Abbildung 1: Diese Abbildung zeigt eine mögliche Kopienzahlvariation im Verhältnis zu einer Referenzprobe.

Bearbeitungszeiten

 

  • Lieferung der Daten innerhalb von 20 Arbeitstagen nach Probeneingang (inklusive Library Erstellung und Sequenzierung)
  • Weitere 10 Arbeitstage für die Datenanalyse (Bioinformatik)
  • Express-Service auf Anfrage möglich